переговоры между Чан Кайши и руководством республики. К этому времени линия обороны войск ВТР располагалась от Тянь-Шаня на юге до Алтая на севере, в состав республики входили Илийский, Тарбагатайский, Алтайский и часть Урумчинского округов, занимавшие 2/3 территории Джунгарии. Однако ВТР не была признана ни одним иностранным государством. В июне 1946 года переговоры завершились созданием коалиционного правительства во главе с китайским генералом Чжан Чжи Чжуном (которого затем в результате сложной внутриполитической борьбы сменили сначала уйгурский панисламист Махсуд Сабри, а затем татарский историк и лингвист, знавший 7 языков, Бурхан Шахиди). В правительство вошли и представители ВТР, Ахметжан Касими (Касымов) стал вице-премьером. После этого по настоянию китайцев русские офицеры в течение суток были демобилизованы из армии ВТР, уступив место заместителямуйгурам.
В 1944—1946 годах в Синьцзяне действовала оперативная группа наркоматов госбезопасности и внутренних дел СССР во главе с начальником отдела специальных заданий НКВД генерал-майором Владимиром Егнаровым (1903—1976). Его заместителем был начальник 4-го отдела 1-го (разведывательного) управления НКГБ генерал-лейтенант Александр Лангфанг
В конце 1946 года специальным решением Сталина заместитель начальника 4-го управления МТБ, генерал-майор Наум Эйтингон (организатор убийства Троцкого) получил особо важное задание: помочь органам безопасности Компартии Китая подавить сепаратистское движение уйгуров и казахов, в частности бывшего губернатора Алтайского округа казаха Оспанбатыра Исмаилова, которых финансировали и снабжали оружием гоминьдановцы и разведки США и Англии. Особенно старался вице-консул США в Урумчи Дуглас Маккернан.
Как мог «помочь» Эйтингон? Совместно с китайскими коммунистами под его руководством были созданы диверсионные группы под общим командованием легендарного разведчикадиверсанта Героя Советского Союза полковника Николая Прокопюка. Задание было выполнено, «помощь оказана». К 1949 году уйгурские сепаратисты потерпели поражение. Сам Эйтингон, организовав все, что надо, уже к началу 1947 года вернулся в Москву.
О борьбе с Оспан-батыром следует рассказать подробнее. Банда Оспан-батыра из 500 человек с апреля 1946 года воевала против войск ВТР и действовала в пограничных с СССР районах Алтайского округа, нападая на советских геологов и грабя местное население, но границу не переходили, опасаясь пограничников. В июне 1947 банда понесла поражение от войск ВТР (под командованием генерала Далельхана Сугурбаева и полковника Фотия Лескина), потеряв около 300 человек, и укрылась в горах Байтык. В опубликованных служебных донесениях командования Казахского погранокруга (подписанных заместителем начальника округа полковником Севастьяновым) делался вывод об инспирировании выступления Оспан-батыра американцами. Но вскоре банде удалось увеличить численность до 2000 человек и взять под контроль большую часть Алтайского округа. Оспан объявил себя «белым царем», борющимся против Восточно-Туркестанской республики, приказал вывесить на подконтрольной ему территории на всех учреждениях китайские флаги. Как уже упоминалось, Оспану помогали сотрудники западных и китайской разведок, с которыми он неоднократно встречался, особенно с американцами. К банде тогда же примкнул отряд русских белогвардейцев во главе с Иосифом Самойловым, насчитывавший несколько сот человек. Бандиты из отряда Самойлова напали на машину советской геологоразведочной экспедиции и убили 6 советских солдат, охранявших экспедицию.
Осенью 1947 года банда Оспана была окончательно разбита войсками генерала Сугурбаева и отступила в восточный район хребта Богдо-Шань. Там он действовал до вступления войск КНР в Урумчи в октябре 1949 года, после чего перебазировался в Баркуль и дальше на юг. В феврале 1951 года Оспан попал в плен к войскам КНР, в апреле того же года после суда в Урумчи его расстреляли
Дальнейшие события в Синьцзяне развивались следующим образом. К середине 1949 года, когда китайские коммунисты одержали победу в гражданской войне, позиция СССР по отношению к этому региону изменилась. Китай стал коммунистическим, в Синьцзяне же по-прежнему сохранялась возможность появления исламского государства, которое могло оказаться под влиянием Англии и США, чего всерьез опасались в Кремле. Независимость республики была уже не в интересах Советского Союза.
Несколько ранее под давлением СССР руководство ВТР было вынуждено пойти на соглашение с Мао Цзэдуном, который, как и все лидеры КПК, был противником независимого Синьцзяна, допуская лишь его автономию. Тем не менее, политические силы, выступавшие за суверенный Восточный Туркестан, сохраняли влияние в республике.
Для обсуждения всех этих вопросов и принятия совместной программы было принято решение направить делегацию Синьцзяна в Пекин, на заседание Политического консультативного совета. Делегация, возглавляемая бывшим президентом ВТР, заместителем председателя коалиционного правительства Ахметжаном Касими
По словам Сайфудина Азизи, после отъезда делегации из Кульджи советский консул сообщил ему, что из Алма-Аты она вылетела в Новосибирск. Затем поступило сообщение о прибытии делегации в Иркутск. Потом, вплоть до 3 сентября, никакой информации не было. 3 сентября советский консул вызвал С. Азизи и сообщил полученную из Москвы срочную телеграмму следующего содержания: «Самолет с находящейся на его борту возглавляемой Ахметжаном Касими делегацией вылетел из Иркутска и в скором времени упал в районе Забайкальских гор, из-за отвратительной погоды натолкнувшись, к несчастью, на гору; все находящиеся на борту 17 человек потерпели крушение».
8 сентября делегация ВТР в составе Сайфудина Азизи, Сюй Чжи и Алимжана выехала из Кульджи. Когда она прибыла в Иркутск, Азизи встретился с двумя советскими офицерами (полковник и подполковник), как он вспоминал, «по их просьбе». Эти офицеры рассказали, что самолет с делегацией в течение трех дней находился в Иркутске. На третий день, когда погода улучшилась, он вылетел, но над озером Байкал из-за урагана не смог набрать необходимую высоту и получил приказ вернуться на аэродром. Самолет начал разворот, развернулся на 60 градусов, затем связь с ним неожиданно прекратилась. На место предполагаемой катастрофы вылетели поисковые самолеты и в одной из глубоких расщелин обнаружили участок с обгоревшими деревьями. По приказу из Москвы в этот район был направлен поисковый отряд альпинистов, который в течение недели пытался добраться до места катастрофы, но безуспешно. По словам полковника, они организовали второй поисковый отряд и в ближайшие дни направят его к месту гибели самолета. Как вспоминает Сайфудин, когда они пролетали над этим районом, он видел в бинокль место аварии и «возможно, трупы», лежащие «в значительном удалении от обломков самолета».
Случайна была катастрофы или же нет, но после нее серьезных противников присоединения к Китаю в Синьцзяне не осталось. По соглашению с советским руководством, ЦК Компартии Китая принял решение об «освобождении» Синьцзяна не к середине 1950 года, как планировалось раньше, а к концу 1949 года. 20 октября войска Народно-освободительной армии Китая заняли Урумчи, а 17 декабря было сформировано Синьцзянское провинциальное народное правительство, в состав которого вошли 9 уйгуров, 3 казаха, 4 китайца, 2 дунгана и по одному представителю от всех других народов. Возглавил правительство Бурхан Шахиди, а его заместителями стали Сайфуддин Азизи и Гао Цзиньчунь (китаец). Войска бывшей республики вошли в состав Народно-освободительной армии Китая в качестве 5-го корпуса, командиром которого был назначен генерал Ф. И. Лескин, не бывший китайским гражданином. Позднее, в середине 1950-х годов, он вернулся в СССР, где и умер в Алма-Ате (есть данные, что он сидел в тюрьме, но похоронен был по военному ритуалу, с почетным караулом). Также вернулся на родину и генерал Полинов, занимавшийся научной работой в Ташкенте
В 1950 году во время советско-китайских переговоров в Москве по предложению Сталина в Синцзяне