Пришлось отказаться от предложения поступить в аспирантуру и согласиться с распределением в г. Гусев Калининградской области. Здесь молодая семья получила однокомнатную квартиру и ключ, от сарая с дровами. Это было первое, почти собственное, жилье, где началась самостоятельная жизнь будущего академика.
В 1953 г. у Абалкиных родился первенец, сын Иван. Сам же Леонид работал преподавателем Калининградского техникума, вел курс статистики, финансов, затем политэкономии. В Калининграде Л.И. Абалкин получает свое первое назначение – заместителя директора техникума. Годы жизни в Калининграде стали важным этапом в жизни Леонида Ивановича. Это был период активной общественной работы, занятия в драматическом кружке, время самоутверждения. Именно там у Л.И. Абалкина выработалось твердое желание стать ученым.
В 1958 г. он подает документы в аспирантуру Московского государственного экономического института. Выбор института был связан с тем, что в его «альма-матер», в МИНХе, аспирантура была закрыта по обвинению в поддержке мелкобуржуазных отношений. Московский государственный экономический институт располагался от него в непосредственной близости. В нем преподавали выдающиеся ученые профессора Бирман, Каменицер и другие, которые заложили основы «школы» Л.И. Абалкина.
В 1961 г. Московский государственный экономический институт и Московский институт народного хозяйства объединились. Под крышей последнего с 1 сентября 1961 г. начинается отсчет деятельности Л.И. Абалкина, как преподавателя. Он становится ассистентом кафедры политэкономии. На этой кафедре он проработал 15 лет, пройдя все ступени научной и педагогической карьеры: старший преподаватель, доцент, доктор экономических наук, профессор, заведующий кафедрой. С 1966 по 1968 г. являлся секретарем парткома института. В связи с избранием на эту должность запомнился эпизод, характерный для того времени. Должность секретаря парткома МИНХа была номенклатурной для МГК партии, и кандидат должен был утверждаться на заседании Секретариата, который вел Первый секретарь МГК, член Политбюро ЦК КПСС В.В. Гришин. Когда Абалкина представили, один из присутствовавших высказал недоумение: «Как же так, заведующий кафедрой и одновременно секретарь парткома?» На что В.В. Гришин категорично возразил: «Почему ректор может быть заведующим кафедрой, а секретарь парткома нет?». В результате Абалкина утвердили, и, в общей сложности, заведующим кафедрой он проработал 10 лет.
В 1970 г. он защитил докторскую диссертацию: «Роль государства в регулировании социалистической экономики». В 1976 г. Л.И. Абалкина пригласили на должность заместителя заведующего кафедрой проблем управления в Академии общественных наук при ЦК КПСС, тогда же он становится консультантом Брежнева. В 1978 г., когда АОН объединилась с Высшей партийной школой, возникла вакансия заведующего кафедрой политэкономии. Роль заведующего кафедрой политэкономии главного партийного высшего учебного заведения страны в те годы было трудно переоценить. Она была суть политическая, ключевая в плане подготовки кадров по важнейшей дисциплине, от уровня преподавания которой во многом зависели статус и положение выпускников одного из самых престижных учебных заведений страны.
В качестве заведующего кафедры, а по сути главного экономиста страны, Л.И.Абалкин проработал 8 лет. В этот период его избрали членом-корреспондентом Академии наук СССР и в 1986 г. назначили директором Института экономики АН СССР, которым он остается по сей день.
Конец 80-х – начало 90-х годов был, наверное, самым драматическим периодом в новейшей истории нашей страны. Он ознаменовался коренными изменениями в созданном за годы Советской власти хозяйственном и политическом механизме. Горы накопившихся проблем во всех сферах жизни государства вызвали необходимость пересмотра основополагающих принципов управления страной. Леонид Абалкин получил в эти годы редчайшую для себя возможность не только наблюдать происходившие процессы изнутри, но и быть их непосредственным участником.
Началось все летом 1988 г., когда Л.И. Абалкин был избран делегатом XIX партийной конференции от Севастопольского района Москвы. В этом уникальном районе на относительно ограниченной площадке были сосредоточены многие ведущие исследовательские центры страны: Институт экономики, Институт мировой экономики и международных отношений (директор – академик Е. Примаков), Институт экономики мировой социалистической системы (директор – академик О.Богомолов), Центральный экономико-математический институт (директор – член-корр. В. Макаров), Институт народно-хозяйственного прогнозирования (директор – член-корр. Ю. Яременко), Институт Дальнего Востока (директор – доктор экономических наук М. Титаренко), Институт социологии (директор – доктор философских наук В. Ядов), Институт научной информации по общественным наукам (директор – академик В. Виноградов). В процессе выбора делегатов на партийную конференцию состоялись многочисленные встречи Л.И. Абалкина с коммунистами этих институтов и района в целом. Было высказано много напутствий, наказов, были и письменные резолюции с оценкой сложившегося положения в экономике страны и с предложениями о путях выхода из кризиса. Все это, а также опора на достаточно мощный научный потенциал Института экономики АН СССР, не могло не отразиться на содержании выступления Л.И.Абалкина с трибуны конференции.
Выступление академика запомнилось многим, но понравилось далеко не всем. В нем была дана достаточно жесткая оценка ситуации и со всей определенностью сказано, что радикального перелома в экономике не произошло, из состояния застоя она не вышла, что задачи одновременного количественного роста и качественных изменений в народном хозяйстве страны являются несовместимыми. Выступление вызвало многочисленную критику со стороны делегатов конференции и жесткую оценку со стороны Генерального секретаря ЦК КПСС М.С. Горбачева, который усмотрел в выступлении следы «экономического детерминизма». После выступления к Л.И. Абалкину неожиданно подошел член Политбюро ЦК КПСС, Председатель Совета Министров СССР Н.И. Рыжков. С Николаем Ивановичем Л.И.Абалкин был знаком в течение нескольких лет. Отношения между ними хотя и были строго официальными, но складывались исключительно на доброжелательности и взаимном уважении. Н.И.Рыжков протянул руку и, долго не отпуская ее, сказал:
В институте все отдавали себе отчет в том, что от тех материалов, которые будут подготовлены, может зависеть не только решение практических вопросов, но и общее отношение к экономической науке, к ее разработкам, к возможностям влияния науки на выбор и принятие стратегических решений. Весь институт был поднят на ноги, началась интенсивная подготовка доклада.
Точно в срок материалы были представлены в Правительство, но в связи с землетрясением в Армении обсуждение было перенесено и состоялось 4 января 1989 г. В нем приняли участие многие ведущие экономисты страны – академики А. Аганбегян, Г. Арбатов, О. Богомолов, В. Кудрявцев, С. Ситарян, члены Президиума Совета Министров СССР. На совещании возможно впервые были названы и обнажены те негативные тенденции, которые, в последующем, широко обсуждались в стране. Сам доклад нигде не публиковался, но его краткое изложение было дано в трудах Института экономики за 1988 г. В нем было подчеркнуто, в частности, что если на протяжении 1976–1985 гг. и происходило неуклонное нарастание расходов государственного бюджета, прирост этих расходов был меньше прироста национального дохода (по абсолютной сумме). Этот процесс не вызывал особых тревог, хотя и сдерживал развитие хозрасчетных и коммерческих отношений в стране. Однако в 1986– 1987 гг. сложилось качественно новое соотношение: расходы бюджета стали увеличиваться существенно быстрее, чем абсолютный прирост национального дохода страны, а расходы на производственную сферу начали резко обгонять доходы бюджета, получаемые в этой сфере. На основе проведенного анализа коллектив института и его директор предложили разработать программу финансового оздоровления народного хозяйства, целью которой являлось сокращение бюджетного дефицита, нормализация денежного обращения и стабилизация потребительского рынка. Главный же вывод заключался в том, что причиной нарастания негативных процессов являлась медлительность и половинчатость в осуществлении экономической реформы, отсутствие четкой, просчитанной программы действий.