Самолеты шли непрерывными волнами и с высот около 5000 м вываливали свой бомбовый груз. Всего над базой до заката, по данным ПВО, прошли 168 Ju-88, 13 Не-111 и 60 Ju-87. На самом же деле самолетов было еще больше — посты ВНОС, не привыкшие к таким налетам, просто не успевали считать прибывающие эскадрильи. По немецким данным, в сумме на объекты СОРа в эти сутки обрушилось 525 тонн бомб, в том числе одна 1700-килограммовая и семь 1400-килограммовых. К концу суток в городе было разрушено и подожжено до 100 домов, убитые и раненые исчислялись сотнями. Тушить пожары было нечем, поскольку водонапорная станция была уничтожена одним из первых ударов. Рихтгофен, который первую половину дня наблюдал за действиями своих подчиненных, летая на «Шторьхе», а во второй половине дня перебрался на специально для него построенную в южном секторе наблюдательную вышку, не без удовлетворения записал в дневник:
«Во время первого налета нефтяные резервуары начали гореть. Русские, по-видимому, попытались потушить их. Огонь начал гаснуть через полчаса или около того. Затем прибыла новая волна, русские нырнули в убежища, и огонь начал расти опять. После обеда они окончательно сдались и просто позволили им догореть».
Одновременно бомбардировке подверглись позиции зенитной артиллерии, главным образом расположенного на Северной стороне 110-го зап. Удары по ним с пикирования осуществляли снайперы из группы III/LG1. По немецким данным, в течение авиационной подготовки к штурму к молчанию были приведены 13 зенитных батарей, в то время как 26 других были «атакованы с хорошим результатом». Генерал Плохер, находившийся тогда на штабной должности в 4-м воздушном флоте и лично присутствовавший при описываемых событиях, после войны свидетельствовал, что «спустя несколько первых дней в безоблачном небе можно было наблюдать только несколько изолированных облачков разрывов зенитных снарядов». По советским данным, в результате налетов 2 июня было выведено из строя только одно зенитное орудие и ранено восемь человек артиллеристов. Основной же причиной снижения интенсивности зенитного огня являлась экономия боеприпасов, расход которых совершенно не покрывался доставкой.
Небо также стало объектом ожесточенной воздушной схватки. Советские перехватчики совершили около 30 вылетов, причем практически все они сопровождались воздушными боями. Ветераны 6-го гиап Алексеев и Катров сбили Ju-88, Катров самостоятельно — Bf-109, а лейтенант Кособьян на И-16 — еще один «юнкерс». Не отставали от них и пилоты 247-го иап ВВС РККА. Капитан Абрамов и лейтенант Шишков вдвоем сбили «мессершмитт», а затем каждый самостоятельно «юнкерс» и «мессершмитт» соответственно. Кроме того, семерка штурмовиков в сопровождении пятерки «яков» совершила дневной налет на аэродром в Евпатории, где, по донесению, уничтожила 11 и повредила один двухмоторный самолет.
Немцы всех этих потерь не признают. По их данным, в воздушных боях пострадал на 35% лишь один Ju-88 из III/LG1. Другой «юнкерс» из KG51 погиб якобы в результате случайного попадания снаряда собственной полевой артиллерии. Не вернулся на свой аэродром Ju-87 командира эскадрильи 5/StG77 обер-лейтенанта Финка, который признали жертвой зенитного огня, а один из «хейнкелей» I/KG100 пострадал на 20% при рулежке на собственном аэродроме.
Потери советской стороны оказались большими. «Мессершмитты» сбили «ишачок» Кособьяна, который получил серьезные ранения. Другой подбитый И-16 лейтенанта Николаева разбился при приземлении. Пилот погиб. Вечером на глазах у аэродромной команды пара «мессершмиттов» из II/JG77 сбила перелетавший на Кавказ для ремонта ДБ-3 капитана Разумова. Но гораздо более тяжелая утрата была понесена в этот день в море. Вечером немецкая разведка обнаружила в море конвой, куда входил танкер «Михаил Громов» (836 брт), тральщики «Т-411», «Т-412» и четыре сторожевых катера. Такое слабое охранение объяснялось весьма просто — 28 мая командование ЧФ приняло решение из-за «усилившейся опасности для кораблей флота в Севастополе вследствие захвата противником инициативы в воздухе и непрерывного патрулирования немецкой авиации над главной базой» использовать для конвоирования быстроходных транспортов и танкеров базовые тральщики и сторожевые катера, в то время как «эскадренные миноносцы лучше оставлять для конвоя у Кавказского побережья». Но разве могли тральщики и катера, на которых практически отсутствовала зенитная артиллерия дальнего боя, отражать массированные налеты торпедоносцев? Они помешали прицельно сбросить бомбы 11 «юнкерсам», но ока зались бессильны против десятки «хейнкелей», атаковавших судно с обоих бортов. Судно получило попадание торпеды в носовую часть, которое сразу же вызвало пожар и серию взрывов. Спустя час танкер переломился надвое и затонул. Войска СОРа недополучили 745 тонн авиационного и автомобильного бензина. «Громов» стал последним танкером, который командование ЧФ пыталось провести в Севастополь. С этого момента для доставки горючего использовались только подводные лодки. Бензин закачивался им в топливно-балластные цистерны, откуда через неплотные соединения бензиновые пары проникали внутрь прочного корпуса. При многочасовом движении в подводном положении запах начинал буквально дурманить моряков, делая почти невозможным несение вахты в прилегающих к топливным цистернам отсеках.
Несмотря на все усилия подводников, к 15 июня в Севастополе оставалось авиабензина марки Б-78 на пять суток боев, Б-74 — на шесть, а бензина Б-70, расходуемого как самолетами, так и автомобилями, всего на два дня. Это заставило привлечь к перевозкам бензина и подводные лодки типа «малютка». Условия перевозки на них оказались еще хуже — в ограниченном внутреннем пространстве быстро создавалась дурманная атмосфера, а затем и взрывоопасная смесь. 23 июня на «М-33» и «М-32» произошли взрывы, причем на находившейся в Новороссийске «М-33» от ожогов пострадало семь человек, один из которых умер. Хуже пришлось экипажу «М-32», взрыв на которой произошел в тот момент, когда утром она собиралась отойти от причала Стрелецкой бухты близ Севастополя. Из-за полученных повреждений лодка не смогла выйти в море, и ей до темноты пришлось лечь на грунт. Все это время экипаж и восемь человек эвакуированных, среди которых были женщины, задыхались в пропитанной парами бензина атмосфере. Вскоре почти все впали в состояние наркотического опьянения, а женщины умоляли командира застрелить их, чтобы избежать мучительной смерти. Опьянение сменилось сном, так что к наступлению вечера в состоянии стоять на ногах остались только командир капитан-лейтенант Н. А. Колтыпин и старшина Н. К. Пустовойтенко. Потом заснул и командир, приказав Пустовойтенко разбудить его в 21.00. Мобилизовав все свои силы, старшина продержался до назначенного срока, но добудиться до командира так и не смог. Тогда он самостоятельно заставил подводную лодку всплыть, открыл рубочный люк и после этого потерял сознание. Спустя некоторое время в результате притока свежего воздуха экипаж начал приходить в себя. В конечном итоге корабль был спасен, но с этого момента от перевозки бензина на малых подводных лодках отказались. Тем не менее благодаря мужеству подводников летчики на аэродроме Херсонесский маяк были всегда обеспечены горючим в необходимом количестве. Никогда бензиновый голод не являлся причиной отмены полетов.
Однако вернемся к событиям начала июня. 3-го числа основные усилия VIII авиакорпуса были сосредоточены на позициях I сектора обороны СОРа, которые на ялтинском шоссе противостояли войскам немецкого 30-го корпуса. Одной из советских частей, попавших в тот день под удар, являлась 8-я бригада морской пехоты, которой командовал полковник Е. И. Жидилов. Он вспоминал:
«3 июня вражеские самолеты сбросили на передний край нашей бригады не менее тысячи бомб. На следующий день налет повторяется. Матросы сидят в укрытиях, держа наготове оружие. Вместе с авиабомбами фашисты сбрасывают с самолетов стальные крестовины, сваренные из кусков рельса с просверленными дырами. Падают такие ежи с оглушительным воем. Враг рассчитывает воздействовать на психику обороняющихся. Пустое дело! Матросы наши пережидают бомбежку, потом, когда самолеты уходят, поднимаются, стряхивают с себя землю, поправляют отдельные разрушения. Конечно, мы несем потери, но они невелики. Наша артиллерия и немногочисленная авиация отвечают меткими сосредоточенными ударами».
Все советские источники сходятся на том, что с 3 по 6 июня наземные соединения СОРа в результате вражеских налетов понесли весьма незначительные потери. Не наблюдалось и падения морального духа защитников, хотя за период 24 мая — 6 июня немецкие самолеты сбросили над районом 638 тысяч листовок. Севастопольцы искренне верили, что если им удалось отстоять свой город в тяжелейшие месяцы 41–го, то теперь, в 1942-м, враг сломает зубы при попытке штурма «черноморской твердыни». В то же верили и летчики 3-й авиагруппы, хотя счет по воздушным победам продолжал складываться не в их пользу. Днем с Кавказа на Херсонесский маяк должны были перелететь девять ЛаГГ-3 и два Як-1 из состава последней эскадрильи 9-го иап ВВС ЧФ. Для прикрытия перелета с аэродрома