Из бывших студентов семинарии составился целый коллектив переводчиков, работавших над переводом не только русской богословской, но и русской художественной литературы (первоначально в переводческий отдел входили только лица, получившие духовное образование в России, затем в нем стали работать и японцы). Среди них были ректор семинарии Иван Сенума и его супруга Анна Лукинична Сенума, профессор философии и богословия семинарии Кониси Масутаро, проведший 10 лет в России (позднее перешел в протестантство), знаменитый переводчик и ученый Нобори Сёму. Святитель писал: «Пусть переводят и читают. Узнав русскую литературу, узнав Пушкина, Лермонтова, гр. Толстых, Достоевского, нельзя не полюбить России».
С 1900 года вновь усилились антирусские настроения, которые не могли не сказаться и на отношении к Церкви. Д. М. Позднеев приводит характерную выдержку из газеты «Нихон»: «Православная церковь является злостным местом, откуда сыплются проклятия на голову Японии и где молятся о ее поражении. Она всегда была центральным агентством шпионов, состоящих на русской службе. Японцам ненавистен купол русского собора, который, возвышаясь надо всем городом, как бы шлет презрение самому императорскому дворцу, ненавистен храмовый колокол, который каждое воскресное утро своим гвалтом докучает мирному сну жителей».
После того как в 1902 году был заключен союз между Японией и Великобританией, стало очевидно, что война Японии с Россией неизбежна. На соборе 1903 года епископ Николай вынужден был отвечать на чрезвычайно волновавший японских православных христиан вопрос: должны ли они участвовать в войне против России, он ответил, что христиане должны будут выполнить свой долг перед своей родиной вместе со всем народом. В случае начала войны они должны будут относиться к России как к неприятелю, но «воевать с врагами не значит ненавидеть их, а только защищать свое Отечество».
5 февраля 1904 года Япония разорвала дипломатические отношения с Россией. Два священнослужителя, работавших в то время в миссии, вернулись домой. Духовенство и миряне Японской церкви обратились к своему епископу с просьбой остаться в Японии. Епископ Николай отвечал, что он уже принял пред Богом решение остаться в Японии, в своей маленькой квартирке при соборе.
«Я надеюсь, что объявление военных действий не принесет с собою никакой перемены в деятельности нашей Церкви. Катехизаторы будут продолжать проповедовать Евангелие Спасителя, ученики — посещать школу миссии, а я сам отдамся всецело переводу наших богослужебных книг-
Сегодня по обычаю я служу в соборе, но отныне впредь я уже не буду принимать участия в общественных Богослужениях нашей Церкви... Доселе я молился за процветание и мир Японской империи. Ныне же, раз война объявлена между Японией и моей родиной, я, как русский подданный, не могу молиться за победу Японии над моим собственным Отечеством. Я также имею обязательства к своей родине и именно поэтому буду счастлив видеть, что вы исполняете долг в отношении к своей стране».
Во все приходы Японской Православной церкви, встревоженные объявлением войны с Россией, было разослано «Окружное письмо», в котором епископ благословлял японских христиан исполнить свой долг верноподданных, но напоминал:
«Кому придется идти в сражения, не щадя своей жизни, сражайтесь — не из ненависти к врагу, но из любви к вашим соотчичам... Любовь к Отечеству есть святое чувство... Но кроме земного Отечества у нас есть еще Отечество небесное... Это Отечество наше есть Церковь, которой мы одинаково члены и по которой дети Отца Небесного действительно составляют одну семью... И будем вместе исполнять наш долг относительно нашего Небесного Отечества, какой кому надлежит... И вместе с тем будем горячо молиться, чтобы Господь поскорее восстановил нарушенный мир...»
Святитель прекратил всяческую переписку с Россией и всецело посвятил себя переводческой работе.
Когда в Японию стали прибывать русские пленные (общее их число достигало 73 тыс.), святитель Николай с согласия японского правительства образовал «Общество духовного утешения военнопленных». Для окормления пленных им были отобраны пять священников, владевших русским языком. Каждого пленного, прибывшего в Японию, Японская церковь благословила серебряным крестиком. Пленные снабжались иконами и книгами. Сам владыка неоднократно обращался к ним письменно.
Деятельность епископа Николая во время войны была крайне высоко оценена не только в Японии, но и в России. Император Николай II писал епископу Николаю в конце 1905 года: «...Вы явили перед всеми, что Православная Церковь Христова, чуждая мирского владычества и всякой племенной вражды, одинаково объемлет все племена и языки <...>. Вы, по завету Христову, не оставили вверенного Вам стада, и благодать любви и веры дала Вам силу выдержать огненное испытание брани и посреди вражды бранной удержать мир, веру и молитву в созданной вашими трудами Церкви».
24 марта 1906 года епископ Николай был возведен в сан архиепископа.
Послевоенное время принесло новые испытания. Поток пожертвований на православную миссию в Японии из России почти прекратился. Вследствие этого миссия вынуждена была уволить 30 катехизаторов и закрыть Катехизаторское училище.
В 1908 году на Киотоскую кафедру прибыл епископ Сергий (Тихомиров) . Он быстро овладел японским языком и занялся активной миссионерской деятельностью, разъезжая по всей Японии. Его появление весьма утешило архиепископа Николая, писавшего:
«Теперь я могу спокойно умереть в уверенности, что дело миссии в добрых руках», а также: «...еще бы нам надо двух таких же ревностных миссионеров. Молим об этом Бога и обращаем взоры на Россию».
В июле 1911 года было торжественно отмечено пятидесятилетие служения отца Николая на японской земле. Епископ Сергий (Тихомиров) писал : «Вот начали съезжаться со всех концов Японии иереи, катехизаторы... Их только одних было свыше 120 человек, а поусердствовали и многие провинциальные христиане. И вот 75-летний старец ежедневно с раннего утра до позднего вечера сидел в своей комнате и выслушивал доклады иереев о состоянии их приходов, рассказы катехизаторов о проповеди в пределах их ведения или любезно беседовал с какой-нибудь бабушкой, прибывшей из далеких краев. Начался собор... А на нем разве мало дела, волнений? Празднование юбилея... В течение одного дня Литургия, молебен, обед в отеле с почетными гостями, музыкальный вечер. Этим мы, молодые, закончили. Но 75- летний старец был приглашен на собрание бывших воспитанниц Суругадайской школы. И пошел. И не столько слушал, сколько говорил и поучал. Нужно было удивляться тому, как мог вынести владыка такой день... А и завтра не обещало отдыха. Долгое, часа на четыре, чтение адресов. А вечером обед на миссийском дворе, с сотнями христиан... Но мне кажется, и этот день прошел бы для почившего сравнительно благополучно, если бы не заключительный момент... Воодушевленный речами, владыка встал, с необыкновенной энергией как-то вздернул головой и голосом, которого достало на всю широкую площадь, занятую обедавшими сотнями христиан, предложил спеть японский гимн в честь Его Величества, императора Японии, благодаря религиозной терпимости которого христианство получило возможность не только распространяться, но и пользоваться если не покровительством, то, во всяком случае, полным благополучием. Нужно было видеть необыкновенное возбуждение владыки, его покрытое румянцем лицо. Нужно было слышать, как владыка не только первый запел гимн, но и пел его до конца... Нужно было видеть этот молодой огонь в столь немолодом уже организме. И тогда ясно было бы каждому, что этот момент не мог для расстроенного сердца владыки пройти бесследно...»
Нервное напряжение и переутомление этих дней обострили сердечную астму, которой страдал владыка. Силы его стали быстро таять.
Незадолго до кончины владыка говорил еп. Сергию: «...Роль наша не выше сохи. Вот крестьянин
