К марту 1965 года «Су-седьмой» освоил уже весь состав полка, приступивший к более сложным заданиям курса боевой подготовки – ночным полётам, пилотированию в сложных метеоусловиях и групповой слётанности. При достаточно высокой интенсивности эксплуатации период переучивания не обошёлся без происшествий. В январе 1965 года при взлёте парой один из лётчиков поторопился со включением форсажа и на разбеге его быстро разогнавшийся самолёт обогнал ведущего. Спохватившись, он убрал обороты и попытался притормозить, хотя скорость перевалила за 300 км/ч, а конец ВПП был рядом. Прерванный взлёт закончился оторвавшимся сразу после выпуска тормозным парашютом и выскакиванием за пределы полосы. Уйдя «в поля» почти на полкилометра, самолёт в конце концов остановился в снегу, отделавшись повреждениями фюзеляжа, крыла и закрылков, помятых комьями мёрзлого грунта.
Ко дню Победы 9 мая 1965 года над Прагой пролетали строем 24 самолёта, ведомые командиром 34-й дивизии полковником Филипом. Следом за праздником начались крупные учения ОВД «Весна-65», в ходе которых экипажам Су-7 пришлось действовать с запасных аэродромов, имитируя нанесение ударов на предельной дальности, причём обстановка воссоздавалась «приближённой к боевой» – по ходу учений менялись цели и полигоны, задачи ставились уже при нахождении в воздухе, вводились новые маршруты и профили полёта для прорыва «вражеской ПВО», однако без реальной стрельбы и бомбометания, ещё не освоенных на новой технике.
К лету 1965 года к переходу на «Су-седьмые» стал готовиться следующий чехословацкий полк – 20-й ибап в Намеште-над-Ославой. Переучивание начали в конце июня, а уже месяцем спустя полк получил 19 новых самолётов Су-7БМ из 55-й и 56-й серий; тогда же соседний 28-й полк пополнился пятью Су-7БМ, также 55-й серии. Несмотря на известный опыт чехословацких авиаторов с процедурой освоения машины, у новичков не обошлось без аварий. В одном из первых же вылетов в августе 1965 года капитан 3. Цизарь на разбеге не уследил за стремительно растущей скоростью и, обнаружив, что та уже переваливает за 300 км/ч, поторопился рвануть на себя ручку управления, тут же поставив кран шасси на уборку. Самолёт задрал нос, однако колёса основного шасси ещё не оторвались от земли. Самолёт просел на убирающихся стойках и задел бетонку хвостовой частью.
Прочесав хвостом по ВПП в туче искр, машина всё же оторвалась от полосы и стала набирать высоту, волоча за собой хвост пламени, словно ракета. Пламя из стёсанного понизу сопла распространилось по хвостовой части фюзеляжа, охватило тяги управления, и уже на высоте 700 м самолёт перестал слушаться пилота. Если со взлётом у лётчика не заладилось, то катапультировался он безукоризненно, не получив даже ушибов. Разбор происшествия с потерей только что полученной весьма дорогой матчасти был «на контроле» у самого руководства страны, однако результаты его были вполне объективны: было признано, что для подготовки на достаточно строгой машине крайне необходима двухместная «спарка», а лётчик благополучно избежал «кары небесной» и остался в строю. Этим происшествием дело не ограничилось: другой лётчик, надпоручик Макса, на рулении не сумел разминуться с автомобилем, после чего его самолёт пришлось долго ремонтировать, а лётчик вернулся на службу только после нескольких месяцев, проведенных в госпитале.
Занявшись в начале 1966 года освоением боевого применения самолёта, лётчики практически сразу приступили к тренировкам по применению Су-7 в качестве носителя ядерного оружия. Естественно, «настоящих» бомб на самолёты не подвешивали, и в их роли выступали тренировочные и учебно-боевые изделия – аналоги боевых боеприпасов, позволявших отработать процедуру подготовки системы управления оружием, тщательно регламентированную методику обращения со спецбоеприпасами и тактические приёмы их использования. Ввиду того, что единственный применимый тогда на Су-7 образец «спецбомбы» допускал лишь бомбометание с безопасных высот, позволявшее самолёту удалиться за пределы зоны поражения, основным способом его использования был сброс с кабрирования, обеспечивавший возможность проникновения через заслоны ПВО и безопасный отход от места взрыва. Бомбометание отрабатывалось с двух режимов – с набором высоты под углом 45° и 110°, чаще – с тангажом 45°, когда проще было пилотировать машину и выдерживать параметры полёта, траектория которого при точном соблюдении скорости и момента сброса определяла место падения и взрыва бомбы; при наборе высоты «вверх ногами» под 110° с выполнением полупетли задача усложнялась, а начинать манёвр следовало уже после прохождения цели, оказываясь на восходящей траектории на довольно длительное время непосредственно в зоне действия объектовой ПВО.
При подготовке к полёту, в зависимости от положения цели и профиля полёта к ней, определялась и фиксировалась на карте точка начала маневра, привязываемая к чётким ориентирам на местности – отдельно стоящим хорошо заметным зданиям, рощам, перекрёсткам дорог, возвышенностям, водоёмам т.п. Профиль полёта обычно назначался из расчёта скорости 1050 км/ч, близкой к предельной у земли, с выдерживанием высоты всего в 70 м над местностью. С началом боевого маневра от лётчика требовалось всё искусство пилотирования: он должен был выдерживать самолёт в наборе высоты строго по «птичке» авиагоризонта, следя за соблюдением постоянства расчётной перегрузки, означавшей, что машина идёт вверх по заданной траектории. Сброс выполнялся по расчёту времени от начала набора высоты – по секундомеру, без использования какой-либо автоматики и вычислителя, на Су-7БМ напрочь отсутствующих.
Умение выполнять необходимые расчёты и пилотировать самолёт с чётким выдерживанием заданных параметров и были основной задачей тренировок. Первые опыты не очень радовали – учебные боеприпасы падали куда попало, и отклонение от мишени, бывало, достигало 5-6 км! По мере приобретения навыков результаты улучшались, и среднее отклонение при бомбометании с кабрирования удавалось довести всего до 200 м, завидных и для сброса с обычных режимов. При всей секретности учебной программы, выделявшейся в особый раздел курса боевой подготовки, учебный полигон для тренировок по применению «спецбомб» находился в Загорье-Малацки у самой австрийской границы, где местность была мало населена. Упражнения в бомбометании принесли также серию курьёзных случаев, когда лётчики раз за разом возвращались без подвесных баков, слетавших вместе с бомбами где-то над полигоном, причём ни в одном из пяти таких случаев баки найти так и не удалось – те, по всей видимости, тут же утаскивались хозяйственными жителями ближних сёл.
Ввод в строй современной сверх звуковой техники позволил вывести из состава ударной авиации Ил- 28, частью списанные, частью переданные в разведывательную авиацию.
Продолжая пополнять ИБА, чехословацкие авиаторы в феврале 1966 года получили очередную партию из десяти машин, уже модификации Су-7БКЛ из 60-й серии, которые направили в 28-й полк. Самолёты прибыли «своим ходом», преодолев маршрут с авиазавода до аэродрома в Чаславе протяжённостью более 7500 км. Колёсно-пыжное шасси, как и система СПРД, однако, практически не использовалось: после нескольких пробных рулений по грунту пришли к выводу, что толку от него немного – сотрясения тут же сказываются на работоспособности бортового оборудования, а в сырой земле самолёт даже без нагрузки всё равно увязал. Куда более существенным стало появление на борту специального прицела, упрощавшего бомбометание с кабрирования и позволявшего повысить точность удара. Полуавтоматический механизм прибора отсчитывал установленное время от начала манёвра и выполнял сброс, позволяя лётчику сосредоточиться на пилотировании с соблюдением заданного режима.
В отношении пилотирования более тяжёлый Су-7БКЛ отличался ещё и диапазоном полётных центровок, будучи более устойчивым в продольном отношении, что ощущалось как прибавившаяся «дубовость» в управлении.
Летом 1966 года чехословацкие Су-7 были задействованы в крупных совместных учениях с армиями союзных стран «Влтава-66».
