приверженность насильно пострижен в монашество, на которое столько нападали жидовствующие: не здесь ли тайная причина, почему он, как увидим, постоянно обнаруживал сильную неприязнь против преподобного Иосифа Волоцкого, его учеников и против всего монашества и почему ревностно заступался за жидовствующих. После опалы крамольных бояр Иоанн примирился с женою своею Софиею и сыном Василием и объявил (21 марта) последнего великим князем Новгорода и Пскова, а чрез два года 414 апреля 1502 г.) посадил на великое княжение всея Руси по благословению митрополита Симона; внука же Димитрия вместе с матерью его Еленою (11 апреля 1502 г.) заключил в темницу и не велел поминать более великим князем.
Последующие события расположились еще больше не в пользу жидовствующих. В Москве начался ряд Соборов, вызванных отчасти самими же еретиками, — Соборов для внутреннего благоустроения Церкви, на которые вызываем был и преподобный Иосиф Волоколамский, успевший в это время приблизиться к Иоанну и расположить его к окончательному поражению ереси.
В 1503 г. составился Собор в Москве. На нем присутствовали под председательством митрополита Симона Геннадий, архиепископ Новгородский, шесть епископов и множество низшего духовенства, в среде которого находились и знаменитые старцы — Паисий Ярославов, Нил Сорский и Иосиф Волоколамский. В совещаниях Собора принимали участие оба великих князя — Иоанн III и сын его Василий.

Вызванный в Москву для присутствования на Соборах знаменитый игумен волоколамский не мог не воспользоваться этим случаем, чтобы не походатайствовать лично пред государем о том деле, в котором принимал такое живое и пламенное участие.
Иоанн не раз с любовию принимал у себя преподобного Иосифа, беседовал с ним наедине о новгородских еретиках, сознавался, что знал и прежде их ереси, знал, какую ересь держал протопоп Алексей и какую держал Федор Курицын (верно, тогда уже умерший, а он еще был жив в 1497 г.), объявил, что даже невестка его Елена увлечена была в жидовство, и просил прощения у Иосифа, присовокупив: «А митрополит и владыки меня в том простили». Иосиф отвечал: «Государь, подвигнись только на нынешних еретиков, а за прежних Бог тебя простит». Знак, что прежде Иоанн действительно покровительствовал жидовствующим или, по крайней мере, снисходил им, чего нельзя было не заметить особенно при удалении с кафедры митрополита Зосимы.
Одно только смущало теперь престарелого Иоанна: не грех ли казнить еретиков (хотя прежде казнил)? И когда Иосиф объяснил ему, что не грех, то дал слово обыскать их по всем городам и искоренить. Но Иосиф по окончании Соборов возвратился в свой монастырь; время шло, а великий князь не исполнял данного слова. Иосиф не утерпел: он написал (весною 1504 г.) к духовнику Иоанна, андрониковскому архимандриту Митрофану, рассказал ему о своих свиданиях и беседах с государем, о его обещаниях, доказывал, что еретиков следует проклинать и казнить, и умолял Митрофана, чтобы он напомнил и подокучил Иоанну исполнить данные обещания относительно еретиков. Кончилось тем, что в декабре 1504 г. состоялся в Москве Собор на жидовствующих, на котором присутствовал сам государь с сыном Василием, митрополит Симон и святители со множеством духовенства.
Приглашен был на Собор и преподобный Иосиф и был здесь главным обличителем еретиков. Несчастные были не только преданы церковному проклятию, но и осуждены. Одни из них, виновнейшие, — Иван Волк Курицын, Димитрий Коноплев и Иван Максимов были сожжены в клетке 27 декабря в Москве; другие сожжены потом в Новгороде: Некрас Рукавов, которому предварительно урезали язык, архимандрит Кассиан с братом и еще многие; третьих отправили в заточение, иных разослали по монастырям, а чрез двадцать дней после первой казни (может быть, случайное совпадение) скончалась в темнице (18 января) и несчастная княгиня Елена.
Эти страшные казни произвели на всех потрясающее действие. Многие из еретиков стали каяться в надежде получить помилование, многие из православных почувствовали к ним сострадание. Князь-инок Вассиан по своему близкому родству с государем первый начал ходатайствовать пред ним за каявшихся. Вместе с Вассианом ходатайствовали за них и некоторые из владык, бояр и старцев. Но Иосиф, узнав о том, непрестанно писал к Василию Иоанновичу (Иоанн уже скончался 27 октября 1505 г.), чтобы он не верил раскаянию жидовствующих, как вынужденному и притворному, и велел держать их неисходно в темнице, дабы они не прельстили других людей. И великий князь послушал Иосифа. Это возбудило против Иосифа великое негодование в бывших ходатаях: они разразились на него такими хулами и укоризнами, которых даже нельзя передать письменно.
27 июля 1511 г. преемник митрополита Симона Варлаам возведен на митрополичий двор и наречен митрополитом всей России, а 3 августа поставлен на митрополию.
В дни первосвятительства Варлаамова происходили последние вспышки ереси жидовствующих. Ее держались тайно еще многие, особенно между вельможами, которые, по выражению одного почти современного писателя, обратились тогда из страха от ереси к православию только лицом, а не сердцем.
Главным покровителем этих мнимо покаявшихся еретиков был старец-князь Вассиан, который, прибыв еще в 1503 г. из своей пустыни в Москву, поселился в Симоновом монастыре. Он вошел в особенную доверенность государя и сделался таким временщиком, что его боялись некоторые даже более, нежели самого Василия Иоанновича. Вассиан не упускал случаев действовать в пользу покровительствуемой им партии, враждебной православному духовенству и монашеству, и продолжал борьбу с преподобным Иосифом Волоцким.
Однажды ученики последнего, Дионисий, князь звенигородский, да Нил Полев, жившие в Белозерской пустыни, донесли ему, что нашли следы ереси жидовствующих у двух белозерских пустынников, и прислали к нему священника, бывшего свидетелем события. Иосиф препроводил присланную грамоту и священника к Ростовскому архиепископу Вассиану, своему брату, в епархии которого состояли белозерские монастыри и пустыни.
Вассиан, находившийся тогда в Москве, представил грамоту великому князю, а великий князь показал ее старцу-князю Вассиану Косому и спросил его: «Хорошо ли делают твои пустынники?» Вассиан отвечал, что все донесение ложно, и когда присланный священник подтвердил справедливость грамоты, то Вассиан просил дозволения отдать его на пытку. Священника пытали, изломали ему ногу, и он умер, но от своих слов не отказался. Великий князь прогневался на старцев Дионисия и Нила, писавших грамоту (хотя следовало бы прогневаться не на них, а на старца-князя Вассиана за такую пытку), и сказал: «Сами между собою бранятся, а меня в грех ввели». И велел сжечь пустыни старцев Дионисия и Нила, а самих отдать под начало в Кириллов монастырь. Вассиан Косой, без сомнения, торжествовал с своею партиею, а Иосиф должен был перенести скорбь со своими учениками.
Но, видно, Вассиан не довольствовался одними хульными словами против Иосифа и святителей, не пощадивших на Соборе ереси жидовствующих; вероятно, еретики, пользуясь покровительством этого сильного временщика, начали смело поднимать свои головы и угрожать опасностию православию, потому что Иосиф в 1511–1512 гг. нашелся вынужденным снова со слезами умолять великого князя Василия Иоановича от лица всей своей обители и писал к нему:
«Ради Бога и Пречистой Богородицы, попекись и промысли о Божественных церквах и православной вере и об нас, нищих твоих и убогих…
Как прежде, боговенчанный владыко, ты поревновал благочестивому царю Константину и вместе с отцом своим до конца низложил скверных новгородских еретиков и отступников, так и теперь, если ты, государь, не позаботишься и не подвигнешься, чтобы подавить их темное еретическое учение, то придется погибнуть от него всему православному христианству… Как в первом обыску все ты, государь, обыскал и управил, так и ныне подобает тебе попещися: ты всем глава, покажи ревность твоего благочестия… Отец твой по проклятии еретиков Захарии чернеца и Дионисия попа велел заключить их в темницу, и они там скончались и не прельстили никого из православных.
А которые начали каяться и отец твой покаянию их поверил, те много зла сотворили и многих христиан увлекли в жидовство. Так, невозможно никому той беды утолить, кроме тебя, государя и самодержца всей Русской земли».