Антиохийский патриарх Макарий – и это было уже последнее личное участие его в тогдашних Соборах наших, потому что чрез десять дней он уехал из Москвы на родину, щедро наделенный царем и нашим патриархом. Присутствовали также митрополиты: Никейский Григорий, Молдавский Гедеон, а из русских – Новгородский Макарий, Казанский Корнилий, Ростовский Иона, архиепископы: Суздальский Иосиф, Тверской Лаврентий, Астраханский Иосиф, Псковский Макарий и епископ Коломенский Александр, также множество архимандритов, игуменов, протопопов, попов и дьяконов. Неронову вменили в вину то, что он: а) будучи сослан в монастырь, не испросил себе прощения у святого Собора, но бежал из монастыря и, обходя тайно разные места, возмущает не утвержденные в вере души; б) написал многое ложное о государе царе Алексее Михайловиче, о патриархе Никоне и о всех четырех Вселенских патриархах, отметаясь греческого православия, и укорил старые святые книги, писанные на хартиях за двести, триста, пятьсот и более лет; в) не испросив благословения и не примирившись с святою Церковию, постригся от своего единомысленника, архимандрита переславльского Данилова монастыря Тихона (это второе лицо из монашествующего духовенства, открыто присоединившееся к четырем протопопам, враждебным Никону). Вследствие всех означенных вин Собор судил отсечь Неронова с его единомысленниками от святой Церкви и постановил: «Иван Неронов, иже ныне в чернцах Григорий, и с своими единомысленники, иже не покоряющеся святому Собору, от Святыя Единосущныя Троицы и от св. Восточныя Церкве да будут проклята». И если Собор Московский 1656 г., начавшийся 23 апреля и закончившийся 2 июня, изрек анафему, как мы видели собственно на не повинующихся Церкви в сложении перстов для крестного знамения, то настоящий Собор изрек проклятие вообще на единомысленников Неронова как не покоряющихся Церкви во всем, в чем не покорялся Церкви Неронов и в чем доселе не покоряются его последователи, – с этого Собора началось действительное отделение русских раскольников от православной Церкви, начался русский раскол.
Инок Григорий Неронов, проживая в Игнатьевой пустыни или скрываясь в другом месте, может быть, и не слышал о соборном на него проклятии. Но когда чрез несколько времени он прибыл в Москву, то близкие к нему люди начали умолять его, чтобы он показался патриарху Никону, хотя другие советовали беречься. Григорий решился идти к Никону, взяв с собою недавно изданную книжку «Скрижаль», которая произвела на него глубокое впечатление. В ней было напечатано, что креститься должно тремя перстами, что о том писали Никону все четыре патриарха, а непокорных предали клятве, и Григорий стал размышлять: «Кто я окаянный? Не хочу творить раздора со Вселенскими патриархами, не буду им противен: ради чего мне быть у них под клятвою?» И 4 генваря 1657 г. пришел Григорий на патриарший двор, стал у крестовой палаты и поклонился Никону, когда он шел к Божественной литургии. Никон спросил: «Что ты за старец?» «Я тот, – отвечал Григорий, – кого ты ищешь, – казанский протопоп Иоанн, в иночестве Григорий». Никон пошел в церковь, а Григорий, идя пред ним, говорил: «Что ты один ни затеваешь, то дело не крепко; по тебе будет иной патриарх, все твое дело переделывать станет – иная тебе тогда честь будет, святый владыко». Никон вошел в соборную церковь, а Григорий остановился на пороге церковном. По окончании литургии патриарх велел Григорию идти за собою в крестовую. Здесь Григорий начал говорить – «Ты, святитель, приказал искать меня по всему государству и многих из-за меня обложил муками... Вот я пред тобою – что хочешь со мною делать? Вселенским патриархам я не противлюсь, а не покорялся тебе одному... Ты писал на меня, как напечатано в книге „Скрижаль“, ко Вселенским патриархам, что мы мятеж творим и противимся тебе в вещах церковных, а патриархи тебе отвечали, что подобает креститься тремя перстами, непокоряющихся же заповедали предать проклятию и отлучению. Если ты с ними согласен, то я этому не противлюсь; только смотри, чтоб была истина: я под клятвою Вселенских патриархов быть не хочу». Никон ничего не отвечал, но молчал. Григорий продолжал: «Какая тебе честь, владыко святый, что всякому ты страшен, и про тебя, грозя друг другу, говорят: знаете ли, кто он, зверь ли лютый, лев, или медведь, или волк? Дивлюся: государевой царевой власти уже не слыхать, а от тебя всем страх, и твои посланники страшны всем более царевых...» И Никон отвечал: «Не могу, батюшка, терпеть». И затем, подавая Григорию челобитные (которые поданы были царю протопопами Аввакумом и Даниилом с братиею), сказал: «Возьми, старец Григорий, и прочти». Григорий продолжал: «Святитель, прежде мы от тебя много раз слышали: греки-де и малорусы потеряли веру, и крепости и добрых нравов у них нет. А ныне то у тебя и святые люди и учители закона. Арсений – чернец порочный; Паисий, патриарх Иерусалимский, писал о нем государю, что он, Арсений, еретик, и велел его остерегаться, потому что многие ереси содержит в себе, был и в Римском Костеле и в еллинском зле. И благочестивый царь, посоветовавшись с патриархом Иосифом, сослал Арсения в Соловецкий монастырь. А ты взял его из Соловецкого монастыря на смуту и устроил его учителем и правителем к печатному тиснению. Есть много свидетелей, что он человек порочный». Никон отвечал: «Лгут-де на него, старец Григорий, то-де на него солгал по ненависти троицкий старец Арсений Суханов, что в Сергиеве монастыре келарь, когда послан был по государеву указу и по благословению Иосифа патриарха в Иерусалим и в прочие государства».
Никон, очевидно, желал искренне примириться с Григорием и, после того как он воссоединился с Церковию и покорился церковной власти, готов был делать ему всякое снисхождение, но не так отвечал ему Григорий. Однажды последний сказал Никону: «Иностранные (греческие) власти наших Служебников не хулят (Неронов разумел Служебники, которых сам держался, напечатанные до Служебника Никонова), но и похваляют». И Никон отвечал: