Еще по прибытии в Якутск Колчак узнал о начале русско-японской войны, в которой морской флот призван был сыграть особую роль. Эта война явилась результатом противоречий между Россией и Японией в Северо-Восточном Китае и Корее, борьбой за сферы влияния на Дальнем Востоке вообще. Эти противоречия подогревались западными странами. Они не хотели дальнейшего усиления России и, в сущности, поощряли японское правительство на военные действия против нее. Война началась внезапным нападением японского флота в ночь на 27 января 1904 г. на русскую эскадру в Порт-Артуре. Продолжалась война до лета 1905 г. По телеграфу 28 января 1904 г. Колчак обратился к президенту Академии наук Великому князю Константину Константиновичу с просьбой отчислить его в силу чрезвычайных обстоятельств от Академии и передать в военно-морское ведомство. Просьба его после некоторых колебаний была удовлетворена. Получив весть о благоприятном решении вопроса, Колчак стал срочно готовиться к поездке в Порт-Артур, куда ему было приказано явиться.
В самом начале марта он выступил с докладом на общем собрании Восточно-Сибирского отдела Императорского географического общества.
В дни подготовки к отъезду в Порт-Артур Александр Васильевич Колчак сочетается браком со своей невестой Софьей Федоровной Омировой.
Софья Федоровна родилась в Каменец-Подольске в 1876 г., т. е. двумя годами позже своего жениха. Как писал сын Александра Васильевича и Софьи Федоровны — Ростислав, его мать была «сложной крови».
Отец ее, которого Колчак лично не знал, происходил из семьи священника и был действи-тельным тайным советником — гражданским генералом. В Каменец-Подольске он служил начальником Казенной Палаты — крупным чиновником. Умер он еще не будучи старым, в ожидании назначения на пост губернатора Подольской губернии, которой фактически уже управлял.
Мать Софьи Федоровны была дочерью генерал-майора, директора Лесного института Ф. А. Каменского. Среди их предков числились обер-гофмейстер барон К. В. Миних, брат вельможи генерал-фельдмаршала графа Б.-Х. А. Миниха и генерал-аншеф М. В. Берг — выходцы из Германии. Софья воспитывалась в Смольном институте, была весьма образованной девушкой, знала семь языков, из которых французский, английский и немецкий превосходно. Волевая, с независимым характером. Возможно, это в дальнейшем и сказалось на ее отношениях с мужем.
По договоренности с Колчаком они должны были пожениться после его возвращения из первой экспедиции, длившейся несколько лет. Но задуманное пришлось отложить до окончания второй экспедиции. С. Ф. Омирова приехала с острова Капри, из Италии, в Петербург, а оттуда с отцом Колчака Василием Ивановичем добралась в Иркутск. Оттуда она, как рассказывала сыну, на оленях и собаках отправилась навстречу жениху в Устьянск, к Ледовитому океану. Вместе вернулись в Иркутск (по другим версиям, встретились лишь в Иркутске). В Госархиве Иркутской губернии (в фонде духовной консистории Градо- Иркутской Михайло-Архангельской (Харлампиевской) церкви сохранилась запись о бракосочетании 5 марта 1904 г. А. В. Колчака с Софьей Омировой. Читаем: «Звание, имя, фамилия, отчество и вероисповедание жениха, и который брак» — «Лейтенант флота Александр Васильев Колчак, православный, первым браком, 29 лет»; «Звание, имя, отчество, фамилия и вероисповедание невесты, который брак» — «Дочь Действительного Статского советника, потомственная дворянка Подольской губернии София Федоровна Омирова, православная, первым браком, 27 лет». Далее значится: «Кто совершил таинство: — Протоиерей Измаил Ионнов Соколов с диаконом Василием Петелиным. Кто были поручители: — По жениху: генерал- майор Василий Иванович Колчак и боцман Русской полярной экспедиции, шхуны „Заря“ Никифор Алексеевич Бегичев. По невесте: подпоручик Иркутского Сибирского пехотного полка Иван Иванович Желейщиков и прапорщик Енисейского сибирского пехотного полка Владимир Яковлевич Толмачев.
Подписи: Протоиерей Измаил Соколов Диакон Василий Петелин».
Молодая жена со свекром отправилась в Петербург, а ее муж 11 марта — в Порт-Артур.
По прибытии туда во второй половине марта 1904 г. лейтенант А. В. Колчак явился к вице-адмиралу С. О. Макарову, командующему флотом, и попросил назначения на наиболее боевую должность, на миноносец. Но адмирал счел необходимым, учитывая состояние здоровья Колчака, измотанного двумя экспедициями, назначить его на крейсер 1-го ранга «Аскольд». Через несколько дней после встречи с Макаровым, 31 марта, Колчак явился свидетелем его гибели на подорванном и затонувшем флагманском корабле — эскадренном броненосце «Петропавловск». Адмирала С. О. Макарова А. В. Колчак считал своим учителем. Познакомился он и с капитаном 2-го ранга Н. О. Эссеном, под началом которого в дальнейшем довелось служить и многому учиться.
17 апреля Колчак добился назначения на минный заградитель «Амур». Один из современни-ков вспоминал, как Колчак на этом суденышке, выйдя ночью из порта, потопил четыре японских транспорта с грузом и войсками. Точно ли было, судить теперь трудно. Но то, что Колчак сразу же в боях зарекомендовал себя храбрейшим и распорядительным офицером и звезда его славы поднималась высоко, — это подтверждают многие.
Колчак стремится к большему. Уже 21 апреля он назначен на эскадренный миноносец «Сердитый». Командовал миноносцем он, едва держась на ногах, ибо у него началось тяжелое воспаление легких. Его положили в госпиталь. Оправившись, в июле Колчак вернулся на миноносец. К осени стал остро сказываться суставный ревматизм — прямое наследие Арктики (как и быстрая потеря зубов; по описаниям близких, к 1919 г. он был почти беззубым). И все же Колчак успел совершить воинский подвиг на море: на поставленной экипажем его миноносца мине подорвался японский крейсер «Такасаго».
В сентябре, когда основные боевые действия разворачивались уже на суше, больной ревма-тизмом Колчак назначается на берег командиром батареи морских орудий на северо-восточном участке обороны крепости Порт-Артур. Со 2 ноября он командует сдвоенной батареей 120— и 47-миллиметровых орудий в секторе Скалистых Гор под началом капитана 2-го ранга А. А. Хоменко.
Все последующие недели до падения крепости Колчак был в горячем сражении, в артилле-рийской перестрелке, отражал атаки японской пехоты. О боевой жизни его и соседних батарей, о ходе сражения в последние недели можно судить с большой точностью, так как с 3-го по 21 декабря 1904 г. Колчак вел дневник. В первый из этих дней, в частности, записано: «Днем японцы время от времени пускали шрапнель на батарею № 4 и Скалистую Гору. Сегодня 6 орудия (знак, обозначающий калибр орудия) с отрога Большой горы обстреливали окопы на гласисе и ров у укрепления № 3 — очень неудачно и разрушили японские окопы около правого угла рва этого укрепления. Вечером, когда стемнело, я приступил к углублению хода сообщения к батарее № 4. Грунт скалистый, и необходимы подрывные работы. Днем я сделал несколько выстрелов по перевалу из 120 мм орудия по идущему обозу». 5 декабря: «Утро ясное, довольно тихо и тепло. Снег понемногу тает, особенно на S-x склонах (знак, обозначающий юг, южные склоны). С утра редкий огонь на правом фланге сосредоточивается по форту № 2 и Малому Орлиному Гнезду. Время от времени японцы посылают шрапнель и на наши батареи. Около 2 пополудни на форте № 2 в бруствере был произведен взрыв, и около роты японцев попробовали штурмовать форт, не пошли далее 1/2 бруствера и залегли…». Далее записи повествуют о все более напряженной борьбе, драматически складывающейся обстановке на фронте. В записи за 19 декабря говорится об оставлении некоторых рубежей. Указывается на изъяны оборонитель-ных линий. «Сильные сами по себе позиции мало пригодны…, окопы и ходы сообщения не окончены, покрытий от шрапнели и блиндажей нет; высидеть долго под японским артиллерий-ским огнем, которым они только и берут позиции, нельзя. С утра началось… обстреливание Орлиного Гнезда. Подходившие резервы несли огромные потери. После полудня сильный артиллерийский огонь по вновь занятым позициям. На Заредутной батарее, на Скалистом кряже японцы… поставили пулеметы… 120 м/м сегментными снарядами я разбил бруствер на Заредутной батарее и заставил японцев очистить гребень — в это время японцы уже выбили нас из окопов Орлиного Гнезда и стали взбираться на вершину; Круссер… огнем 75 м/м орудия не позволили им (закрепиться) на вершине и перейти на S-склон горы, но наши уже оставили Орлиное Гнездо».
А. В. Колчак то и дело указывает на гибель и ранения воинов, в том числе и своих артилле-ристов. Был ранен и он сам. «Я был ранен, — говорил он на допросах в 1920 г., — но легко, так что меня почти не беспокоило, а ревматизм меня совершенно свалил с ног».
Подрывались орудия, машины и корпуса судов: «Баян», «Победа», «Пересвет» горели. Рано утром, еще когда была полная тьма, мы получили извещение первыми не открывать огня и стрелять только при наступлении японцев: это было вовремя — еще 15 (мин., и) я с Круссером открыли бы огонь по Заредутной и Орлиному Гнезду. В ночь были очищены Куропаткинский люнет, форт литера Б., Малое Орлиное Гнездо и
