«За все время своего учения, — писал Мельников в автобиографии, — кроме официальной науки постоянно занимался своим самообразованием, сначала общим, а впоследствии марксистским».
Тогда же в Петрограде в июне 1916 года он вступил в РСДРП(б). Партийную работу продолжал и на военной службе.
Военное командование командировало его в Михайловское артиллерийское училище, которое он окончил через год. Дальнейшую службу с июля 1917 года проходил в Иркутске, в Сибирском артиллерийском дивизионе в должности младшего офицера, состоял членом Иркутского совета солдатских и рабочих депутатов. В ноябре Совет назначил его начальником городского гарнизона, которым он командовал и в декабре, когда Советы взяли власть в Иркутске. После этого стал ещё и секретарем ревкома.
В январе Мельников демобилизовался в звании подпоручика и уехал в Троицкосавск, где был избран председателем уездного совета. С июля 1918 года воевал в рядах Красной Армии против чехословацкого корпуса, был адъютантом Сибирского верховного Красного Командования. В сентябре во время отступления попал в плен к японцам, которые вывезли его в Хабаровск. В декабре Мельникова освободили, и он эмигрировал в Китай, где его арестовали уже белые и отправили в областную тюрьму Владивостока, где находился до февраля 1920 года.
После освобождения из заключения Мельников — член Военного совета Дальнего Востока и в то же время член Приморского областного комитета партии, комиссар штаба Амурского фронта (июль — декабрь 1920), комиссар Амурской армии, военком Амурской стрелковой дивизии, член РВС Приамурского военного округа, Восточного фронта. Находясь на этих должностях, выполнял также задания по линии военной разведки. В марте — мае 1922 года он помощник начальника Разведупра штаба помощника главкома по Сибири.
В мае Бориса Мельникова командируют в Москву, в распоряжение Разведотдела штаба РККА. Командовал в восточном отделе отделением агентурной части. В марте 1922 года, отвечая на вопрос анкеты о том, чему бы ему хотелось учиться, ответил: кораблестроению. Но вернуться к этой профессии ему было не суждено.
В мае 1923 года Разведотдел командировал Бориса на разведывательную работу в Китай. Его легальное прикрытие — сотрудник управления уполномоченного НКИД СССР в Харбине, где он ведет агентурную разведку до июня 1924 года. Вернувшись в Москву, был начальником отделения Разведупра штаба РККА в 1924 — 1926 годах и одновременно заведующим отделом Дальнего Востока НКИД СССР в 1924 — 1928 годах. Кроме того, Мельников состоял членом Китайской комиссии Политбюро ЦК РКП(б).
В письме наркому иностранных дел Г. В. Чичерину начальник Разведупра Я. К. Берзин писал 9 апреля 1924 года: «Тов. Мельников, Борис Николаевич… в разведке специально по Д/В работает с 1920 года. Лично побывал в Японии, Китае и в Монголии. Изучил и знает во всех отношениях как Китай, так и Японию. Весьма развитый и разбирающийся в сложной обстановке работник, не увлекающийся и не зарывающийся. Политически выдержан. Большая работоспособность и инициатива» (РГАСПИ. Ф.17. Оп.100. Д.137471. Л.5.).
С 1928 года Борис Мельников работал Генеральным консулом СССР в Харбине и одновременно был членом правления КВЖД, а в 1931 году — временный поверенный в делах СССР в Японии.
В Москве Мельников вновь поступает в распоряжении Разведупра штаба РККА, его назначают заместителем начальника Управления и одновременно начальником 2-го (агентурного) отдела. В феврале 1933 года, в связи с 15-летием РККА, его награждают орденом Красного Знамени «за исключительную храбрость, мужество и умелое руководство боевыми действиями».
В дальнейшем Мельников был уполномоченным НКИД СССР по Дальнему Востоку, генеральным консулом СССР в Нью-Йорке, ответственным инструктором ЦК КП(б) Украины.
И, наконец, возглавляет Службу связи секретариата ИККИ под именем Борис Мюллер. В его служебные обязанности входило организация и поддержанием связи с филиалами Коминтерна в Европе с помощью курьеров и по радио. Для этого он в частности организовал сеть радиопередающих станций в Лондоне, Париже, Варшаве, Стокгольме и Осло.
Арестовали Мельникова 4 мая 1937 года, а 25 ноября приговорили к высшей мере наказания. Но ещё восемь месяцев (! ) он руководил из тюремной камеры заграничной агентурой и передавал дела преемникам. Приговор был приведен в исполнение 28 июля 1938 года. Реабилитировали Бориса Николаевича Мельникова 10 марта 1956 года.
По договоренности с правительством Сунь Ятсена в Китай с 1923 года в страну начинают прибывать советские военные советники, которые помогают проводить боевые операции на фронтах гражданской войны и готовить новые кадры военных специалистов (школа Вампу). Их оформлением и отправкой занимался Разведотдел, потом Разведупр Штаба РККА. Среди первых советников были: И. Г. Герман, А. И. Черепанов, В. Я. Поляк, П. И. Смоленцев, Н. И. Терешатов и другие. Некоторые из военных советников продолжали потом службу в военной разведке. Военным атташе и резидентом в Китае с 1922 года был А. И. Геккер.
Анатолий Ильич родился 25 августа (6 сентября) 1888 года в Тифлисе (Тбилиси) в семье потомственного дворянина, военного врача Кавказской армии. Окончив с отличием тифлисскую гимназию, он поступил во Владимирское военное училище в Санкт-Петербурге, из которого выпущен в 1909 году в звании подпоручика. Служил в 102-м Вятском пехотном полку в Гродно. Характеризовался как отличный строевой офицер, исполнительный и находчивый. В начале 1913 года Геккера перевели в отдельный корпус пограничной стражи.
В период Первой мировой войны он воевал на Румынском фронте, дважды был ранен, за боевые заслуги награжден четырьмя орденами. В 1916 — 1917 годах учился на курсах при Академии Генерального штаба, окончив которые получил назначение на Румынский фронт в штаб 33-го армейского корпуса. После Февральской революции штабс-ротмистр Геккер избран членом корпусного комитета, в сентябре он вступил в РСДРП(б). В ноябре военно-революционный комитет избрал его начальником штаба 33-го корпуса, а в декабре командующим 8-й армии Румынского фронта.
Под его руководством создавались части Красной Армии в Донецком бассейне, в марте 1918 года он назначен командующим этими войсками. Как это часто бывало в то время, из-за нехватки людей командиров все время перебрасывали с места на место, с одной должности на другую. Так было и с Анатолием Ильичем, за какой-то год он сменил несколько должностей: начальника штаба Верховного Главнокомандования Вооруженными силами Союза южных республик, комиссара Беломорского военного округа, командующего Вологодским тыловым районом, войсками Котласского района и Северной Двины, начальника штаба Котласского боевого участка, командующего Астраханским укрепленным районом, начальника 13-й стрелковой дивизии.
С мая 1919 по февраль 1920 года Геккер командовал 13-й армией, которая сражалась в Донбассе, заняла ряд районов и вышла к Ростову-на-Дону и Таганрогу, потом с боями отходила на север. В составе Южного фронта наступала и вновь отходила под давлением противника на Валуйки, Курск, Ливны, Орел. Освобождала Малоархангельск, Курск, Донбасс и Мариуполь, вела бои за Крым.
Потом Геккера перевели на должность начальника штаба Войск внутренней охраны Республики (ВОХР), выполнявших задачи по борьбе с бандитизмом, охране различных объектов и транспорта. Кроме того, вохровцы участвовали в боевых действиях на фронтах гражданской войны как резерв Красной Армии.
В сентябре 1920 года Геккера вновь направили на фронт командовать 11-й армией. Армия воевала на Северном Кавказе, устанавливала советскую власть в Азербайджане, Армении и Грузии. В мае 1921 года на основе 11-й была создана Отдельная Кавказская армия и начальником её назначили Геккера. Он побывал и в Турции, где оказывал помощь кемалистам.
В 1921 году Анатолия Ильича наградили орденом Красного Знамени «за отвагу, мужество и распорядительность при личном участии во многих боевых операциях 11-й армии». Также ему были вручены ордена Красного Знамени Армянской и Азербайджанской ССР и серебряная шашка от Ревкома Грузинской ССР. Президиум ВЦИК наградил Почетным революционным знаменем и возглавляемую им армию.
В январе 1922 года Геккера отозвали в Москву. Он был сначала заместителем начальника, а потом начальником Военной академии РККА. Официальная история академии отмечает, что А. И. Геккер продолжил начатую М. Н. Тухачевским перестройку её работы.