1941 г. появился приказ Главного командования вермахта (ОКБ) по проведению боевых действий против партизан. Он предписывал поддерживать в частях состояние боевой готовности, создавать специальные конные патрули для охраны коммуникаций, проводить внезапные повторные налеты на населенные пункты, прочесывать местности и т. д.
С первыми частями немецких войск нашу границу перешли два легиона бандеровцев «Роланд» и «Нахтигаль». Они входили в состав дивизии войск СС «Бранденбург». Значительную помощь спецслужбам Германии в борьбе с партизанами оказали эстонские, латвийские, литовские, украинские и белорусские националисты. Много предателей на службе оккупантов было и из числа граждан РСФСР — Российская освободительная армия (РОА), казаки 15-го казачьего корпуса СС, казачьи, калмыцкие и мусульманские легионы. На оккупированной территории стали формироваться разведывательные и карательные органы противника. Из этой среды гитлеровцами рекрутировались кадры для проведения шпионско-диверсионной, террористической и иной подрывной деятельности против СССР.
Начиная с августа 1941 г. немецкое командование приступило к формированию специальных моторизированных и конных отрядов для борьбы с партизанскими формированиями. К осени 1941 г. при многих немецких частях были созданы истребительные команды, отряды и батальоны для борьбы с партизанами. Но развернувшееся партизанское движение вынудило немецкое командование применять в борьбе с партизанами крупные силы, вплоть до дивизий. Уже осенью 1941 г. немецкие генералы признавали, что инициатива в партизанской войне в тылу германских войск принадлежит партизанам. Генерал Роквер в секретном приказе № 1198/41 от 14 сентября 1941 г. указывал, что «в лице русских партизан мы встречаем очень деятельного, ловкого, подвижного и решительного противника, который отлично умеет использовать местность, проводит свои операции преимущественно по ночам и, действуя в собственной стране, в большинстве случаев, пользуется поддержкой населения». Подобное мнение выражал в приказе № 52 от 14 сентября 1941 г. и генерал Шенкендорф. Он отмечал, что «для успешной борьбы с партизанами… необходимо части дивизий охраны тыла расчленить вплоть до взводов и занять возможно большее число населенных пунктов. При этом проводить внезапные наступления на рассвете или незаметный захват населенных пунктов в темноте. Повторные удары проводить спустя 2–3 дня».
В 1941–1942 гг. при продвижении немецких войск вглубь советской территории, штабы фельджандармерии (ГФБ) на оккупированной территории немедленно приступали к организации карательных отрядов. В их задачу входили: вооруженная борьба с партизанским движением; проведение репрессивных мер по отношению к советским патриотам; охрана военных объектов и коммуникаций в тылу действующей германской армии и содействие в проведении мероприятий немецких оккупационных властей на оккупированной территории. Численность карательных отрядов в среднем состояла из 150 человек. Они делились на взводы, а те — на отделения. Они комплектовались в основном из бывших военнослужащих Красной Армии, которые, попав в окружение, возвращались к месту жительства. Начальниками этих карательных отрядов назначались бывшие военнослужащие — изменники Родины, назначенные на эти должности фельджандармерией. Карательные отряды обычно действовали совместно с полицией СД, фельджандармерией, частями немецкой армии и отдельными карательными формированиями. Для уничтожения партизан были созданы и так называемые ягдкоманды (истребительные команды). Их структура давала возможность бороться против партизан весьма ограниченными силами. Они применялись чаще всего для проведения разведки боем. Численность их колебалась от взвода до роты. Главное в их тактике — скрытное продвижение, позволяющее как можно ближе подойти к партизанам, внезапно атаковать их и постараться уничтожить.
Для усиления борьбы с партизанским движением и советской разведкой в оккупированных районах нашей страны наряду с управлениями полиции безопасности и СД в марте 1942 г. был создан специальный орган «Зондерштаб Р» (Особый штаб по России). В его задачи входило выявление дислокации партизанских формирований, их руководящего состава, численности, партийной прослойки и совершение террористических актов в отношении командно-политического состава.
Германские спецслужбы — абвер и гестапо — большое внимание уделяли работе внутри партизанского движения. Начальник тылового района Северного фронта в приказе № 1198/41 от 14 сентября 1941 г. требовал «создать широкую сеть секретных агентов, хорошо инструктированных и знающих ближайшие пункты явок. Создание этой организации является совместной задачей дивизий охраны тыла и тайной полиции!». В партизанские отряды засылалась агентура из числа предателей Родины с задачей разложения их изнутри, проведения террористической и диверсионной деятельности. Часто группы агентов под видом партизан или разведчиков Красной Армии, снабженных подлинными документами и радиоаппаратурой, забрасывались в партизанские соединения для выявления мест их расположения. Боевые операции против партизан зависели от разведданных, в большинстве случаев добытых агентурным путем. В особых указаниях по борьбе с партизанами, а их в разное время было издано немецким командованием несколько, 11 ноября 1942 г., 10 февраля 1943 г. и 1 апреля 1944 г., говорилось, что «облавы против партизан без агентуры и проводников всегда будут безрезультатными, поэтому их следует предпринимать только с использованием агентуры».
Поэтому одной из важнейших задач ЦШПД считал усиление борьбы с агентурой противника, проникавшей в партизанские формирования. По документам ЦШПД, республиканских и областных ШПД видно, что они придавали особое значение созданию в партизанских соединениях оперативных групп безопасности для борьбы с вражеской агентурой. Они действовали совместно с органами НКВД на правах их особых отделов.
В январе — феврале 1942 г. немцы пытались задушить партизанское движение в зародыше, бросив против них крупные силы. Тяжёлые бои с карателями партизанские отряды и соединения проводили на Украине, в Белоруссии и в западных областях Российской Федерации. Многие партизанские отряды при этом были рассеяны и ушли в города для продолжения борьбы в подполье. Часть отрядов погибла, а некоторые отошли за линию фронта. Уцелели лишь те из них, где во главе были опытные, хорошо подготовленные командиры. В ночь на 26 марта 1942 г. полиция безопасности и части СС и СД нанесли удар по минскому подполью. 28 руководителей подполья были повешены, 251 подпольщик расстрелян. Однако ничего не помогло оккупантам. Уже к весне 1942 г. партизаны стали представлять серьезную опасность для коммуникаций немецкой армии. Поэтому для решительной борьбы с партизанами немецкому командованию приходилось стягивать в уже оккупированные районы страны большие силы. А для крупных операций в областях, где партизанское движение приобрело широкий размах, как в Белоруссии, Брянской области и некоторых других районах, немецкое командование вынуждено было снимать отдельные воинские части с фронта. По оценке немецкого командования, уже в 1942 г. партизанская война в России оттянула на себя более 12 немецких дивизий, 1 горнострелковый корпус и 11 пехотных и кавалерийских бригад.
Гитлеровцы постоянно устраивали карательные экспедиции против партизанских зон и краев, пытаясь разгромить партизанские формирования и уничтожить население, поддерживающее партизан. Из изменников родины гитлеровцы формировали лжепартизанские отряды, которые занимались всяческой дискредитацией советских партизан. Однако, опираясь на население, партизанская разведка смогла своевременно срывать планы оккупантов и своевременно разоблачать предателей. В 1942 г. отрядом Д. Н. Медведева были разоблачены и уничтожены три лжепартизанских отряда. Один из них, в районе Хотинска, занимался грабежами населения, изнасилованиями женщин, которых потом расстреливали.
По немецким источникам, в 1941 г. против советских партизан действовало 78 специально выделенных батальонов. В 1942 г. их было уже 140. В первой половине 1943 г. — уже 270, а к концу года их было свыше 500. В 1942 г. немцы провели ряд крупных карательных экспедиций против партизан, сжигая на своем пути деревни и села и зверски расправляясь с населением. Четыре карательных экспедиции были проведены в Ленинградском партизанском крае, но это не уменьшило масштабов деятельности партизан.
С весны 1943 г. немцы начали широкие военные действия против брянских партизан. Только в мае против них действовала 40-тысячная армия, в том числе 292-я мотопехотная дивизия, 2 полка 492-й пехотной дивизии, 102-я венгерская пехотная дивизия, около 120 танков 18-й танковой дивизии, 3 артдивизиона, 7 специальных батальонов по борьбе с партизанами при поддержке авиации.
