556 томов Метрики, архива XIV–XVII веков, содержат записанные в хронологическом порядке все важнейшие исторические события в Великом княжестве Литовском.
В 1596 году на церковном соборе в Бресте Лев Сапега в звании королевского комиссара выступил в защиту унии между православием и католичеством. Современный белорусский историк А. Грицкевич писал:
«В октябре 1596 года в Бресте была заключена церковная уния, акт об организационном объединении католического костела и православной церкви на территории Речи Посполитой. Целью унии были необходимость объединения обеих церквей против протестантизма, идейное объединение духовенства и феодалов Речи Посполитой при проведении внутренней и внешней политики, сохранение религиозно-культурной независимой державы, противодействие стремлению русского царя захватить земли Беларуси и Украины. Лев Сапега одержал идею создания униатской церкви. Он выступил на соборе с пламенной речью в защиту церковной унии».
Слияния православной и католической церквей не произошло, возникло новое религиозное направление, усложнив политическую ситуацию в Великом княжестве Литовском. Ожидаемого полного исчезновения конфликтов между католиками и православными на территории Речи Посполитой не произошло. Национальную объединенную церковь в Великом княжестве Литовском также создать не удалось. После 1596 года началась борьба конфессий в Речи Посполитой. Исследователь В. Чаропка писал в работе «Отец Отчизны Лев Сапега»:
«На своем примере Сапега показывал идеал, как он это понимал, межконфессиональных отношений.
В то время, когда увеличивалось в Речи Посполитой вероненавистничество, когда православный Константин Острожский называл папу антихристом и угрожал католикам и униатами войной, когда католик Юрий Радзивилл жег Библию, напечатанную его отцом-протестантом, когда униат Кунцевич закрывал православные церкви, Сапега строит и католические, и униатские, и православные храмы, основывает при них школы, издает православную литературу. Грозно звучит предупреждение Сапеги тем, кто сеял рознь между христианами: «Каждого такого я сейчас вызываю на суд Божий страшный, и с ним о том на страшном суде Христовом судиться хочу, где ему это пусть не будет прощено». И если в Великом Княжестве сохранялся религиозный мир, то только потому, что на его охране стоял канцлер Лев Сапега».
До конца жизни Лев Сапега делал все от него зависящее, чтобы создать новую, единую церковь Великого княжества Литовского. Он старался не выходить «за рамки правового поля» – «Боже, охрани нашу Отчизну от такого ужасного беззакония!» Религиозные конфликты он решал мирным путем. Исключением стал приговор ста могилевским жителям, убившим архиепископа И. Кунцевича, закрывшего православные храмы в Могилеве – их приговорили к смертной казни; имущество конфисковали, Могилев лишили всех привилегий. И. Саверченко писал о Льве Сапеге:
«Униатская церковь, по его мысли, должна была спасти белорусский народ от духовного гнета, стать заслоном на пути польской и московской экспансии».
В 1599 году, через пять лет после смерти первой жены, Лев Сапега женился на княжне Елизавете Радзивилл, дочери великого гетмана литовского.
После смерти московского царя Федора Ивановича в 1598 году Лев Сапега предложил московским боярам кандидатуру Сигизмунда III – царем стал Борис Годунов. Сигизмунд хотел получить и корону Швеции – своей родины. Великое княжество Литовское ждала новая война. Чтобы не воевать на два фронта, необходимо было договориться с Москвой. В начале октября 1600 года во главе посольства из тысячи человек Лев Сапега отправился в Москву. Он вез с собой предложения по созданию унии трех славянских государств. В. Чаропка писал:
«В мире складывались мощные коалиции. Католическая лига, во главе которой стояли папа римский и Габсбурги. Протестантские краины создавали свой протестантский союз. Турецкие султаны объединяли мусульманский мир. Под прикрытием религиозных идей эти союзы прежде всего заботились о расширении своих границ – завоевании новых земель. Лев Сапега хотел создать славянский союз Польши, Литвы и Московии, что позволило бы наконец установить между ними долгожданный мир и защититься общими силами от наступления мусульманской Порты и завоевательных планов Швеции. Великая идея, стоящая того, чтобы посвятить себя ее осуществлению».
Уже началась в Прибалтике война Швеции и Речи Посполитой. Несмотря на это Польская Корона не торопилась объединяться с Москвой. Военные действия вот-вот могли начаться на землях Великого княжества Литовского. Великий канцлер предлагал руководству Московского царства:
«Государи обоих стран должны быть друг с другом «в любви и союзе и в приязни», паны-рада и бояре думные «в союзе и вечной нераздельной любви братской», как люди одной веры христианской, одного языка и народа славянского. Никаких договоров, вредящих обоим государствам, государи не заключают, внешняя политика согласовывается. Государства должны помогать друг другу в случае военной угрозы.
Земли, завоеванные двумя государствами, принадлежат тому государству, которое «имеет на нее права». Если земли ранее были чужие, то их надо поделить или владеть сообща.
Шляхта и дворяне могли служить в обеих странах, жениться без препон, получать земли там, где их «выслужить». Государства могли свободно обмениваться студентами, предлагалась свобода вероисповедания, разрешалось строить в Московском царстве костелы, в Речи Посполитой – православные храмы. Купцы могли свободно торговать в обоих государствах, преступники подлежали экстрадиции. Необходимы две короны – при коронации одна возлагается московским послом на голову государя Речи Посполитой, другая возлагается послом Речи Посполитой на голову московского царя.
Государь Речи Посполитой выбирается с учетом мнения московского царя. Если у Сигизмунда III не будет наследников, Речь Посполитая может выбрать государем царя. После московского государя его сын при вступлении на престол клятвой и присягой подтверждал союз. Если у московского царя не будет наследников, московский трон занимает Сигизмунд».
Предложения были реальными, их можно было обсуждать, можно было договариваться. В середине октября 1600 года великое посольство прибыло в Москву. Через полтора месяца Льва Сапегу в думе принял царь Борис Годунов. Великий канцлер выступил перед московским царем и боярами:
«Мы славяне – единый народ, Бога прославляем единого. Одного этого достаточно, чтобы заключить вечный мир между государствами, установить дружбу между государями, чтобы между собой вечную любовь и согласие имели и против всех поганых выступали».
Переговоры шли всю зиму и были очень усложнены приездом в Москву в феврале 1601 года шведского посольства. Заключить унию Речи Посполитой и Московского царства не удалось, но двадцатилетнее перемирие было подписано и в начале 1602 года ратифицировано. Лев Сапега писал:
«Ничего серьезного с нами заключать не хотели, только требовали князю своему царского титула и возврата земли Инфлянтской». В апреле 1601 года Лев Сапега вернулся домой.
Польша вела войну за шведскую корону. Войска Короны шли в Прибалтику по землям Великого княжества Литовского, которые разорялись почти как во время ведения военных действий. Увещевания поляков не помогали, пришлось приводить войска княжества в боевую готовность и в январе 1603 года на Всеобщем Сейме в Слониме ультимативно потребовать от Польской Короны наказания преступников, грабивших население, а также материальной компенсации для ограбленных жителей».
Великий канцлер Лев Сапега не поддержал Лжедмитрия в его походе на Москву. На сейме 1605 года он осудил попытки переворота претендента на царский трон. Сторонник унии Речи Посполитой и Московского царства и не мог поступить иначе. Лев Иванович заявил, что король и великий князь не отвечает за действия самозванца, а Речь Посполитая сохраняет перемирие с Московским царством. Перемирие, впрочем, продолжалось не двадцать лет. Историк Анатолий Грицкевич писал:
«Лев Сапега обращал большое внимание на события в соседней Московской державе, особенно после убийства в мае 1606 года в Москве Лжедмитрия I. В 1607 году Лев Сапега пришел к выводу, что войны с Россией не избежать. В августе 1607 года с его согласия двоюродный брат Л. Сапеги Ян Петр Сапега поступил на службу Лжедмитрия II. Уже на сейме 1609 года Лев Сапега решительно выступил за вступление в войну с Россией, так как «никогда Речь Посполитая лучшей оказии для расширения границ не имела».
Весной 1609 года войска Сигизмунда III и Лев Сапега с тысячей воинов собственной хоругви