Правитель Ташкента Юнус-ходжа в 90-х гг. подчинил себе часть территории Старшего жуза до Чимкента включительно, а также овладел казахскими землями по правому берегу Сыр-Дарьи до городов Туркестана. Предоставив внутреннее управление биям, Юнус-ходжа собирал с казахского населения подати (зякет) и держал у себя заложниками влиятельных лиц из казахов.
Имеющиеся в источниках сведения о хозяйстве, социально-экономических отношениях и политическом устройстве киргизов в XVII–XVIII вв. очень скудны.
Хозяйство киргизов в XVIII в. в еще большей степени, чем у казахов, сохраняло натуральный характер, а в общественных отношениях у них более устойчиво держались родоплеменные пережитки. Феодальная эксплуатация была сильно замаскирована обычаями, связанными с родовой взаимопомощью.
Основную массу эксплуатируемого класса составляли трудящиеся скотоводы — букара. Так же как у казахов, у киргизов были рабы, называвшиеся кулами.
Эксплуататорский класс в киргизском обществе состоял из правителей-родоначальников, которые, как и у казахов, назывались биями, и из влиятельного слоя богачей — баев. В отличие от казахов киргизы не имели аристократии, ведущей свой род от Чингисхана. Власть биев в различных родах и племенах не была одинаковой. Китайские авторы, говоря о киргизах, отличали «высших начальников» — биев, которых сравнивали с хакимами и беками Синьцзяна, от следовавших за ними агалыкчи, называя этих последних «большими и малыми старшинами».
По свидетельству китайских авторов, у киргизов в XVIII в. существовал порядок передачи власти правителей (биев) по наследству, но феодальной государственности с династической властью ханов или султанов не было. Русские источники 80-х гг. XVIII в. также отмечают, что киргизы «все разделены по волостям и имеют своих старшин», и подчеркивают, что у этого народа «никакого хана и султана не находится, а имеют одного князя или бия Атекая, который во всей их орде в почтении». Названный здесь князем Атекай (Атеке) был манапом в племени сары-багышей.
По собранным русскими в XIX в. сведениям, первые манапы у киргизов появились не раньше конца XVII в. в северной части Тянь-Шаня и первоначально только у племени сары-багышей. В рассказах самих киргизов существовала версия, согласно которой слово манап происходит от собственного имени вождя племени сары-багышей Манапа, который жил в конце XVII в. и был прадедом Атеке. По преданиям, Манап обладал большой властью и правил с необычайной жестокостью. Слово «манап» стало нарицательным, оно распространилось среди других киргизских родов и племен в качестве обозначения родоначальника, бия, обладающего сильной властью.
Внешнеполитическая обстановка для киргизов определялась экспансией джунгарских феодалов и конфликтами с узбекскими властителями Ферганской долины. При завоевании Семиречья в 1683–1685 гг. джунгары потеснили северокиргизские племена, часть которых, по-видимому, уже в то время вынуждена была переселиться на юг — в горы Ферганы, на Алай и в некоторые районы Восточного Туркестана.
Китайские авторы сообщают, что киргизы, земли которых в долинах рек Кегень, Каркара и на берегах озера Иссык-Куль были захвачены джунгарами, переселились в Андижан и жили там до падения Джунгарского государства (Андижаном в китайских сочинениях называлась вся Ферганская долина и прилегающие к ней горные области). Воспоминания о тяжелой борьбе и бедствиях, которые пришлось испытать киргизскому народу в годы наступления джунгарских феодалов в конце XVII — первой половине XVIII вв., сохранились в киргизских исторических преданиях и в эпосе.
После разгрома маньчжурами Джунгарского государства многие киргизы вернулись на свои земли в Северном Тянь-Шане.
Вслед за завоеванием Джунгарии маньчжурские войска подчинили Восточный Туркестан и подошли вплотную к киргизским землям. В 1758–1759 гг. бии киргизских племен вступили в подданство Китая, но подданство это носило формальный характер и киргизы сохраняли свой прежний уклад жизни.
Номинальной была и власть кокандских правителей, влияние которых до самого конца XVIII в. ограничивалось отдельными районами восточной части Ферганской долины и прилегающих к ней гор. Но хотя киргизы фактически и не подчинялись власти кокандских правителей, они активно участвовали во многих важнейших событиях политической жизни Кокандского государства. В первые годы правления Ирданы-бия, пришедшего к власти в начале 50-х гг. XVIII в., видную роль в Фергане играл Кубад-бий, которого бухарский историк называл «главою киргизов», характеризуя его как «сподвижника и опору Ирданы».
Начало дипломатических связей киргизов с Россией было положено сары-багышами, во главе которых стоял упоминавшийся выше Атеке. В1784 г. впервые в русские города явились киргизские посланцы Абдуррахман и Ширгази, привезшие в дар Екатерине II «от главного родоначальника Атяки батыря» барсовые и рысьи шкуры. Посланцы эти были награждены, а Атеке послано в подарок 800 рублей серебром.
Хозяйственный упадок в Бухарском и Хивинском ханствах, проявившийся в первой половине XVIII в., был связан с усилением феодального гнета, ростом эксплуатации узбекских и таджикских крестьян и ремесленников. Вместе с тем происходил процесс концентрации феодального землевладения. Раздавая землю в издольную аренду мелким земледельцам, феодалы взимали с них всевозможные сборы и подати, вынуждали выполнять многочисленные повинности. Ремесленники подвергались феодальной эксплуатации путем взыскания пошлин, разных сборов, обязательных подношений и др. Деятельность ростовщического капитала, в свою очередь, способствовала разорению крестьян и усугубляла тяжесть феодальной эксплуатации.
В литературе того времени ярко описываются гнет, произвол и насилия, которые господствовали в Бухарском ханстве в конце XVII в. Субхан-Кули-хан (1680–1702) выдавал специальные документы на право досрочного сбора с населения податей натурой и деньгами. Налоги взыскивались за семь лет вперед. С мульковых (частновладельческих. —
Верховную власть в Бухарском ханстве продолжала удерживать династия Аштарханидов (1599–1753), внутри которой не прекращалась междоусобная борьба. В начале XVIII в. аштарханидские ханы превратились в номинальных правителей, которые возводились на престол и свергались враждующими феодальными кликами. Иногда сепаратистские выступления феодалов сочетались со вспышками народного возмущения.
О большом народном восстании против Абдул-Азиз-хана (1645–1680), центром которого было селение Дахбед, вблизи Самарканда, сообщает таджикский поэт Сайидо Насафи. Хан подавил восстание и сжег все непокорные селения в этом районе. В правление Убайдуллы-хана (1702–1711) массовое восстание, вызванное порчей монеты, вспыхнуло в столице. Придворный летописец, современник описываемого события, Мир Мухаммед Амини Бухари сообщает в связи с этим: «Народ Бухары непокорен и склонен к восстаниям и мятежам».
Не прекращались войны между Бухарским и Хивинским ханствами, равно как и усобицы в самом Хивинском ханстве. Хивинские ханы Абулгази (1643–1663) и Ануша-хан (1663–1687) совершали неоднократные набеги на бухарские владения. Абулгази-хан вероломно убил туркменских племенных вождей, после чего учинил беспощадный погром туркменских племен, приведший к запустению целых районов.
При последнем представителе династии Аштарханидов — Абулфайз-хане (1711–1747) слабость центральной власти и феодальная раздробленность страны достигли крайней степени. Современники рассказывали, что этот хан имел только титул, распоряжались же всем корыстолюбивые сановники, безнаказанно грабившие народ. В это время от Бухары отпало несколько важных областей; Ташкентом управляли то казахские ханы, то джунгарские феодалы, значительная часть Ташкентской области перешла в подчинение кокандского бия Абдуррахима. Балх с плодородной областью по левому берегу Аму-Дарьи оказался в руках потомков аштарханида Надир-Мухаммед-хана, а затем других узбекских владетелей; окрепла самостоятельность таджикского княжества Бадахшан, где у власти стояла местная династия, основанная во второй половине XVII в. Ярбеком.
