Через неделю выборные с веревками на шее явились с повинной. Царевна обещала отпустить их с миром, при условии, если стрельцы возвратят пушки и порох. Стрельцы выполнили требование и Москва успокоилась. Во главе Стрелецкого Приказа был поставлен Шакловигый. Против стрельцов были приняты меры: 12 полков были отправлены на пограничные службы и только пять оставлены были в Москве. Последовал приказ сделать набор пяти новых полков из верных людей и прислать их в Москву. Началось постепенное прибирание к рукам стрелецких полков, и замена их полками новых наборов из дворян, боярских детей и служилых казачьих полков.
Событии, происходившие в Москве, имели отражение и на окраинах. В мае 1682 года донские казаки принесли присягу на службу царю Петру Алексеевичу. Церковный раскол сказывался и на Дону. Массы раскольников, бежавших из московских пределов, сосредотачивались на окраинах верховных станиц.
В большом количестве они собирались в устье Медведицы, где главным распространителем раскола был Кузьма Косой. Большие скопища раскольников скрывались и по другим рекам: Иловле, в районе Паншина. Центром их духовного движении оказался устроенный ими монастырь при устье Медведицы на правом берегу Дона, на склоне глубокого оврага, круто спускавшегося к Дону. Из монастыря шли повсюду чернецы, проникали вглубь Дона, создавали тайные раскольничьи скиты и разносили хулу на церковь, патриарха и царя.
Скопление их на границах Дона и внутри, нарушало нормальную жизнь казаков и могло принять форму открытого мятежа. Усть-Медведицкий скит, укрытый в лесном овраге, и раньше был центром и приютом всех раскольников, оседавших: на окраинах Дона. По преданною, в этом скиту побывал и Степан Разин, и как будто пожертвовал скиту образ Божьей Матери, который хранился, по сведениям, до последнего времени в возникшем впоследствии на том же месте женском монастыре. Скит превратился в рассадник открытого мятежа после того, как настоятелем стал Васька Косой. Им стали рассылаться «прелестные» письма по Дону, Северному Донцу, и дальше на Яик и Терек. Раскольники просили всех не слушаться царей, патриархов, и крепко держаться за старую веру. «Аще же какой опал быдет с Москвы, — писали раскольники, — то тогда ищите к нам. За нас многие орды и калмыки, не покинет нас и Чаган Богатур и Ногай Мурза, как пойдем на Москву замутим всеми…». Часть раскольников двинулась внутрь территории Дона, проникла к Черкасску и стала уговаривать казаков стать в защипу старой веры. Казаки разогнали их, и они ушли на Кавказ и предались мусульманам.
Казакам была непонятна жестокость Москвы в преследовании людей, молившихся по старым книгам, но для Москвы раскольники были неприемлемы, как мятежники против церкви и царя. В 1688 году Москва потребовала, чтобы донские казаки уничтожили раскольничий скит в устье Медведицы. В это время Войско было в походе с войсками кн. Голицына на Крым. Атаман войска, Фрол Минаев с 3 000 казаков, имел приказание действовать против Крыма со строны Азова. Против Косого был послан отряд казаков. Раскольники оказывали упорное сопротивление, и осада скита затянулась на целый год. С подходом свежих сил сопротивление было сломлено и скит был разрушен. Все городки на Медведице казаками были разрушены, а часть раскольников бежала на Кубань и укрылась в пределах Шавкала Таркоского в Дербенте. 500 человек с Косым отошли и укрылись в пределах Тамбова, построили себе городки, но в 1689 году были снова казаками рассеяны.
И все же на Дону было немало сочувствующих расколу. Атаман Минаев говорил московскому послу, что среди казаков находятся сторонники раскола, оспаривают царские указы и ворам потакают, а добрым казакам и старшинам говорить нельзя — потому могут побить. Голытьбы на Дону много, и нам от нее тесно становится. Из этих лиц создавалась раскольничья группа, проявлявшая тот же фанатизм, которая даже стала замышлять открытую борьбу с Москвой. Один из более приверженных расколу был видный старшина Черносов и к нему присоединился поп Самойло. Они стали посылать письма на Яик и Терек, чтобы народ не слушался ни царей, ни патриархов, но крепко держался за старую веру. Противодействие раскольникам затруднялось внешними событиями, связанными с войнами Москвы и неизбежным участием казаков в походах.
Польский король Ян Собесский примкнул к европейскому союзу против Турции, решил поддержать австрийского императора Адольфа, вступившего в войну с Турцией. Людовик XIV радовался тяжелому положенною Габсбургов и старался отговорить Собесского от союза с императором, но он остался при своем мнении, что гибель Австрии будет гибелью и Польши. В июле 1683 года 200 000 турецкого войска, под начальством визиря Кара-Мустафы перешли Раап и устремились к Вене. На помощь Австрии подошли 84 000 христианского войска: автрийцы, саксонцы, баварцы, франсконцы и поляки. Польский король принял начальство над всеми войсками и 12 сентября ударил на турок и одержал блистательную победу… Кара- Мустафа оставил богатый обоз и добычу победителям и убежал к Раапу.
Однако несмотря на поражение турки не думали о мире, и Леопольду и Собесскому нужно было готовиться к новой войне. Папа Иннокентий был провозглашен «патроном» европейского союза и стал приглашать государей вступать в союз, в особенности царей московских. В 1686 году в Москву прибыли послы Австрии и польского короля и начались переговоры. В 1686 году с Польшей был заключен «вечный мир». Польша навсегда уступила Киев России. Московские государи обещались разорвать мир с Турцией и Крымом и послать свои войска на крымские переправы для защиты Польши от татарских нападений. Для охраны южных границ и крымского пути были высланы донские казаки. Но, когда в Москве велись переговоры с Польшей, донские казаки самостоятельно порвали мир с Турцией и вступили с ней в войну. Фрол Минаев объяснил московским послам, что он со слезами унимал донских казаков, «чтобы мира с Турцией, заключенного еще при царе Федоре Алексеевиче, не нарушали, но они не послушались, потому что много „голытьбы“ и „наброду“, и присланное жалованье многим не достается и для того унять нельзя». Действительно, на Дон шло не только много отдельных лиц, распространявшихся по станицам, лесам и оврагам, но надвигались и большие скопища раскольников. В 1686 году по Дону прорвалась большая группа до Черкасска и стала уговаривать казаков защищать старую веру. Казаки разогнали скопище и раскольники двинулись на Кавказ, где поддались под покровительство турецкого султана. Расправа с раскольниками в Москве не сломила раскола. Преследуемые, они бежали к шведским и польским границам и на Дон. На Дону в некоторых случаях перестали пить заздравные чаши за великих государей, как это было в обыкновении: «Да здравствует царь в кременной Москве, а казаки на Дону». После заключенного договора с Польшей начиналась война с Турцией. Правительница Софья приказала готовиться к походу. Из 9 разрядов к походу назначались — три. 22 февраля войска из Москвы выступили в поход. Главным воеводой был назначен князь Василий Васильевич Голицын. К нему присоединился гетман Самойлович с 50 000 казаков. Донские казаки под начальством атамана Фрола Минаева выступили для охраны южных границ и 13 июля армия достигла урочища Большой Луг, а о татарах никаких известий не было. Но на горизонте, к югу, стала подниматься серая масса, застилавшая небо, в степи начинался пожар. Армия подошла к горелому полю, не было ни травы, ни воды. Потом пошел дождь, стала вода, но не было травы. Голицын собрал военный совет и было решено возвращать армию обратно.
По возвращении армии к Конским Водам распространился слух, что степь была зажжена казаками по приказанию гетмана, чтобы помешать русским покорить Крым, с покорением которого кончалось и украинское казачество. Действительно, Самойлович был ярым противником разрыва с Турцией и союза с Польшей. В это время на Украине решался очень важный вопрос подчинении киевского митрополита московскому патриарху, вопрос, который зависел и от власти турецкого султана. Необходимо было иметь разрешение Константинопольского патриарха, зависевшего от власти турок. Вопрос этот был благополучно разрешен в пользу Москвы благодаря вмешательству гетмана Самойловича.
В 1685 году киевским митрополитом был избран Тиделеон, который и был посвящен московским патриархом в Москве. Тем не менее в Москве обвиняли Самойловича за его противодействие разрыву с Турцией и сделали ему выговор. На Украине много было противников Самойловича. Вся казачья старшина подала Голицыну указ, в котором указывалось Самойловича вызвать в Москву и казнить. Самойлович с сыном были арестованы, на его место был избран гетманом Мазепа, и из рук князя Голицына он получил бунчук, булаву и знамя.
В 1688 году крымский хан делал набеги на Волынь и Украину — он вывел оттуда до 60 000 пленных, угнал табуны скота и лошадей. В Москве был решен новый поход против Крыма. Турции находилась в тяжелом положении. После понесенного поражении в войне с Австрией начался бунт янычар. Султан Магомет был свергнут, и на его место возведен его брат Сулейман II. В сентябре 1688 года ратным людям был объявлен поход на Крым. В феврале войско в составе 112000 человек под начальством князя Голицына
