Антанты принял решение оккупировать не только Мурманск, но и Архангельск. Летом 1918 г. поднял мятеж чехословацкий корпус. Чехами были заняты почти все города на Транссибирской магистрали от Волги до Тихого океана. Был образован Восточный фронт, а чуть позже — Южный. В августе 1918 г. В. И. Ленин потребовал принять срочные меры по усилению войск в районе Архангельска, к удержанию во что бы то ни стало Котласа.
Гражданская война выявила острую необходимость в авиации. Руководящие органы государства стали обращать внимание на неотложные проблемы ее развития. В декабре 1918 г. правительством было принято решение об организации ЦАГИ. 31 декабря 1918 г. Президиум ВСНХ постановил объявить национализацию авиазаводов «Гном и Рон», «Дукс», «Моска», «Мотор». Для их управления было создано Главное правление объединенных авиапромышленных заводов (Главкоавиа), первоначально размещавшееся в доме № 3 на Лубянке, затем в доме № 6 на Сретенском бульваре, а с апреля 1922 г. — в зданиях на Биржевой площади и на Ильинке. Позже, в 1919 г., было национализировано еще 6 заводов, в том числе в Петрограде. Через год, 22 декабря 1919 г., чтобы улучшить проблему снабжения, Главкоавиа было передано в Совет военной промышленности (Промсовет), который, в свою очередь, подчинялся Чрезвычайному уполномоченному Совета рабоче-крестьянской обороны по снабжению Красной Армии и флота (Чусоснабарм).
Предприятия, входящие в Главкоавиа, получали номер вместо своего названия или названия фирмы. Завод «Дукс» стал называться Государственным авиационным заводом № 1 (ГАЗ № 1), Петроградский соединенный авиационный завод (в который вошли на правах филиалов все авиационные предприятия города) — ГАЗ № 3 и т. д. К этому стандартному обозначению иногда добавлялось почетное название завода. Например, ГАЗ № 3 «Красный летчик».
По сравнению с дореволюционной эпохой число заводов сократилось. Ряд предприятий, входивших в ГУВП, через некоторое время были закрыты или переведены в ремонтные. Новые самолеты фактически строились только в Москве, Петрограде, Таганроге.
Не ограничиваясь выпуском уже налаженной серийной продукции, в нелегкие годы Гражданской войны завод «Дукс» сумел организовать серийное производство новых модификаций, новых образцов боевой техники. Сначала это были истребители «Ньюпор-24» и «Ньюпор-24 бис», затем ГУВВФ попросило наладить постройку аппаратов «Сопвич-IV». По просьбе Поликарпова заводу с Московского авиационного парка-склада передали один образцовый аппарат «Сопвич»
Всего за 1918/19 операционный год УВВФ было передано несколько десятков самолетов типа «Ньюпор», «Сопвич», «Фарман-30». По программе, утвержденной Главкоавиа в августе 1919 г., до 1 мая 1920 г. завод «Дукс» должен был выпустить 60 разведчиков «Сопвич», 65 истребителей «Ньюпор-24 бис», освоить в производстве и построить 70 разведчиков «Де-Хевилленд-4», однако выполнить эту производственную программу не удалось.
Работать приходилось в сложных условиях: не хватало материалов, часто случались перебои с электроэнергией, топливом, поставками ацетилена и кислорода для сварки. Сохранилась служебная записка Поликарпова дирекции завода о том, что отсутствие мелких гвоздей не дает возможности вести производство. Не хватало инструментов и оборудования. В служебной записке, направленной в УВВФ, от 24 марта 1919 г. Николай Николаевич просил отпустить со складов ВВС электродрели или дать наряд на их приобретение.
Небольшой коллектив Технического отдела (в 1918 г. в нем насчитывалось всего 11 человек, в 1921 г. — 14) работал исключительно напряженно. Не хватало карандашей, бумаги, туши, чертежных принадлежностей. В холодное время года температура в помещениях доходила до 1–2 градусов. Тем не менее только за первые двенадцать дней декабря 1921 г. Техническим отделом было сделано 96 эскизов деталей, изготовлено 2 листа рабочих чертежей, снято 537 светокопий, испытано 225 образцов материалов, обработано более 200 страниц технической документации.
В годы Гражданской войны завод «Дукс» столкнулся с проблемами, общими для всей авиапромышленности: невыход рабочих на работу или их увольнение вследствие низких заработков, дезорганизация снабжения.
Ситуация явно стала выходить из-под контроля, что вызывало острую озабоченность у руководства ГУВФ, заинтересованного в поставках самолетов, моторов, другого авиационного имущества. Из-за границы, ввиду блокады со стороны западных государств, приобрести все это почти не представлялось возможным.
Сложность складывающегося положения наглядно отражает следующая выписка из протокола совещания в Заводском отделе УВВФ 21 сентября 1918 г.:
В первой половине 1919 г., вследствие скудного питания и эпидемий, на работу постоянно не выходило около 30 % личного состава авиазаводов. На «Дуксе» эта цифра была выше.
30 июля 1919 г. заведующий приемкой писал в Главвоздухфлот:
Однако никаких положительных сдвигов в этом направлении сделать не удалось. Производственная программа первого полугодия 1919 г. в среднем была выполнена на 10 %, и лишь завод «Дукс» сумел построить 25 % самолетов от запланированных.
В августе 1919 г. ГУВВФ просило правительство принять меры к милитаризации авиационных заводов, видя в этом единственную возможность хоть как-то сохранить производство.
Отсутствие необходимых материалов (особенно характерных для самолетов зарубежных разработок) вынуждало искать им замену. По предложению Николая Николаевича стойки коробки крыльев «Сопвича», потом «Де-Хевилленда-4» стали изготовляться из клееных реек, обмотанных полотняной лентой на клею. Была разработана специальная технология. После всесторонних испытаний Технический комитет УВВФ разрешил использовать такие стойки на самолетах. Замена была связана и с отсутствием экспорта. Зарубежные материалы имели иные физико-механические характеристики. Поэтому использование отечественных материалов даже в одном агрегате требовало полного перерасчета на прочность, изменения сечений, а в ряде случаев коренного изменения конструкции. Вместо прибивки полотна к нервюрам гвоздями на самолетах ДН4 и «Ньюпор» его стали пришивать шпагатом.
Для упрощения организации производства Поликарпов самостоятельно, не дожидаясь указаний «сверху», пытался унифицировать ряд близких конструкций.
Истребитель «Ньюпор-XXV» начал выпускаться со стабилизатором от «Ньюпора-ХХIV». И хотя за такую «самодеятельность» он получил выговор от УВВФ, после проведения испытаний руководство вынуждено было согласиться с его решением. Впрочем, и конструкция «Ньюпора» изменилась: уменьшен задний бензобак, за мотором установлена дополнительная стойка верхнего крыла, а вместо мотора «Клерже» в 130 л.с. поставили «Рон» мощностью 110 л.с. «Ньюпор-ХХIV» выпускался без заднего бензобака, что улучшило его устойчивость (машину испытывал Б. Россинский).
