Первоначальным планом предполагалось, что на начальном периоде эксплуатации самолеты EF-2000 из 4 Stormo будут базироваться на заводском аэродроме в Газелле, но затем командование ВВС решило с самого начало базировать самолеты на аэродроме Гроссето. Туда согласно двухлетнему контракту направили группу из 40 специалистов фирмы Аления Аэроноутико для оказания помощи инженерно- техническому составу ВВС в поддержании самолетов в пригодном к полетом состоянии. Предполетный и послеполетный осмотр самолетов производят гражданские специалисты.
Поставки 29 самолетов 1-го транша (семь двухместных 1-й партии, три двухместных и 19 одноместных 2-й портии) намечено завершить до конца 2007 г. Поставки 49 самолетов 2- го транша не начнутся ранее 2008 г.
Как ожидалось, первый одноместный EF-2000 (IS002) должен был прибыть в Гроссето в марте 2005 г. До конца 2005 г. намечена поставка еще семи одноместных и одного двухместного истребителей. В результате в конце 2005 г. на вооружении 4 Stormo будет состоять 14 истребителей EF-2000. Достижение боеготовности запланировано но 2007 – 2008 г.г.
Согласно планам следом зо двумя группами 4 Stormo самолеты Еврофайтер получат две группы 36 Stormo (авиабаза Джиойя дель Колле, не ранее 2008 г.). Самолетами 3-го транша вооружат две труппы 37 Stormo (авиабаза Трапани).
Первой самолеты EF-2000 получила 11-я группа ВВС Испании. ВВС Испании заказали 87 самолетов (заказ еще на 16 машин зарезервирован), которые будут поступать тремя траншами. Первые семь летчиков и группа техников прошла 9-месячный курс на заводе EADS-CASA, первые три самолета СЕ. 16 (обозначение двухместных EF-2000 в ВВС Испании) прибыли на авиабазу Морон 27 моя 2004 г. В июле 2004 г. к ним присоединились еще две спарки. Все самолеты поступили но вооружение 113-й эскадрильи (по штату в эскадрилье положено иметь 14 самолетов и не менее 14 инструкторов-летчиков). Эскадрилья определено как подразделение переучивания летного состава. Здесь летчики обучаются пилотированию новых истребителей и приобретают базовые навыки воздушного боя но них. Окончательную подготовку летчики будут проходить непосредственно в строевых частях. Первым строевым подразделением истребителей С/СЕ. 16 стонет 111-я эскадрилья, которая должно достигнуть состояния боеготовности в середине 2006 г. Следующей, согласно текущей программы, истребители Еврофайтер получит 112-я эскадрилья. По штату в строевой эскадрилье положено иметь 18 самолетов и 21 летчика. Поступление на вооружение 11-й группа последнего из 50 самолетов запланировано на 2014 г. Все самолеты С/СЕ. 16 11-й группы будут базироваться на аэродроме Альбасете.
По состоянию на весну 2005 г. в 113-й эскадрилье имелось пять двухместных и один одноместный Еврофайтер, 11 летчиков эскадрильи прошли переучивание на новый тип, четверо из них получили квалификацию инструкторов Для переучивания на самолет EF-2000 отбирают пилотов с налетом не менее 1000 ч на реактивных истребителях. Десять летчиков ранее летало на истребителях F/A-18 «Хорнет», один – на «Мираже» F.I.
Намеченная на январь 2005 г. поставка одного двухместного самолета и поставка двух одноместных истребителей, запланированная но январь- март, задержаны, тем не менее до конца года предполагается поступление но вооружение ВВС 11 истребителей С/СЕ. 16. Уже поступившие но вооружение самолеты используются с довольно высокой интенсивностью: еженедельный суммарный налет достигает 20 часов.