Взятая на вооружение Плеве и Судейкиным новая система на первом этапе оказалась весьма эффективной и приносящей зримые плоды. В ночь на 5 июня 1882 г. Судейкин провел в Санкт-Петербурге небывалую по масштабам облаву и за один раз арестовал 120 революционеров, практически обезглавив «Народную волю». Во главе обескровленного революционного движения жандармский подполковник предусмотрительно планировал поставить завербованного им Дегаева, которому устроил «героический побег» из заключения. Поскольку почти все руководители подпольной организации были арестованы, провокатор должен был стать ее полновластным руководителем, а все лавры за последующий ее разгром должны были принадлежать Судейкину. Однако хитроумно задуманный план Судейкин не успел реализовать. Разоблаченный своими прежними товарищами-революционерами, Дегаев сознался в предательстве и, спасая себе жизнь, обязался устранить своего хозяина, в котором народовольцы видели главную для себя опасность. С помощью Дегаева террористам удалось заманить жандармского подполковника в засаду и убить его 16 декабря 1883 г. Такая гибель своего самого ценного сотрудника, безусловно, поразила директора Департамента полиции, но тем не менее не отвратила от выработанной новой системы.
Помимо текущей работы по ликвидации революционного подполья, руководитель государственной безопасности в силу занимаемой должности активно работал в Комиссии по подготовке «Положения о мерах к охранению государственного порядка и общественного спокойствия». Разработанный документ предусматривал возможность введения в отдельных губерниях исключительного положения двух степеней – состояния усиленной охраны губернии и состояния чрезвычайной охраны. При любом из вариантов полномочия как местных властей, так и Министерства внутренних дел резко расширялись, а сам министр наделялся практически неограниченными правами. Согласно положению, власти получали право запрещать «народные общественные и даже частные собрания», закрывать торговые и промышленные заведения, органы печати, обыскивать, арестовывать, учреждать особые военно-полицейские команды, передавать дела на рассмотрение военных судов. Само положение было утверждено 14 августа 1881 г. и первоначально вводилось как временное, сроком на три года, но его действие постоянно продлевалось, и оно просуществовало вплоть до Февральской революции 1917 г., оставаясь «одним из самых устойчивых основных законов Российской империи». К началу XX в. режим усиленной охраны распространялся на губернии, в которых проживало более трети населения России. Таким образом, директор Департамента полиции сам во многом разрабатывал те юридические нормы, которые впоследствии определяли условия работы его ведомства.
Не секрет, что Плеве считал, что если правительство «не в силах изменить исторического течения событий, ведущего к колебанию государства, то оно обязано поставить ему преграды». Все это давало основание части современников, и в первую очередь С.Ю. Витте, утверждать, что Плеве «не может придумать никаких мер для устранения общественного возмущения, кроме мер полицейских, мер силы или мер полицейской хитрости». Мнение это на первый взгляд опровергается запиской с анализом внутренних причин развития революционных настроений в обществе, поданной Плеве новому (с 1882 г.) министру внутренних дел Д.А. Толстому. В ней Плеве в качестве духовного противовеса революционной идеологии выдвигал «другую, подобную же силу – силу религиозно-нравственного перевоспитания нашей интеллигенции». Казалось бы, данное положение опровергает выше приведенное высказывание С.Ю. Витте. Однако, учитывая безыдейно-карьеристские наклонности Плеве, сомнительно, чтобы оно отражало его действительные убеждения. Скорее всего, составляя записку, он, как всегда, просто подлаживался под взгляды своего начальника – Д.А.Толстого, который, прежде чем стать министром внутренних дел, долгие годы занимал должность обер-прокурора Синода. Во всяком случае, в своей повседневной деятельности в сфере государственной безопасности никаких попыток к «религиозно-нравственному перевоспитанию» интеллигенции Плеве не предпринимал, ограничиваясь одним лишь полицейским надзором. Когда, например, по прошению детей Чернышевского Александр III согласился перевести их отца из Сибири в Астрахань, то Плеве шифрованной телеграммой предписал начальнику Астраханского жандармского управления Головину «иметь особых негласных агентов, на коих возложить постоянный надзор за действиями Чернышевского, так как с его стороны могут быть попытки побега... Распорядитесь снять с него фотографические карточки, коими... снабдить, по соглашению с губернатором, полицейских чинов и жандармов... Примите также меры, чтобы попытка бегства морем не могла иметь места». По приезде в Астрахань к Чернышевскому были приставлены три агента, один из которых поселился рядом с ним и негласно наблюдал за образом его жизни, его занятиями и знакомствами, следил за посещающими его лицами. Подобной деятельностью Плеве как министр Д.А. Толстой, так и император остались довольны.
20 июля 1884 г. в возрасте 38 лет Плеве назначается сенатором и на время оставляет службу в ведомстве государственной безопасности. В начале следующего года с оставлением в звании сенатора Александр III назначает его товарищем министра внутренних дел. Когда 25 апреля 1889 г. умер министр внутренних дел Д.А. Толстой, перед императором встал вопрос о его преемнике. Александру III пришлось выбирать из двух кандидатов на этот пост – И.Н. Дурново и В.К. Плеве. Предпочтение в конечном итоге было отдано первому, поскольку многие приближенные царя запугивали его, называя бывшего директора Департамента полиции «чарующим, но страшно умным человеком» и «умным и ловким, как Вельзевул». Для честолюбивого Плеве это был, безусловно, сильный удар, однако он остался товарищем министра при своем более удачливом сопернике. Как отмечал отнюдь не расположенный к нему С.Ю. Витте, фактически всю работу по руководству министерством при Дурново вел его заместитель.
Новый этап карьеры Плеве начинается с января 1894 г., когда он назначается государственным секретарем с оставлением в звании сенатора. В мае 1896 г. он был пожалован в статс-секретари Его Императорского Величества. На новом посту участвует в работе разнообразных законосовещательных органов и комиссий: по делам дворянского сословия, рассмотрению проекта уголовного уложения (член с 3 июня 1898 г.) и др. С августа 1899 г. исправляет должность министра статс-секретаря Великого княжества Финляндского, энергично проводит политику русификации и объединения Финляндии с Российской империей, активно поддерживая деятельность в этом направлении генерал-губернатора Финляндии Н.И. Бобрикова. Плеве был награжден орденами Св. Станислава 1-й степени, Св. Анны 2-й и 1-й степеней, Св. Владимира 3-й и 2-й степеней, Белого Орла и Св. Александра Невского.
Тем временем вновь оказалась свободной должность министра внутренних дел после убийства эсером Балмашевым занимавшего этот пост Сипягина. Благодаря поддержке влиятельного при дворе князя В.П. Мещерского Николай II в апреле 1902 г. назначает на нее Плеве. На новом посту он проявил себя сторонником жесткой линии по отношению ко всем оппозиционным движениям, жестоко подавив выступления крестьян в Подольской и Харьковской губерниях, разогнав ряд земств и нанеся чувствительные удары партии эсеров. В мае 1903 г. министр вводит институт уездной полицейской стражи, заменившей прежнюю сельскую полицию. Директором Департамента полиции он назначает А.А. Лопухина и первоначально дает добро начальнику Московского охранного отделения С.В. Зубатову на его эксперименты с «полицейским социализмом», имевшим целью вывести рабочее движение из-под влияния революционеров и поставить под контроль полиции.
Очень скоро выяснилось, что на министерском посту Плеве не устраивал ни значительную часть правящей элиты, ни либеральное общество, ни, разумеется, революционеров. Уже сама его фамилия стала в обществе предметом каламбуров и всевозможных насмешек: «плевое министерство», «плевый проект», «плевки» – сторонники Плеве, «плевела» – его мысли и мероприятия и т.д.
Заняв пост своего убитого предшественника Сипягина, Плеве не мог не понимать, что и сам является одной из наиболее притягательных мишеней для террористов. Отдавая себе отчет в этой опасности, министр внутренних дел перестал ходить пешком днем и гулял лишь ночами в сопровождении пяти-шести агентов. Понятно, что революционеры ненавидели каждого министра внутренних дел как конкретного проводника направленной против них карательной политики самодержавия. Однако после Кишиневского погрома в апреле 1903 г., во время которого погибло 40 евреев и 3 христианина, ненависть революционеров (многие из которых сами были евреями) к Плеве, которого они считали главным виновником этого события, выросла неимоверно. Возглавлявший «боевую организацию» партии эсеров Евно Азеф решил любой ценой убить лично ненавистного ему министра. То обстоятельство, что он сам с 1892 г. работал на Департамент полиции, не остановило провокатора. По его приказу террористы устраивают самую настоящую охоту за министром внутренних дел.
Организация «казни» Плеве была поручена знаменитому впоследствии террористу Б. Савинкову. Согласно плану Азефа эсеровские боевики установили слежку за маршрутом и точным временем
