К началу 1940 года Ju 87B-1 в производстве на заводе Wezer сменил вариант В-2. Новая модификация самолета получила улучшенный выхлопной коллектор, гидропривод жалюзи радиатора и новый винт с более широкими лопастями. С одним пилотом В-2 мог поднять 1000-кг бомбу.
В 1938 году было решено включить в состав авиагруппы на авианосце Graf Zeppelin эскадрилью пикирующих бомбардировщиков. В конце 1938 года на фирме Junkers приступили к созданию морского варианта Ju 87B, получившего обозначение Ju 87C. Прототипами варианта С стали два переоборудованных самолета Ju-87B, испытанные в марте и апреле 1939 года.
Ju 87C имел меньший на 0,6 м размах крыльев и механизм, позволяющий вручную складывать их назад. Под фюзеляжем монтировался посадочный крюк, а также крепление для поводка палубной катапульты. Стойки шасси снабжались небольшими подрывными зарядами, позволяющими отстреливать их при аварийной посадке на воду для предупреждения возможного капотирования.
У Ju 87C отсутствовали сирены, а в консолях крыла были размещены надувные баллоны, что позволяло продлить время нахождения машины на водной поверхности при вынужденном приводнении. В качестве аварийного снаряжения использовался надувной резиновый спасательный плот, уложенный в хвостовой части фюзеляжа.
В случае установки дополнительных топливных баков (по два в фюзеляже и на подкрыльевых держателях) общий запас горючего возрастал до 2500 литров, что увеличивало дальность полета Ju 87C до 1100 км.
Предсерийный Ju 87C-0 завод Wezer Flugzeugbau собрал летом 1939 года. Серийные Ju 87С-1 планировалось оснащать электрической системой складывания крыла и подфюзеляжными держателями для подвески торпеды или бомбы.
Из заказанной серии в 170 Ju 87C-1 построили лишь несколько экземпляров пикировщика, которые передали в испытательный центр в Рехлине, где еще в июне 1942 на них проводили различные испытания. Остальные планеры версии С-1, имевшие частичную готовность, закончили в версии В-2.
Небольшую партию Ju 87C-0 отправили в 4-ю эскадрилью 186-й авианосной группы (немецкое название — (Stuka) Staffel des Tragergruppes 186), которая была сформирована в декабре 1938 года в Киле и ранее летала на Ju 87A, отрабатывая полеты над морем.
После приостановки работ на авианосце все Ju 87C-1, находящиеся на сборочной линии Wezer Flugzeugbau, переоборудовали Ju 87B-2. Несколько Ju 87C-0 использовались для различных экспериментальных работ. Одной из наиболее интересных было испытание в 1944 году в Восточной Пруссии 88-мм гладкоствольного орудия под фюзеляжем, чья отдача компенсировалась одновременным срабатыванием ракетных ускорителей. Испытания прекратили после того, как ракетный заряд не сработал. Отдача разрушила крепление пушки, которая прошла через фюзеляж и повредила хвостовое оперение.
После возобновления работ на авианосце Graf Zeppelin фирма Junkers приступила к проектированию палубного торпедоносца на базе Ju 87D-1. Эти машины предназначались для вооружения авиационной торпедой LFT-5W калибра 533 мм. Морская комплектация самолета была идентичной вариантам Ju 87C-0 и Ju 87C-1. Испытания самолета, получившего обозначение Ju 87D-1/to (torpedo) или Ju 87E, проходили весной и летом 1942 года в испытательном центре Травемюнде (Erprobungsstelle Travemunde). Серийные Ju 87E-1 предполагалось дополнительно оборудовать стартовыми ускорителями для сокращения их разбега по палубе авианосца.
В течение года на опытном экземпляре машины проходили испытания нового оборудования для старта с усовершенствованной катапультной установки, а также нового тормозного гака. Однако после прекращения дальнейших работ на авианосце Graf Zeppelin в феврале 1943 года заказ на 115 машин аннулировали.
