Может быть, другого человека суровые испытания заставили бы изменить взгляды на жизнь, но с Петером этого не произошло. Более того, общение в заключении с профессиональными революционерами только укрепило его веру. Выйдя осенью 1909 году из тюрьмы, он тут же включается в нелегальную партийную работу. Под несколькими псевдонимами, среди которых и «Павел Иванович», он занимается агитационно-пропагандистской работой в Риге. В августе 1911 году — новый арест, ссылка на поселение в Иркутскую губернию, откуда весной 1914 году он бежал, использовав чужие документы на имя Яна Карловича Берзина. С тех пор за Петером Кюзисом закрепилось это имя, хотя иногда его называли и Павлом Ивановичем Берзиным.
Во время войны, в 1915, Ян призван в армию и вел партийную работу на Северо-западном фронте. Спасаясь от преследования, он в 1916 году перебирается в Петроград, и устраивается на завод слесарем, продолжает революционную работу. В Октябрьские дни вместе с латышскими красными стрелками участвовал во взятии Зимнего дворца, входил в состав партийных комитетов Выборгского района и всего Петрограда. После Октября работал в ВЧК у Ф. Э. Дзержинского, участвовал в подавлении выступления эсеров в Москве, в разгроме мятежа в Ярославле. Затем работал в наркомате внутренних дел секретарем местного отдела управления делами, членом редколлегии «Вестника НКВД РСФСР».
В марте 1919 году он вернулся в ставшую советской Латвию на пост товарища наркома внутренних дел. Но здесь ему пришлось поработать лишь два месяца. Уже в мае Ригу захватили интервенты. А в июле начинается служба Берзина в Красной Армии. Он назначается начальником политотдела 11-й Петроградской стрелковой дивизии, затем начальником Особого отдела ВЧК Армии Советской Латвии, которая стала позднее 15-й армией (август 1919 — ноябрь 1920). С этой армией он участвовал в боях на петроградском направлении, а с весны 1920 в составе Западного фронта, которым командовал М. Н. Тухачевский, дошел почти до Варшавы. При отступлении Красной Армии выполнял задание Дзержинского по эвакуации войск из Белостока. Незадолго до расформирования 15-й армии «Железный Феликс» рекомендует его на работу в Региструпр Полевого штаба РВСР (потом Разведупр, Разведотдел Штаба РККА).
В течение года он возглавляет ключевой — агентурный отдел управления, который назывался тогда оперативным, а в декабре 1921 года становится заместителем начальника советской военной разведки. В этот период, как уже говорилось, начинается становление военной разведки, на работу в центральный аппарат приходят люди имеющие опыт разведывательной работы в период гражданской войны, постепенно стабилизируется личный состав.
В отличие от А. Я. Зейбота, новая работа Берзину нравится, и он с энтузиазмом берется за дело. Уже в начале 20-х годов он и сам побывал нелегально за рубежом — в Германии, Чехословакии, Польше, Англии, (впоследствии неоднократно выезжал и в эти и другие страны).
1 марта 1924 года, когда Зейбот получил, наконец, долгожданную отставку, его заместитель Ян Берзин становится начальником Разведотдела, преобразованного в апреле в Управление.
… Свое настоящее имя он, наверное, и сам забыл. По документам он теперь уже навсегда числился Яном Карловичем, называли его и партийной кличкой — Павел Иванович. Для более близких людей он был «Стариком» — так прозвали его за раннюю седину, которая появилась после того, как он мальчишкой попал в руки казаков и просидел две недели в камере смертников. Что интересно — в московской телефонной книге он числился и как П. И. и как Я. К. Берзин при одном и том же адресе и телефоне.
«Каким он запомнился мне? — вспоминал адмирал в отставке Л. К. Бекренев. — Крепко сложенный, седая голова — поэтому и звали его „Стариком“, коротко подстриженные волосы, серо-голубые глаза, улыбка открытая, обаятельная. Я, например, не слышал, чтобы он хохотал, громко смеялся, а вот когда ему что-то нравилось или был в приподнятом настроении, то обязательно улыбался. Но был строгим, требовательным начальником. В то же время трепетно ценил людей, прямо-таки по-отечески относился к работникам управления. Заботился о семьях: отправит кого-нибудь за рубеж, и сам, не перепоручая заместителям, постоянно справляется, как там в семье, не нужна ли какая помощь».
Что можно сказать о работе начальника военной разведки? Период, когда он руководил Разведупром, называют «эпохой великих нелегалов». Но и по легальной линии в 20 — 30-е годы действовали выдающиеся разведчики. Имена многих из этих людей сейчас известны, но кто-то, возможно, останется неизвестным навсегда. Не только из соображений конспирации, но и в результате репрессий, когда были уничтожены руководители нелегальных организаций, единственные, кто знал своих помощников. Именно тогда на некоторых материалах военной разведки появились надписи — «документ поступил неизвестно когда и от кого».
Агентурная разведка, военно-техническая разведка, радиоразведка, шифровальная служба, дешифровальная разведслужба — это основные направления деятельности того подразделения Штаба РККА, которое в интересах конспирации называли иногда так: «Управление, которым руководит старый большевик т. Берзин».
Помимо названных выше, можно назвать и других советских военных разведчиков, работавших за границей в те годы: Карл Юрьевич Янель (1921-1926); Иван Винаров (1930-1933); Федор Павлович Гайдаров (1933-1937); Григорий Осипович Осовский (Зозовский) (1920-1937); Павел Дементьевич Свириденко (1928- 1937), Аделаида Михайловна Ураванцева (1928-1937), Андрей Иванович Эмильев (1930-1935); в Великобритании под «крышей» торгпредства действовал резидент Разведупра Михаил Яковлевич Вайнберг (1932-1937); в Германии — Иодловский Александр Максимилианович (1933-1935); в Польше — Рудольф Гернштадт (1933-1939); в США — Арнольд Адамович Икал (1932-1937), Давид Александрович Угер (1930- 1933); в Иране и Афганистане — Александр Иванович Бенедиктов (1930-1937); в Китае — Колосов Павел Иосифович (1930-1934); в Турции — Геккер Анатолий Ильич (1929-1933); в Турции и Болгарии — Стойнов Гиню Георгиев (1930-1935); в Финляндии — Иванов Петр Иванович (1933-1937); в Эстонии — Мазалов Алексей Антонович (1931-1934); в Японии — Иван Александрович Ринк (1932-1937); Аркадий Борисович Асков (1933-1937), Иван Петрович Сапегин (1931-1937); и многие, многие другие.
Разведывательное управление Штаба РККА курировало и использовало в своих целях военное сотрудничество с зарубежными странами. Наиболее широким и плодотворным было взаимодействие с Германией (1922 — 1933) и Чехословакией (1935 — 1945).
Ян Карлович курировал научно-исследовательскую работу Разведупра «Будущая война» и был одним из авторов научного труда с тем же названием, в котором, на основании данных разведки, говорится и о «войне моторов», и о том, что война начнется без формального ее объявления. Кроме того, вместе с А. М. Никоновым под псевдонимами они написали открытую книгу о будущей войне против СССР, где отметили, что «действительная продолжительность будущей антисоветской войны, вероятнее всего, будет где-то между вышеуказанной теоретически минимальной и максимальной продолжительности», то есть — в лучшем случае две летних кампании, в худшем 3, 5 — 4 года. «В общем, будущая война на западных границах СССР не может быть закончена в течение месяцев, не может быть закончена одними лишь военными методами. Исход будущей антисоветской войны определится сочетанием военного, экономического и политического факторов», война «потребует от пролетариата и всех трудящихся масс СССР колоссального напряжения сил, героизма военного и трудового, чтобы отстоять республику Советов» (Дашиньский С., Радопольский Я. Подготовка войны против СССР. М.; Л., 1929. С.184-187).
В начале 30-х годов Берзин участвовал в свернутой позднее работе по подготовке партизанских кадров и специальной боевой партизанской техники, в строительстве укрепленных районов, в закладке продовольствия и оборудования для будущих партизанских баз. Курировал работу партизанских (читай: диверсионных) школ.
Столь массовое и по виду стихийное партизанское движение в годы Великой Отечественной войны готовилось еще в конце 20-х годов. После гражданской войны, когда обобщался ее опыт, в том числе и опыт партизанского движения, Берзин лично занимался вопросами организации и обеспечения партизанских операций, подбирал кадры. Учитывался и опыт отрядов «активной» разведки, которые действовали в первой половине 20-х годов на территории Польши и Румынии.
В случае нападения на СССР можно было в короткий срок создать целые партизанские армии. Партизанские подразделения участвовали в окружных учениях 1929-1932 гг. Эта работа затормозилась в 1935, а спустя два года была названа подготовкой к государственному перевороту и ликвидирована. В 1941 году, в условиях наступления немцев опыт Берзина и его товарищей пришлось применять в спешном порядке.