«Супер Хорнета» сопровождали три заправщика S-3B. Пилотировавший F/A-18Е лейтенант-коммендер Джэйсон Норрис позже признался: «Я нервничал, не в отношении полетов в Ираке, а перед длительным перелетом над океаном». На следующий день четыре F/A-18E/F преодолели с двумя дозаправками от танкеров КС-135 маршрут в 3700 км от Диего-Гарсия до авианосца «Авраам Линкольн», находившегося в Персидском заливе, время перелета составило почти 7 ч.
Через 12 ч после посадки на «Ликольне» экипажи «Супер Хорнетов» авиакрыла авианосца «Нимиц» уже присутствовали на предполетной подготовке. Первый полет считался ознакомительным, однако уже в этом полете экипаж F/A-18F эскадрильи VFA-41 поразил КАБ с лазерным наведением две БМП в районе международного аэропорта Багдад. F/A-18F выполняли боевые вылеты с контейнерами ATFLIR в боевых порядках пар, причем несколько раз ведомыми были F/A-18E из эскадрильи VFA-115 или F-14D из эскадрильи VF-31. Боевая работа выполнялась из положения дежурства в воздухе. В одном вылете выполнялась четыре дозаправки: попутная (от F/A-18E) на маршруте к району патрулирования, непосредственно перед патрулированием (от заправщика ВВС США), через час патрулирования (от заправщика ВВС США) и встречная (от F/ А-18Е) при возвращении на авианосец. Общее время патрулирования составляло два часа, причем патрулирование выполнялась в двух районах — смена района производилась после дозаправки в воздухе. Координаты цели выдавались с земли, но поиск самих целей экипажи выполняли с помощью аппаратуры ATFLIR.
2 апреля экипаж F/A-18F в составе летчика лейтенант-коммендера Марка Вейсгербера и оператора вооружения лейтенант-коммендера Брайна Гэррисона выполнил ночной боевой вылет в район Карбалы. В этом полете «Супер Хорнет» с «Нимица» впервые попал под огонь малокалиберной зенитной артиллерии, который, впрочем, ущерба не причинил, так полет выполнялся на высоте 3000 м. По команде с земли экипаж вышел в заданный район, самостоятельно обнаружил цель и поразил ее КАБ с лазерным наведением. Затем экипаж (точнее — пару, ведомым являлся F-14D) направили ближе к Багдаду. В окрестностях Багдада был отмечен сильный огонь зениток, трассы которых существенно снизили эффективность очков ночного видения. Первым удар по скоплению бронетехники нанес «Томкэт» (двумя КАБ), затем — «Супер Хорнет», уничтоживший одной КАБ танк. Повторную атаку выполнили британские СВВП «Харриер» GR.Mk 7. «Супер Хорнет» и «Томкэт» ушли на авианосец; в этом полете дозаправка в воздухе выполнялась трижды.
2 апреля этот же экипаж F/A-18F выполнял задание по обеспечению продвижения колонны американской морской пехоты юго-восточнее Багдада. Вновь отмечался сильный зенитный огонь, ущерба, впрочем, не причинивший. Командование многонациональных сил опасалось самоубийственных атак колонны смертниками на начиненных взрывчаткой автомобилях, поэтому летчикам приказали препятствовать приближению к колонне любых автомобилей на расстояние менее 1 км. Предписывалось давать очередь из пушки перед машиной, а если та не остановиться — уничтожать. За время первого патрулирования экипаж «Супер Хорнета» открывал предупредительный огонь по двум грузовикам трижды — машины остановились на обочине шоссе: наносить удары на поражение не потребовалось. После дозаправки экипаж получил новое задание в зоне действий 3-й пехотной дивизии армии США — район международного аэропорта Багдад (лейтенант-коммендер Вейсберг вспоминал, что этот приказ прилива энтузиазма у него не вызвал, так как зенитный огонь здесь был особенно интенсивным). От экипажа требовалось найти и уничтожить артиллерию, обстреливавшей американскую пехоту, координаты иракских пушек были известны лишь приблизительно. Хорошо замаскированные пушки экипаж достоверно найти не смог по причине густого облака пыли и интенсивной стрельбы из всех видов оружия, затруднявшей работу тепловизионной аппаратуры. Удар двумя КАБ был нанесен по вспышкам выстрелов. Вскоре из 3-й пехотной дивизии поступили донесение об ослаблении артиллерийского обстрела — возможно вследствие работы «Супер Хорнета».
Самолеты F/A-18E/F с авианосца «Нимиц», в отличие от «Супер Хорнетов» ранней постройки, состоявших на вооружении 115-й эскадрильи, были оснащены системой MIDS и несли серийные контейнеры ATFLIR* отличавшиеся повышенной надежностью. Самолеты эскадрильи выполняли боевые вылеты с разведывательными контейнерами SHARP, один контейнер эскадрилья получила до отправки своих «Супер Хорнетов» на театр военных действий, второй — уже в Персидском заливе. Испытания контейнеров к тому времени завершены не были, тем не менее, в конце апреля с контейнерами SHARP выполнялось не менее 20 % боевых вылетов над Ираком — обычно один дневной и один ночной полеты в сутки; полеты выполнялись на средних высотах. Как минимум один боевой вылет был выполнен с контейнером SHARP и корректируемыми бомбами, которыми был нанесен удар по наземной цели.
Два F/A-18E в конфигурации танкеров («5 wet») в течение пяти дней выполняли по три — четыре боевых вылета, в то время как F/A- 18F наносили удары по наземным целям, в том числе приняли участие в налете на Тикрит, когда полет продолжался 5,5 ч. Обратно на авианосец «Нимиц» все четыре «Супер Хорнета» вернулись 6 апреля.
В 2006 г. эскадрильи VFA-115 и VFA-22 (F/A-18E) работали над Ираком с авианосца «Рональд Рейган». В среднем каждая эскадрилья выполняла по 12–14 самолетовылетов на поражение наземных целей ежедневно и шесть полетов на дозаправку. Удары наносились 3227-кг КАБ GBU-12 с лазерным наведением и GBU-38 JDAM с коррекцией по GPS, а также УР AGM- 65 «Майверик». Обычно самолеты несли для самообороны по одной УР AIM-120 AMRAAM и AIM-9X (самолеты обеих эскадрилий были оснащены нашлемными прицелами JHMCS). Полеты продолжались по шесть — шесть с половиной часов с двумя дозаправками в воздухе. Боевая работа чаще всего выполнялась «по вызову», из положения дежурства в воздухе. Выход на цель осуществлялся по командам передового авианаводчика, атака — на основе информации контейнера ATFLIR. Самолеты обеих эскадрилий выполняли полеты на тактическую разведку с контейнерами SHARP.
В феврале 2007 г. самолеты F/ А-18F эскадрильи VFA-103 и F/A-18Е эскадрильи VFA-143 в течение 11 суток выполняли с авианосца «Дуайт Д. Эйзенхауэр» боевые вылеты в Ирак, затем авианосец в течении трех недель находился у берегов Сомали — его авиация оказывала помощь (больше демонстрировала силу) в борьбе с местными пиратами.
Большую часть дальнего похода самолеты с авианосца «Эйзенхаур» действовали в интересах наземных войск, сражавшихся с глобальным терроризмом в Афганистане. Иногда боевые вылеты выполнялись в смешанных боевых порядках: F/A-18F и F/A-18E. Двухместные самолеты использовались для управления действиями одноместных, но обычно управление действиями авиации осуществлялось с наземного КП. Атаки выполнялись автономно с использованием контейнерной тепловизионной и лазерной аппаратуры. «Супер Хорнеты» эскадрилий VFA-103 и VFA-143 выполнили огромный объем работы по тактической разведке в преддверии «весеннего наступления» многонациональных сил против талибов: на основе данных разведки были подготовлены цели для работы ударных самолетов А-10А и F-15E, стратегических бомбардировщиков В-1 В.
С увеличением масштаба воздушных операций над Ираком и Афганистаном после 2007 г. количество боевых вылетов истребителей-бомбардировщиков «Супер Хорнет» возросло. Типовым вариантом боевой нагрузки являлся следующий: один или два подвесных топливных бака, от двух до четырех КАБ (обычно сочетание КАБ с лазерным наведением и КАБ JDAM с коррекцией по GPS). В Афганистане для поражения наземных целей часто используются бортовые 20- мм пушки; использование пушек объясняют двумя факторами — отсутствием сильной ПВО и стремлением избежать жертв среди местного населения. Боевые вылеты выполняются днем и ночью.
