Большевистской властью народное восстание было охарактеризовано как контрреволюционное. Председатель Саратовской губернской чрезвычайной комиссии докладывал: «Не довольствуясь кровавыми уроками всей гражданской войны, с.-р. вкупе с явными белогвардейцами пошли на поднятие организованного восстания против власти рабочего класса… Установлено, что скопление бандитских сил на территории губернии и внутренние волнения в Саратове представляют из себя осуществление одного плана, руководимого из одного центра бело-эсеров…»
На подавление крестьян и рабочих были брошены значительные силы. 17 февраля 1921 года в неравном бою К.Т. Вакулин был убит. Командование перешло к его помощнику, донскому казаку Ф. Попову. Восставшим даже удалось на некоторое время захватить населенные пункты Камышин, Ртищево, Хвалынск, Пугачев, но, разграбив зерновые и продовольственные склады, многие крестьяне сразу же расходились по домам.
Но силы восставших неудержимо таяли. Репрессии советских властей против мятежных деревень и семей повстанцев сделали свое дело. Многие отряды и группы, предварительно надежно спрятав оружие, разошлись по домам. Приближалась посевная. Дольше других сражалась группа Серова, действовавшая в Новоузенском уезде до 1922 года.
В двадцатых числах марта 1921 года пленум Саратовского горисполкома передал власть в губернии Саратовскому революционному комитету (Сарревкому), который наделил исключительными полномочиями для борьбы с восставшими. Подобные комитеты были созданы во всех уездах. При всех воинских частях, действующих на территории губернии, были образованы специальные чекистские следственные отряды, которые занимались выявлением «бандитов» и их соучастников. Более громкие дела рассматривались выездными сессиями ревтрибуналов. Только благодаря таким жестким мерам, а также прекращению продразверстки, народные волнения в Саратовской губернии удалось подавить.
Весной 1921 года возник новый всплеск антисоветского движения на Северном Кавказе. На Кубани были сформированы Народные войска Северного Кавказа под командой полковника Серебрякова в составе четырех полков, общей численностью до 3 тысяч человек, которые действовали в Балтапашинском отделе области. В районе Ейска был создан другой отряд под командой полковника Жукова. В эти формирования шли казаки, чудом уцелевшие после разгромов 1919 и 1920 годов, а также многие красноармейцы- дезертиры. Но с наступлением весенних посевных работ под давлением превосходящих сил Красной армии эти отряды быстро рассеялись. Сам Серебряков был взят в плен и расстрелян.
Но мятежная Кубань не унималась. После уборки урожая 1921 года недовольные казаки вновь взялись за оружие. В сентябре — октябре было образовано Кубанское временное повстанческое правительство во главе с полковником Савицким и бывшими членами Кубанской рады Пилюком и Малиновским. Их общими усилиями из разрозненных отрядов недовольных казаков была сформирована Кубанская повстанческая армия, которую возглавил генерал Пржевальский. Наступление этой армии началось успешно: в середине сентября она подошла к Екатеринодару. Но тут ее встретили подоспевшие части Первой Конной армии. 22 сентября у села Белого повстанцы потерпели поражение, Савицкий, Пилюк и Малиновский были захвачены в плен и расстреляны.
Мощным антисоветским движением стала Антоновщина (руководитель А.С. Антонов), которая возникла в Тамбовской и частично в Воронежской губерниях еще в 1920 году. Мятеж начался 15 августа в селе Хитрово Тамбовского уезда, где крестьяне разоружили прибывший туда продотряд. 19 августа мятежники захватили село Каменку, ставшую «столицей» Антонова. Здесь председатель губернского трудового коллектива И.Е. Ишин огласил на сходе крестьян программу движения, которая была направлена против продразверстки и ратовала за свободу торговли. Вскоре мятеж начал стихийно распространяться на другие уезды Тамбовской и соседней с ней Воронежской губерний, к нему примыкали все новые и новые силы крестьянства. К октябрю 1920 года в рядах мятежников насчитывалось около 20 тысяч человек, из которых не более 3 тысяч имели стрелковое оружие. Остальные по испокон заведенному правилу вооружались топорами и косами.
Для руководства восстанием был создан штаб, а все отряды сведены в две армии. Действовали, применяя тактику партизанской войны. В ночное время совершали налеты на продотряды, учреждения советской власти. Но нередко отряды действовали самостоятельно, грабя на железной дороге эшелоны с хлебом, совершая убийства отдельных активистов.
Для борьбы с Антоновщиной по требованию В.И. Ленина в августе 1920 года в Тамбовской губернии было введено осадное положение. С начала следующего года борьба против повстанцев Тамбовской области приобрела более жесткую форму. Там была создана мощная группировка советских войск (32,5 тысяч штыков, 8 тысяч сабель, 63 орудия, 463 пулемета), подчиненная командующему войсками Тамбовской губернии М.Н. Тухачевскому (начальник штаба Н.Е. Какурин).
Разгром крестьянского восстания был спланирован в виде проведения специальной войсковой операции. Отдельные уезды губернии окружались войсками, села обстреливались артиллерией и из пулеметов, затем штурмовались пехотой и кавалерией. Кавалерия преследовала бегущих, безжалостно рубя всех подряд.
В начале июня сводный отряд, состоявший из кавалерийской дивизии и двух кавалерийских бригад, в том числе бригады Г.И. Котовского, под общей командой И.П. Уборевича разгромил часть сил Антонова у станции Инжавино. 20 июня остатки этих войск были разгромлены в бою у Урюпинска. Другая часть мятежников под командой А. Богуславского ушла на Дон, а затем в Воронежскую губернию. К тому времени, начиная с 28 мая 1921 года, по официальным данным, антоновцы потеряли убитыми 4515 человек и было взято в плен в бою около 1 тысячи человек. Кроме того, было взято в облавах с оружием 572 и без оружия 7713 человек, сдалось добровольно с оружием 1260 и без оружия — 4350 человек. Всего 16 370 человек.
Последний крупный отряд антоновцев численностью около 500 человек был разгромлен в июле 1921 года бригадой Г.И. Котовского. Сам Александр Антонов с братом и небольшой группой сторонников скрылся в тамбовских лесах. 24 июня 1922 года он был застрелен в бою в селе Нижний Шибрай.
М.В. Фрунзе, будучи делегатом X съезда партии, принимает участие в подавлении кронштадского восстания, а затем, как командующий всеми вооруженными силами Украины, являлся одним из основных организаторов подавления крестьянских восстаний на территории этой республики. Против восставших крестьян и незаконных воинских формирований, которые называли «бандитскими», был проведен ряд карательных операций, в которых участвовали все рода войск. В ходе этих операций блокировались и расстреливались артиллерией мятежные населенные пункты, которые затем тщательно «зачищались». В ходе этих «зачисток» арестовывались практически все мужчины в возрасте от 18 до 60 лет, которые в последующем становились заложниками. В случае возникновения новых беспорядков или действий, направленных против советской власти на местах, заложники расстреливались.
Советские исследователи жизни и деятельности М.В. Фрунзе всячески старались не высвечивать эти стороны его биографии. В то же время в архиве имеется большое количество документов, свидетельствующих о карательной деятельности М.В. Фрунзе на Украине. Так, в частности, в одном из приказов он требует: «Бандитское сопротивление должно быть подавлено повсеместно самым жестким образом. Не нужно бояться того, что при этом могут пострадать невиновные. Села, дающие приют и пропитание бандитам, разрушать артиллерией и сжигать. Всех подозрительных допрашивать и задерживать».
Ликвидация Махно
Ввиду отказа Махно выполнить требования Реввоенсовета фронта о расформировании его частей… с утра 26 ноября приступили к активным действиям против махновских банд.
Одни из наиболее сильных крестьянских движений на юге России в годы Гражданской войны было