29 сентября 1945 года в порту Джакарты Танджунг Приок высадилась первая группа английских войск во главе с командующим силами союзников в Нидерландской Индии генералом Ф. Кристисоном. Официально целью высадки англичан объявлялось выполнение союзнических договоренностей по разоружению и эвакуации японской оккупационной армии, а также освобождение интернированных японцами европейцев. А. Сукарно со своей стороны заявил, что если союзники преследуют только такие цели, то индонезийцы не станут препятствовать им.
30 сентября генерал Кристисон признал де-факто правительство независимой республики. В свою очередь адмирал Маунтбеттен также подчеркнул, что англичане прибыли в Индонезию только для разоружения японцев.
Однако уже 1 октября 1945 года контр-адмирал Паттерсон откровенно объявил, что английские войска будут находиться в Индонезии до тех пор, пока не начнет функционировать законное правительство Нидерландской Индии, и что Англия не намерена признать правительство Сукарно
4 октября в Танджунгт Приоке вместе с новым десантом английских войск, прибыли первые голландские военные подразделения и голландские колониальные чиновники во главе с ван Мооком. Над дворцом бывшего генерал-губернатора, ставшим его резиденцией, был поднят голландский флаг.
Корреспондент агентства Антара оставил описание возвращения голландских войск в столицу своей бывшей колонии:
«4 октября 1945 г. в джакартский порт Танджунг Приок прибыло семь голландских военных кораблей. Находясь в открытом море, они шли под английским флагом. Суда беспрепятственно вошли в порт. После этого английские флаги на них были заменены на голландские. Суда доставили большое количество военной техники и снаряжения, а среди их 'пассажиров' было много голландских солдат. Часть автомобилей, которыми они пользовались для беспрепятственного передвижения в порту и в городе, выдавались за машины, принадлежащие якобы Международному Красному Кресту. Голландские солдаты начали немедленно устанавливать свои порядки в порту, они срывали красно-белые флаги республики и водружали на их место голландские флаги. 6 октября голландские солдаты въехали в город. В столице начались беспорядки и грабежи»
В ответ на провокации голландских солдат, забастовку объявили 7 тыс. рабочих столичного порта. Отряды народной безопасности вступили в первые стычки с колонизаторами, которые вскоре переросли в ожесточенные, кровопролитные бои.
5 октября 1945 года был издан указ президента Сукарно об организации Армии народной безопасности — Тента кеаманан ракъят (ТКР) на базе объединения отрядов народной безопасности и других военизированных формирований. Наиболее организованными и боеспособными соединениями на этот момент были молодежные отряды «Песиндо» (Социалистическая молодежь Индонезии) и отрады «Хисбуллах», правой мусульманской партии Машуми. Общая численность этих отрядов достигала 45 тыс. человек. Вскоре агентство Антара опубликовало программную статью «Основы и принципы Армии народной безопасности». В ней, в частности, говорилось, что «создание армии является делом чрезвычайной важности для Индонезийской республики. Голландские колонизаторы пытаются вновь поработать индонезийский народ. Повседневный ход событий доказывает необходимость создания национальной армии — Армии народной безопасности»
В предельно короткие сроки на о-вах Ява и Суматра были сформированы 16 дивизий Армии народной безопасности, в которые вошли до 400 батальонов (100 полков)
ТКР стала ядром сопротивления англо-голландским колонизаторам. Однако на первых порах армия была слишком слабой. В ней отсутствовало единство взглядов по вопросам строительства вооруженных сил, между военными (общий штаб армии) и политическими руководителями (министерство обороны) возникали частые разногласия, отсутствие опытных офицеров старшего звена отрицательно сказывался на разработке общей стратегии и отдельных операций, ощущался острый недостаток в вооружении и боеприпасах. Трофейного японского оружия хватало лишь на полноценное вооружение 100 батальонов. Армия имела в своем распоряжении 27,3 тыс. винтовок, 600 пулеметов, 700 минометов и 56 орудий разных калибров, 30 огнеметов и 43 млн патронов
К концу октября 1945 года подразделения английских войск (три индийских дивизии) вступили в основные порты и стратегические пункты на Яве и Суматре — Джакарту, Богор, Бандунг, Семаранг, Сурабаю, Паданг, Палембанг, Медан и другие центры на остальных островах архипелага, где начала восстанавливаться власть голландской колониальной администрации. При этом голландские воинские формирования, прибывшие вместе с англичанами, занимались открытым грабежом населения, устраивали погромы и облавы. Одновременно в Нидерландах готовились к отправке в Индонезию новые голландские войска.
Первое значительное сражение между англо-голландскими войсками и частями Армии народной безопасности произошло в Сурабае, бывшей японской военно-морской базой на Яве.
«Сурабая, это Сталинград в Индонезии, в котором мы непосредственно защищали свою независимость», — позднее скажет президент Сукарно о Сурабайской битве
25 октября 1945 года в Сурабая, полностью находящемся под контролем индонезийцев, высадилась бригада английских войск. Целью высадки было объявлено окончательное разоружение японцев. Представители английского командования заверили власти города, что сухопутные и военно-морские силы голландцев не будут допущены в Сурабая, после чего бригада беспрепятственно высадилась на берег.
Однако уже на следующий день флаг Индонезии, развевавшийся над Управлением нефтеперерабатывающего завода, был демонстративно спущен и заменен английским. Затем над городом с самолетов были сброшены листовки, в которых Сурабая объявлялась на военном положении. Населению города запрещалось проводить митинги и собрания и предлагалось добровольно сдать оружие. 27 октября английские войска начали занимать важнейшие государственные конторы и учреждения, находящиеся под контролем индонезийских властей. На следующий день в Сурабая вступили части голландских колониальных войск. В городе начались ожесточенные уличные бои.
Конфликт принял настолько серьезный характер, что в Сурабаю немедленно вылетел президент Сукарно и вице-президент Хатта. 30 октября в результате их переговоров с представителем войск союзников на Яве генерал-майором Хавсорном и командующим английскими войсками в Сурабае бригадным генералом А. Маллаби, была подписана договоренность о прекращении боевых действий.
Однако перемирия не получилось. В тот же день в городе в районе банка «Интернасио» вспыхнула сильная перестрелка. Бригадный генерал Маллаби выехал на место инцидента. Возле здания банка кортеж генерала попал под интенсивный ружейно-минометный обстрел. Одна из мин попала в генеральскую машину. А. Маллаби и все пассажиры, находящиеся вмести с ним, были убиты. Уличные бои вспыхнули с новой силой.
9 ноября командующий английскими войсками в Сурабае генерал-майор Е. Мэнсерг, назначенный вместо погибшего Маллаби, предъявил индонезийцам ультиматум, в котором обвинил их в нападении на английские войска и убийстве своего предшественника. Далее в ультиматуме содержалось требование к руководителям местных властей о подписании безоговорочной капитуляции и сдачи оружия населением