По показаниям родных и прислуги Распутина было выяснено, что около полуночи 17 декабря к нему приезжал князь Юсупов и они уехали вместе. Ранее Распутин сам говорил, что поедет в гости к князю Юсупову; при выходе из дому одет был Григорий Ефимович в голубую рубаху и шубу.
Из дому он вышел через задний вход (парадный подъезд был заперт), путь к которому шёл через кухню. Выходя через задний выход, разбудил прислугу (Анну Николаевну Распутину) и попросил её закрыть дверь.
Около 4 часов утра, в ночь на 17 декабря, стоявший на посту недалеко от дома князя Юсупова городовой услышал 4 выстрела. Вскоре этот городовой был вызван в квартиру князя Юсупова, где находившийся там член Государственной Думы Пуришкевич сказал, что Распутин погиб и что если сам он, городовой, любит Царя и Родину, то будет молчать. Но городовой молчать не стал и сообщил об этом начальству.
Убийство было совершено подло, зверски, трусливо, ночью 17 декабря 1916 года. Прежде всего Распутина заманили во дворец Юсупова под предлогом, чтобы тот посмотрел страдавшую каким-то недугом жену Юсупова Ирину. Комната, куда привели Распутина, находилась в подвальном этаже. Здесь были приготовлены чай, вино, конфеты, пирожные. В пирожные и вино был добавлен яд, который достал масон Маклаков, непосредственного участия в убийстве не принимавший. Юсупов, посадив Распутина за стол и, предложив ему «угощение», пошёл за Ириной, которая якобы принимала гостей (на самом деле её вообще не было в Петрограде). Тем временем остальные непосредственные участники убийства — Пуришкевич, Дмитрий Павлович, Лизаверт, Сухотин — сидели в кабинете Юсупова и ждали своего часа, изрядно выпив. Заранее был разработан план и выбрано место ликвидации трупа и уничтожения вещей жертвы.
Время шло, а яд не срабатывал. Хотя Распутин почувствовал себя неважно.
По-видимому, у него возникают подозрения, и он собирается уходить. Тогда Юсупов предлагает ему помолиться. В комнате находилось распятие. Распутин подходит к распятию, становится на колени, чтобы поцеловать его, и в этот момент Юсупов стреляет ему в спину, целясь в сердце. Распутин падает.
Убийцы ликуют и готовятся замести следы. Сухотин надевает меховую шубу Распутина, его боты, берет перчатки и вместе с Дмитрием Павловичем и Лизавертом уезжают сжигать вещи убитого.
Юсупов и Пуришкевич остались дожидаться возвращения соучастников, чтобы потом вместе ликвидировать и труп. Сначала выпили (к утру все участники убийства были скотски пьяны). Потом Юсупов ушёл в ту комнату, где лежал Распутин. А чуть погодя, когда Пуришкевич пошёл в ту же сторону, вдруг раздался истерический крик Юсупова: «Пуришкевич, стреляйте, стреляйте, он жив! Он убегает!» Пуришкевич с пистолетом кинулся догонять убегавшего Распутина. Первые два выстрела — промах. Третий выстрел — попал в спину. «…Четвёртый выстрел, — пишет Пуришкевич, — попавший ему, как кажется, в голову… он снопом упал ничком в снег и задергал головой. Я подбежал к нему и изо всей силы ударил его ногой в висок».[30]

Через некоторое время при переносе трупа Распутина на него накинулся князь Юсупов и с диким остервенеем стал бить его тяжелой резиновой гирей по голове, целясь в висок. Во все стороны брызгала кровь, и когда Юсупова оттащили, он был весь забрызган кровью.[31] Что они ещё делали с Распутиным, конечно, мы уже не узнаем. Одно ясно по данным медицинского освидетельствования, что, кроме ран в спину и в голову сзади, у Распутина была огнестрельная рана на лбу и «огромная рваная рана в левом боку, сделанные ножом или шпорой». Более того, было выяснено, что Распутин был брошен в воду ещё живым.[32] Да, это было просто зверское убийство, нисколько не отличавшееся от зверских убийств, которые совершали над своими противниками большевики.
Зверски замученный, он был брошен в прорубь возле Крестовского острова.
На следующий день убийцы вели себя так же подло и трусливо. Царице, например, Юсупов прислал письмо, где он именем князей Юсуповых клялся, что Распутин в этот вечер не был у них. Мол, вчера у него была вечеринка, справляли новоселье и перепились, а уходя, Дмитрий Павлович убил собаку. Чтобы осознать степень двуличности и подлости Юсупова, приведем выдержки из этого письма:
«Ваше Императорское Величество. Спешу исполнить Ваше приказание и сообщить Вам всё то, что произошло у меня вечером, дабы пролить свет на то ужасное обвинение, которое на меня возложено. По случаю новоселья, ночью 16-го декабря, я устроил у себя ужин, на который пригласил своих друзей, несколько дам. Великий князь Дмитрий Павлович тоже был. Около 12-ти ко мне протелефонировал Григорий Ефимович, приглашая ехать с ним к цыганам. Я отказался, говоря, что у меня у самого вечер, и спросил, откуда он мне звонит. Он ответил: „Слишком много хочешь знать“, — и повесил трубку. Когда он говорил, то было слышно много голосов. Вот всё, что я слышал в этот вечер о Григории Ефимовиче».
Своё письмо Юсупов закончил так:
« Я не нахожу слов, Ваше Величество, чтобы сказать Вам, как я потрясен всем случившимся, и до такой степени мне кажутся дикими те обвинения, которые на меня возводятся. Остаюсь глубоко преданный Вашему Величеству
Таким же образом юлил и Дмитрий Павлович, он написал царю письмо, в котором божился, что не имеет ничего общего с убийством.
Но, как рассказывает Вырубова, вся полиция в Петрограде была поднята на ноги. Сперва у проруби на Крестовском острове нашли галошу Распутина, а потом водолазы наткнулись на его тело: руки и ноги были запутаны веревкой; правую руку он высвободил, когда его кидали в воду, пальцы были сложены для крестного знамения. Тело перевезли в Чесменскую богадельню. Похоронить временно решили в Царском Селе, а весной перевезти на родину.
Похороны состоялись утром 21 декабря в полной тайне. Никто, кроме царской четы с дочерьми, Вырубовой и ещё двух-трех человек, на них не был. Почитателям Распутина прийти не разрешили. Духовник царской семьи отслужил панихиду. На грудь убитого царица положила икону, привезенную из Новгорода, на задней стороне которой были росписи её и четырех её дочерей и Вырубовой.
Царская семья тяжело переживала случившееся. Особенно удручало, что многие из её окружения, даже близкие люди, радовались убийству. Особенно царскую чету поразили перехваченные полицией телеграммы, которые родная сестра царицы Великая княгиня Елизавета Фёдоровна послала убийцам Дмитрию Павловичу и Юсупову:
1. Москва, 18-12, 9.30
Петроград.
Только что вернулась вчера поздно вечером, проведя неделю в Сарове и Дивееве, молясь за вас всех дорогих. Прошу мне дать письмом подробности событий. Да укрепит Бог Феликса после патриотического акта, им исполненного.
2. Москва, 18-12, 8.52
Кореиз.
Все мои глубокие и горячие молитвы окружают вас всех за патриотический акт вашего дорогого сына. Да хранит вас Бог. Вернулась из Сарова и Дивеева, где провела в молитвах десять дней.
Елизавета.[34]