Спереди ангар герметически закрывался мощной дверью-крышкой, открывающейся в сторону правого борта. Через люк в полу ангар сообщался с прочным корпусом, что позволяло начинать подготовку самолетов к старту еще до всплытия на поверхность. Тем не менее с момента всплытия подлодки в надводное положение и до подъема в воздух всех трех самолетов проходило не менее 45 минут.
Погреб авиационного боезапаса, располагавшийся в четвертом отсеке, вмещал четыре авиационные торпеды, три 800-кг и двенадцать 250-кг бомб.
Бортовой бомбардировщик-торпедоносец для I-400, разработанный фирмой Aichi, получил обозначение М6А1 Seiran. Это был поплавковый моноплан с рядным двигателем жидкостного охлаждения. Для размещения самолетов в ангаре были разработаны специальные стартовые тележки, которые могли передвигаться по рельсам, проложенным по полу ангара, а затем по треку катапульты. Тележка имела встроенный гидравлический подъемник, который позволял опускать самолет при закатывании в ангар и наклонять, придавая бомбардировщику дополнительный угол атаки в 3,5 градуса при установке его на пусковую позицию катапульты. В ангаре тележка фиксировалась на рельсах особыми зажимами, а на стартовой позиции зацеплялась за крюк силового поршня катапульты.
Поплавки самолетов хранились под палубой в двух герметичных цилиндрических контейнерах, по три поплавка в каждом. Поплавки крепились на тележках ипопарно подавались на палубу по рельсам по мере необходимости. Перед ангаром в носовой части лодки была установлена специально спроектированная катапульта Тип 4, мод. 10, с длиной трека 27 м, углом возвышения 3 градуса и шириной колеи 1,2 м, рассчитанная на запуск самолетов массой до 5 тонн. Она обеспечивала разгон самолета до скорости 34 м/с и старт с перегрузкой до 2,5 д.
У левого борта был установлен складной 12-тонный подъемный кран, убирающийся в углубление палубы, который предназначался для приема на борт самолетов после их приводнения.
Кроме основного авиационного вооружения, лодка имела восемь носовых 533-мм торпедных аппаратов с запасом 20 торпед, кормовое 140-мм орудие и десять 25-мм зенитных автоматов — три трехствольных и одна одноствольная установки. Субмарина оснащалась радиолокационными станциями обнаружения надводных и воздушных целей. Чтобы снизить радиолокационную и акустическую заметность, легкий корпус лодки покрыли специальным каучуковым составом. Правда, несмотря на все принятые меры (применение резинометаллических амортизаторов, каучуковое покрытие). шумность лодок STo оставалась достаточно высокой.
Экипажу подводного корабля были обеспечены хорошие условия обитаемости, запасы пресной воды и провизии соответствовали автономности в 90 суток, хотя по запасам топлива подлодка могла находиться в море более 100 суток (дальность плавания экономическим ходом— 37 500 миль). Рабочая глубина погружения составляла 100 метров. Лодки STo строились в условиях чрезвычайной секретности, и принимаемые японцами меры увенчались успехом. Уже после войны американское командование было вынуждено признать, что появление японских подводных авианосцев было для него полной неожиданностью.
Первый подводный авианосец I-400 был передан флоту 30 декабря 1944 года, а 8 января 1945 года был принят и второй — 1-401. Третья субмарина I-402 достраивалась в Сасебо, однако в марте 1945 года уже практически готовую лодку вернули в док, чтобы перестроить ее в танкер. Тогда же было прекращено и строительство I-403, на тот момент ее готовность составляла 60 процентов. В конце этого же месяца заказ аннулировали, и лодку разобрали на верфи флота в Сасебо. Не повезло и последнему заложенному подводному авианосцу I-404. Хорошо замаскированную I-404 с готовностью более 95 процентов, находящуюся на верфи в Куре, при очередном налете случайно потопила американская авиация.
Подлодки I-400 и 1-401 составили основу 1-й подводной ударной флотилии, основной боевой задачей которой была атака шлюзов Панамского канала, назначенная на июль — август 1945 года.
Кроме лодок типа STo в состав 1 —й подводной ударной флотилии были включены и менее крупные лодки-авианосцы 1-13 и i-14(типа am). Они были заложены в феврале — апреле 1943 года из-за опасений, что строительство больших подлодок sto может затянуться. Проект лодок типа am представлял собой модернизацию крейсерских лодок типа А2 (лодки-ретрансляторы — в их задачу входила ретрансляция радиосигналов управления Морского штаба на всей акватории Тихого океана), на которых был установлен ангар на два бомбардировщика-торпедоносца seiran. Благодаря этому удалось использовать уже имеющийся задел металла и механизмов.
Всего было заложено четыре лодки этого типа — 1-13, 1-14, 1-15 и 1–1, но достроены только две — 1 -13 и 1-14, вошедшие в строй, соответственно, 16 декабря 1944 года и 14 марта 1945 года.
Лодки типа AM имели, по сравнению с исходными лодками А2, более широкий корпус и, соответственно, большую осадку и водоизмещение. Увеличенный ангар для хранения двух гидросамолетов с внутренним диаметром 3,5 м располагался над прочным корпусом, а боевая рубка (также в виде горизонтального цилиндра) была смещена к правому борту. На них устанавливалась менее мощная и более экономичная дизель-электрическая установка, оснащенная шнорхелем для работы дизелей под водой. Тем не менее использование существенно более громоздкого и тяжелого авиационного оборудования, увеличение запасов авиационного бензина и численности экипажа до 108 человек привели к значительному сокращению числа топливных танков. В результате дальность плавания 16-узловым ходом не превышала 21 000 миль, существенно ухудшились и условия обитаемости экипажа. После всплытия субмарины в надводное положение для подъема в воздух обоих гидросамолетов требовалось не менее 30–35 минут.
К 1-й подводной ударной флотилии был приписан и 631-й авиакорпус, оснащенный самолетами М6А1 Seiran. Уже с осени 1944 года летчики 631-го авиакорпуса (в него были собраны уцелевшие пилоты гидропланов с подводных авианосцев со всего флота, в том числе и знаменгитый Нобуо Фудзита, некогда атаковавший побережье Америки) приступили к освоению нового самолета и комплексным тренировкам. Для ускорения обучения с двух прототипов М6А1 Seiran даже сняли поплавки и установили их на колесное шасси — эта учебная модификация получила обозначение M6A1-Ki Nanzan.
В горах в северо-западной части острова Хонсю японцы построили макеты, изображавшие панамские шлюзы, на которых пилоты отрабатывали бомбометание. Учебные катапультирования осуществлялись прямо с лодок, стоящих у причала, при этом с них каждый раз приходилось убирать маскировку (стога сена и даже сенокосилки), скрывавшую лодки от бомбардировок американской авиации, которая уже безраздельно господствовала в небе над Японией.
Тренировки крайне осложнялись нехваткой горючего, 1 —я подводная ударная флотилия числилась в резерве, а имеющийся на базе флота в Куре небольшой запас топлива предназначался, прежде всего, для боевых подразделений. Поэтому в середине июня I-400 и 1-401 были отправлены в поход в китайский Дайрен, чтобы получить необходимое горючее и продовольствие. Однако в Японском море 1-401 наткнулась на американскую магнитную мину и получила серьезные повреждения, после чего ей пришлось возвратиться на базу.
К июлю 1945 года 1-я подводная ударная флотилия достигла боевой готовности (потеряв при этом в катастрофах два М6А1 Seiran вместе с экипажами), был утвержден и план удара по Панамскому каналу — флотилия должна была отплыть с Японских островов на юг, пройти через Индийский океан, обогнуть Африку у мыса Доброй Надежды, войти в Атлантический океан, а затем подняться на север к Карибскому морю, чтобы нанести удар по каналу с неожиданной стороны, не из Тихого океана, где американский флот ожидал нападения, а из Атлантического, где японских кораблей не ждали. Шесть из десяти самолетов флотилии
