В первых числах октября был определен состав Российской делегации на переговорах с Японией. Возглавил делегацию премьер-министр Витте. В ее состав вошли сотрудник министерства иностранных дел Извольский, начальник ГУГШ генерал Палицын, начальник ГМШ контр-адмирал Виренниус. Распоряжением регента делегация убывала в САСШ в кратчайший срок экспрессом в Берлин, затем через Париж в Брест, оттуда на трансатлантике в САСШ. Ламздорфу было поручено провести консультации с министрами иностранных дел Германии и Франции.
В Японском море, на параллели Хакодате встретились для проведения переговоров отряд кораблей Тихоокеанского флота: “Суворов”, под флагом вице-адмирала Чухнина, “Император Александр III”, “Громобой”, под флагом контр-адмирала великого князя Александра Михайловича, “Россия”, “Баян”, “Жемчуг”, и отряд кораблей Объединенного флота: “Асахи”(флаг вице-адмирала Каммимуры), “Сикасима”, “Адзума”, “Сагами”, “Тацута”). Совещание японского и русского адмиралов о разграничительной линии на море и других деталях перехода от военного положения к мирному, происходило на эскадренном броненосце “князь Суворов”. После подписания протокола о перемирии, вице-адмирал Чухнин и контр-адмирал Великий князь Александр-Михайлович нанесли ответный визит к японскому адмиралу на “Асахи”. Было выработано решение по Сахалину, до окончания мирных переговоров, японцам разрешалось вывезти раненых и доставлять продовольствие и фураж (на более одного парохода в 10 суток). Доставка военного снаряжения строго воспрещалась. Все японские суда подлежали досмотру.
В начале ноября в Портсмут, на рейсовом трансатлантике, прибыла русская делегация во главе с премьер-министром Витте для проведения мирных переговоры с японцами. На президентской яхте Рузвельта прошла первая встреча русской и японской делегаций. 9 ноября считается датой начала официальных русско-японских мирных переговоров. Русская делегация потребовала, вывода японских войск из Маньчжурии, возврата России Ляодунского полуострова с крепостью Порт-Артур, Южно-Маньчжурской железной дороги, уплаты контрибуции, выдачи России русских кораблей, захваченных Японией в ходе войны, запрета рыболовных концессий в территориальных водах России, признания преобладающих интересов России в Манчжурии, Северной Кореи, передачи Курильских островов России. Кроме того, русская делегация потребовала вывод японских войск из Кореи. Глава делегации Японии Комура в ответ заявил, что на конференции нет ни победителей, ни побежденных, отвергнув большую часть русских требований - “Япония не примет условий российской стороны”. В ответ на это Витте резко бросил: “Тогда Россия примет капитуляцию Японии в Токио”. Уже 15 ноября Мирные переговоры в Портсмуте зашли в тупик в связи с несогласием японской стороны платить контрибуцию, передачи под суверенитет России Курильских островов и вывода японских войск из Кореи. Однако, японский представитель на мирных переговорах в Портсмуте, барон Комура представил компромиссный план мирного договора. Япония согласилась на выдачу российских кораблей, захваченных в ходе войны. Было взаимопонимание достигнуто по поводу предоставления японцам ограниченных прав рыболовства в водах России. Япония согласилась вернуть Ляодунский п-ов и Порт-Артур России, при условии полной демилитаризации Порт-Артура. Япония наотрез отказывалась передать Курилы России. Япония согласилась признать интересы России только в Манчжурии. Япония категорически отказалась на выплату контрибуции, категорически отказалась признать какие-либо интересы РИ в Корее.
23 ноября президент Теодор Рузвельт вмешался в ход переговоров, настоятельно побуждая российскую сторону принять компромиссное предложение Комуры. Английский МИД выступил с резкой филиппикой по поводу того, что Россия специально затягивает мирные переговоры, не желая заканчивать войну. Михаил, не желающий идти на уступки Японии, предложил Витте прервать переговоры и покинуть Портсмут. Французский посол в России довел до Михаила пожелание французского президента о скорейшем окончании войны и подписания мирных переговоров. Английский посол предал Ламздорфу ноту, в котором Англия и другие демократические государства, при затягивании переговоров будут вынуждены принять соответствующие меры. На утреннем заседании совета государственной обороны английская нота была рассмотрена. Общее мнение высших сановников империи было следующим, возникновение втор ой Крымской войны маловероятно. Вечером Михаил принял германского посла и имел с ним продолжительную беседу.
Великий князь Михаил Александрович принял американского посла, который довел до сведения регента пожелание президента США Т. Рузвельта признать права Японии на Корею, в обмен на признание русских прав на Манчжурию. В беседе с послом Михаил намекнул, что готов признать права Японии на Южную Корею, в обмен на передачу Курильских островов и признания преобладающих интересов России в Манчжурии и Северной Корее.
Барон Комура телеграфировал японскому правительству, что русская делегация категорически отказывается принять компромиссный план, и если к следующему заседанию конференции 28 ноября положение не изменится, переговоры будут прерваны. 26 ноября Тихоокеанский флот в составе: 10 эскадренных броненосцев, 3 броненосных крейсеров, 7 крейсеров, крейсера-аэростатоносца, 13 эскадренных миноносцев и 3 транспортов вышел в море. Неожиданно германский канцлер князь фон Бюлов выступил с заявлением о поддержке требований России. Во Франции Рувье, был вынужден выступить с поддержкой российских требований. Учитывая оказанную России поддержку со стороны ведущих европейских держав, на совещании кабинета министров Японии в присутствии императора было принято решение отказаться на мирных переговорах с Россией от Курильских островов и признать интересы России в Манчжурии, в обмен на признание прав Японии на Южную Корею и демилитаризации Порт-Артура и отказа от контрибуции.
С 28 нобяря, в 50 милях к югу от острова Дажалет русские корабли в течении двух суток отрабатывали эволюции и минные атаки, проводили стрельбы. Подошедшие в район английские крейсера на приветствие не ответили и маневрировали в видимости эскадры. С крейсера “Русь” отрабатывали установление связи с Владивостоком. В начале декабря переговоры возобновились и 5 декабря, наконец, был подписан мирный договор, ставивший точку в двухлетней войне.
По условиям договора:
1. Япония, признает, что Российская Империя имеет в Северной и Южной Манчжурии, а также на Ляодунском п-ве преобладающие политические, военные и экономические интересы.
2. Япония обязуется полностью эвакуироваться из Манчжурии.
3. Порт Дальний признается Россией открытым портом, однако с преимуществом российских компаний.
4. Российская Империя накладывает ограничения на рыбную ловлю японским подданным вдоль берегов и в заливах, гаванях, бухтах и реках, находящихся в ее владениях в Японском, Охотском и Беринговом морях.
5. Российская Империя признает преобладающие политические, военные и экономические интересы Японии в Корее, южнее 38-й параллели.
6. Япония признает преобладающие экономические интересы Российской Империи в Корее, севернее 38-й параллели, при условии нахождения ограниченного воинского контингента Японии на территории южной Кореи.
7. Обе стороны обязуются, что территория Кореи не будет использоваться для “стратегических целей” и
