Такой результат вполне объясним, т.к. в силу своей компоновки В-58 обладает хорошими качествами при полете в условиях турбулентной атмосферы. При относительно высокой (более 500 кг/м 2 ) удельной нагрузке на крыло в сочетании с малым удлинением крыла (пологий наклон кривой коэффициента подъемной силы по углу атаки), большой жесткости конструкции, благоприятном распределении масс, а также благоприятном соотношении фаз колебаний самолет сравнительно слабо реагирует на порывы ветра. Это подтверждалось и при полетах со сверхзвуковой скоростью на больших высотах в турбулентной атмосфере, связанной со струйными течениями. Наблюдавшиеся при этом нагрузки не превосходили допустимые.
Однако летчик не в состоянии длительное время пилотировать самолет на малой высоте над неровной местностью при ограниченной видимости. Для этого требуется автоматическая система следования рельефу местности. Уровень техники того времени не позволял объединить функции обзора и следования рельефу местности в одном радиолокаторе (в США это достигнуто лишь созданием импульсно-доплеровской РЛС Вестингауз AN/APQ-164 для В-1В). Требовалась дополнительная РЛС, которая при элементной базе тех лет не могла быть малогабаритной, а плотная компоновка В-58 не допускала размещения крупноразмерных систем. Предлагалось несколько решений (в том числе установка контейнерной РЛС следования рельефу местности в обтекателе на носке крыла В-58), но они не были доработаны. ТВ (для низких уровней освещенности) и ИК системы переднего обзора (аналогичные оптико-электронной системе AN/ASQ-151 EVS, установленной в начале 1970-х годов на B-52G/H) даже не рассматривались для В-58 из-за того, что они не могли служить основным датчиком для скоростного самолета.
Вместе с тем и уже разработанное для самолета оборудование явно не было рассчитано на большие перегрузки, характерные для полета в условиях турбулентности. Можно вспомнить, например, что опытные В-58 легко совершали бочки (в феврале 1958 г. были выполнены подряд три полные бочки при М=0,93 на высоте 7620 м), но на серийных самолетах выполнение этих фигур запрещалось из опасения вызвать повреждения навигационно-бомбардировочной системы (считается, что катастрофа В-58 на авиационной выставке в Ле Бурже в 1961 г. произошла из-за нарушения этого запрета: летчик не смог восстановить управляемость после выполнения бочки). Таким образом, трудности с системой следования рельефу местности и чувствительность бортового оборудования к перегрузкам в сочетании с дальнейшим снижением дальности самолета при переходе на малые высоты привели к тому, что возможность маловысотных операций на В-58 была признана ограниченной, а приспособление самолета к маловысотному полету – нецелесообразным.
САК не испытывало большой любви к В-58 и из-за значительных эксплуатационных трудностей. Строгость самолета в пилотировании проявилась еще во время его испытаний, но если в первые два года полетов серьезных происшествий удалось избежать, то за полтора последующих (с декабря 1958 г. по июнь 1960 г.) произошло восемь катастроф, в которых погибли 11 человек и несколько получили тяжелые травмы. Это и обусловило необходимость создания учебно-тренировочного варианта ТВ-58А. К январю 1964 г. разбились еще три самолета. Во второй половине 1960-х годов аварийность самолетов снизилась, но все же была достаточно высока и к моменту снятия В-58 с вооружения всего было потеряно около 20% построенных машин. Наибольший резонанс получили катастрофы, происшедшие в 1961 г. и 1965 г. на парижских авиасалонах.
Вследствие плотной компоновки, доступ к агрегатам при наземном обслуживании был затруднен, и В-58 слыл у техников-эксплуатационников «кошмарным» самолетом. Например, один из часто заменяемых элементов РЛС можно было извлечь лишь после подъема (с помощью лебедки) из кабины спасательной капсулы, для подключения питания и проверки работы РЛС после замены элемента капсулу нужно было водворить на место, а если РЛС все жб не заработала, то вся процедура повторялась вновь. Для замены поврежденной панели обшивки самолет приходилось помещать в стапель. Бортовая электроника требовала многочисленных специальных поверочных приборов (40 только для настройки навигаци- онно- бомбардировочной системы).
На земле при полностью заправленных внутренних топливных баках самолет имел допустимую центровку только с подвешенным баком-контейнером, а без контейнера – опрокидывался на хвост (что и случалось в эксплуатации). Поэтому перед снятием контейнера необходимо было отлить топливо из внутренних баков (если они были полностью заправлены), и наоборот, полная заправка внутренних баков не допускалась до подвески контейнера. При отсутствии контейнера, чтобы предотвратить опрокидывание самолета на хвост, к носу самолета (к узлу в нише носовой стойки шасси или переднему узлу крепления контейнера) крепился противовес массой 2,8 т.
Из-за сложности эксплуатации В-58 требования к квалификации летного и наземного обслуживающего персонала были одними из самых высоких в ВВС США. Строевые летчики подбирались по личной рекомендации командира авиакрыла и должны были иметь налет на реактивных самолетах не менее 1000 ч, из них 500 ч в качестве командира экипажа многодвигательного реактивного самолета (В-47, В-52, КС-135).