Композицию дополнила небольшая, одной высоты с алтарем, трапезная. С юга и запада храма была устроена открытая галерея – гульбище. Сохранившийся надвратный храм монастыря теперь представляет собою одну из древнейших построек Остоженки.
В 1724 году для Римских-Корсаковых была устроена двухмаршевая лестница со стороны площадки. Владение Римских-Корсако-вых было напротив монастыря с XVII века, а Спасская церковь была их домовым храмом до 1774 года.
В 1766 году была построена церковь «Неопалимой Купины» – кубический одноглавый храм подле собора. Храм был выстроен на средства Анны Михайловны Аничковой. В церкви «Неопалимой Купины», возведенной над могилами сестер святителя Алексия, существовала надпись на надгробном камне, списанная в 1781 году. В поданной в Московскую духовную консисторию описи значилось: «На надгробном камне надпись такова: в 7100-м году на сем месте погребено тело бывшей первой игуменьи Улеянии, сестра родная старица Евпраксия, а по роду сестра родная чудотворцу Алексию».
В 1804–1807 годах на месте древних храмов был возведен грандиозный Рождественский собор. В 1812 году обитель сильно пострадала еще раз: монастырь был разорен французами. Восстанавливался он на средства, отпущенные Синодом, и с помощью благочестивых мирян. Большую роль в восстановлении монастыря сыграл святитель Филарет Московский. Для прохождения иноческого подвига в обитель удаляются многие представительницы знатных семей.
В монастыре имелись две местночтимые иконы Богоматери – «Милостивая» и «Неопалимая Купина». Особо почиталась икона Божией Матери «Милостивая», прославившаяся в народе обилием чудес. Ее необычную иконографию часто сравнивают с иконой Божией Матери «Милостивая-Киккская», по преданию написанной евангелистом Лукою, находящейся на Кипре в Киккской обители.
При Зачатьевском монастыре действовали богадельня для престарелых инокинь, приют для девочек- сирот, рукодельная мастерская, где вышивали и метили белье. Монастырь владел землями в Бронницком уезде, лесами в Звенигородском уезде, рыбной ловлей на Москве-реке. В 1846–1850 годах для богадельни было построено здание с церковью Сошествия Святого Духа.
В конце XVIII – начале XIX веков в Зачатьевском монастыре построены трапезная, трехъярусная колокольня, возведен неоготический Зачатьевский собор. В соборе были две гробницы сестер митрополита Алексия – монахинь Иулиании и Евпраксии.
Та к сложился монастырский комплекс: в центре – главный собор с придельными храмами; с запада от него – монастырская больница с церковью Сошествия Святого Духа, где была погребена ее устроительница, монахиня Вера; настоятельский корпус; келлии каменные и деревянные по периметру; Святые врата с надвратной церковью Спаса Преображения.
В XIX–XX веках на территории обители появилось множество жилых и хозяйственных корпусов. При монастыре работала двухклассная начальная школа. К началу XX века монастырь представлял собой величественный ансамбль с четырьмя храмами и одиннадцатью каменными строениями. К 1907 году в Зачатьевском монастыре было 27 монахинь и 25 послушниц.
Революция 1917 года все изменила. 16 марта 1925 года, за 9 дней до своей кончины, служил свою последнюю Литургию святой Тихон, Патриарх Московский и всея Руси. Игумения монастыря матушка Мария принесла Его Святейшеству икону Благовещения Пресвятой Богородицы. Через несколько дней, а именно 25 марта, в праздник Благовещения, святитель Тихон почил о Господе.
В 1925 году Зачатьевский монастырь был закрыт.
Перед закрытием монастыря последняя его игуменья Мария на последнем молебне поставила свой игуменский жезл к чудотворной иконе Царицы Небесной «Милостивая», вверяя сестер обители покровительству и заступничеству Божией Матери. Позже икона вместе с жезлом были переданы в находящуюся неподалеку церковь святого пророка Илии в Обыденном переулке.
Некоторые из 180 сестер после разорения святого места не ушли отсюда, а ютились по подвалам близлежащих домов. Большинство же сестер было сразу отправлено по этапу в Сибирь. Многие погибли еще по дороге. Уцелевшие сестры духовно окормлялись и несли послушание при храме пророка Илии. Обыденский храм стал духовным прибежищем для священнослужителей, монахинь и прихожан разоренного монастыря, оберегая монастырские реликвии и сохраняя традиции обители.
В 1925 году многие строения монастыря обращены в «трудкоммуну для беспризорных». В советское время название «Зачатьевский монастырь» превратилось в «Зачмон». В 1933 году с церкви Сошествия Святого Духа сняли купол и полностью перестроили здание. В 1930-х годах многие монастырские сооружения были разрушены, многие перестроены. Исчез славный монастырь, погас очаг веры и благочестия, и только неподалеку, в храме пророка Илии, совершалась молитва о том, что когда-нибудь все вернется, все будет по-прежнему, что Господь по молитвам матушек не оставит сего святого места (последняя сестра Зачатьевского монастыря – схимонахиня Нина – почила в 1984 г.).
Весной 1934 года был взорван Зачатьевский монастырский собор. К 1939 году на его месте было построено типовое школьное здание. В надвратной церкви размещалась научно-исследовательская лаборатория по консервации и реставрации. В 1990 году настоятельский корпус и келлии занимал так называемый почтовый ящик. В других зданиях размещались: комитет международного совета по охране памятников и научно-методический совет, профтехучилище, проектный институт, школа. Уцелевшие монастырские постройки приспосабливали под жилые дома. Со временем некоторые из них перестроили и отдали учреждениям.
Когда годы атеизма и безбожия минули, стали открываться храмы и монастыри, вспомнили и о Зачатьевском монастыре. В 1991 году по благословению Святейшего Патриарха Алексия при храме пророка Илии было образовано сестричество во имя иконы Божией Матери «Милостивая», старшей сестрой которого была назначена будущая игумения монастыря матушка Иулиания (Каледа). Дочь известного московского священника, крупного ученого-геолога, профессора, доктора наук отца Глеба Каледы, она своим добрым сердцем и трудолюбием снискала любовь и уважение у прихожан Обыденского храма, прихожанкой которого она сама была еще с детских лет. Сестры помогали при храме, разбирали материалы, связанные с монастырем, шили облачения для вновь открывавшихся храмов. Тогда же была возобновлена деятельность богадельни (сестры ухаживали за пожилыми прихожанками храма).
В 1993 году в церкви возобновились Богослужения. В 1995 году Указом Священного Синода сестричеству дан статус ставропигиального женского монастыря. Ставропигиальные монастыри – управляемые непосредственно Патриархом или Священным Синодом и пользующиеся особыми привилегиями. Название, взятое из греческого языка и означающее «утверждаю крест», указывает, что крест в этих монастырях водружали патриархи. Таким образом, Зачатьевский женский ставропигиальный монастырь находится под покровительством самого Святейшего Патриарха Всероссийского. Возрождаются в обители благочестивые традиции монашеской жизни.
С чудотворной иконы Богоматери «Милостивая», временно пребывавшей в Обыденском храме, сделали список, на котором, в отличие от чудотворного образа, Царица Небесная была изображена с настоятельским жезлом. Вскоре после своего водворения в храме список стал мироточить. И вот, в праздник иконы Божией Матери «Милостивая», 25 ноября 1999 года, чудотворный образ был возвращен в Зачатьевский монастырь. Торжественный крестный ход прошел по старым московским улочкам от храма святого пророка Илии до обители. В нем участвовал Патриарх Алексий II, четыре архипастыря, множество священников и мирян Русской Православной Церкви. В монастыре Святейшим Патриархом была отслужена Божественная литургия. Предстоятель Русской Православной Церкви поздравил насельниц с возвращением чудотворного образа и пожелал, чтобы святыня укрепляла мать-игуменью, духовенство, сестер обители и всех тех, кто приходит в Зачатьевский монастырь на общую молитву. Патриарх Алексий II вручил игуменье Иулиании посох последней настоятельницы монастыря как символ того, что отныне ей вручается попечение о насельницах обители. Святейший Патриарх пожелал милости Царицы Небесной в дальнейшем возрождении монастыря.
Два года спустя произошло еще одно долгожданное событие: 16 мая 2001 года состоялось прославление в лике святых основательниц Зачатьевского ставропигиального женского монастыря игумении Иулиании и монахини Евпраксии – верных помощниц Небесной Игумении в деле управления древней обителью.
При подготовке к этому великому празднеству сестрам вызвались помогать прихожане многих московских храмов. Вывозили горы мусора, стригли газоны, белили деревья, сажали цветы, красили двери и
