началом было примерно 250 вооруженных боевиков.
Когда к городу подошли советские войска, Котовский и Япончик подняли восстание на Молдаванке, в котором приняли участие и уголовники, и рабочие. Белые и интервенты начали отступать к порту, а бандиты вволю пограбили склады, магазины и богатые особняки, где оставалось немало брошенного в панике имущества. Люди, переодетые в форму деникинских офицеров, средь бела дня подъехали к зданию Одесского государственного банка на трех грузовиках и предъявили предписание о вывозе денег и ценностей на пять миллионов золотых рублей. Через полчаса после их отъезда подъехали машины с настоящими офицерами, которым было предписано эвакуировать банк. Но эвакуировать, в сущности, уже было нечего. Молва упорно приписывала этот подвиг Котовскому, хотя и без него героев хватало. А в народе еще в 1930 -е годы циркулировали легенды о кладах Котовского, в одном из которых должны были лежать взятые в Одесском госбанке золото и драгоценности. Думаю, если такие клады и были, то Котовский, скорее всего, пустил их в оборот в период нэпа, что могло обеспечить первоначальный капитал для развития и последующего процветания Бессарабской коммуны.
Второго апреля 1919 года французские и греческие войска, большинство из которых отказалось сражаться, получили приказ эвакуироваться из Одессы. 8 апреля эвакуация закончилась, но еще 5 апреля в Одессу вступили советские войска, поддержанные большевистским и уголовным подпольем.
Большевики решили использовать популярность Котовского в Бессарабии, которую после взятия Одессы Красная армия собиралась освобождать, чтобы затем сокрушить «боярскую» Румынию и прийти на помощь красной Венгрии. 13 апреля 1919 года он с благословения секретаря Одесского губкома партии Яна Гамарника получил мандат, где говорилось: «Тов. Котовскому Григорию Ивановичу, как испытанному и боевому товарищу, поручается организация боевых частей для освобождения Бессарабии от гнета мирового империализма. Тов. Котовский работает на территории Одесского округа и подпольно в Бессарабии. Все советские учреждения, исполкомы, ревкомы, также подпольные советские организации оказывают указанному товарищу безусловное содействие». Тогда же, 20 апреля, Котовский получил первую официальную советскую должность — военкома пограничного с Бессарабией Овидиопольского военного комиссариата. Ему предложили создать группу для подпольной работы в Бессарабии. Котовский собирался высадить отряд партизан на другом берегу Днестра, использовав для этого рыбацкие лодки. Но румыны узнали о плане десанта. Из Аккермана в Овидиополь пришел румынский монитор и расстрелял все собранные для десанта лодки.
В короткий срок Котовскому удалось завербовать более трех тысяч добровольцев, в том числе немало своих соратников из числа одесских и бессарабских уголовников. В конце апреля Одесский губком сформировал Временное рабоче-крестьянское правительство Бессарабии, вскоре перебравшееся из Одессы в Тирасполь. Его возглавил И. Н. Криворуков. 28 апреля политбюро компартии Украины приняло решение о формировании Бессарабской Красной армии. Через Бессарабию и Буковину советские войска собирались двинуться на помощь красной Венгрии.
Первого мая советское правительство предъявило Румынии ультиматум с требованием в 48 часов очистить Бессарабию и Буковину (последняя, кстати сказать, была австрийской провинцией и никогда не входила в состав Российской империи). 5 мая 1919 года, совершив переправу, в Бендеры ворвалась небольшая группа большевистских повстанцев. Они докладывали советскому командованию: «Пять часов утра. Переправа совершена удачно. Румынская застава взята без выстрела. Часовые других постов спали и также сняты. Цепь из сорока штыков, направившаяся в сторону Бендерской крепости, заставила последнюю выкинуть белый флаг о сдаче. Другой небольшой отряд захватил вокзал, откуда без всякого боя бежали жандармы и румынские солдаты». Однако к концу дня румынские войска выбили повстанцев из Бендер. Штаб Котовского в это время находился в гостинице «Швейцария» в Тирасполе. Казалось, его отряд скоро ринется за Днестр.
Однако 7 мая поднял мятеж освободитель Одессы начдив 6-й советской дивизии, бывший штабс- капитан царской армии, георгиевский кавалер и бывший полковник армии УНР Николай (Никифор) Александрович Григорьев, прототип атамана Грициана Таврического из популярной советской оперетты Бориса Александрова «Свадьба в Малиновке», экранизированной в 1967 году. Он отказался выступить на Румынский фронт и выдвинул лозунги «власть Советам народа Украины без коммунистов», «Украина для украинцев», «свободная торговля хлебом». Отличились григорьевцы и еврейскими погромами. Войска Григорьева, насчитывавшие до двадцати тысяч человек, взяли власть в Александровском, Елисаветградском, Херсонском уездах. Советские гарнизоны в Кременчуге и Золотоноше восстали и присоединились к Григорьеву. Повстанцы заняли Екатеринослав и Николаев, но 21 мая были разбиты на подступах к Киеву превосходящими силами советских войск, частично снятых с Бессарабского фронта. Григорьев с отрядом в три тысячи человек присоединился к Нестору Махно, но был заподозрен последним в сношениях с деникинцами и 27 июля 1919 года убит.
Писатель Иван Бунин, находившийся в те дни в Одессе, в связи с восстанием Григорьева записал 11 мая в дневнике: «Во избежание циркулирующих в городе слухов, штаб Третьей украинской советской армии объявляет, что атаман Григорьев, собрав кучку приверженцев, провозгласил себя гетманом и объявил войну Советскому правительству… Затем приказ Антонова-Овсеенко: „Белогвардейская сволочь стремится расстроить красную силу, натравить ее на мирное население… Подлый предатель родины, подлый слуга врагов наших Каин должен быть уничтожен, как бешеная собака… раздавлен и вбит, как черви, в землю, которую он опоганил…“
Затем воззвание членов военно-революционного совета: „Всем, всем, всем! Дети трудового народа социалистической Украины! Авантюрист, пьяница, прислужник своры старого режима, попов и помещиков, маменькиных сынков, Григорьев, открыл свою настоящую личину, окружил себя стаей черных воронов с засаленными рожами… Проповедует о том, якобы большевики желают запречь в коммуну… меж тем как коммунисты никого не заставляют вступать, а только разъясняют, как всякий тоже знает, что не дело большевиков распинать Христа, который учил тому же и, будучи Спаситель, восстал против богачей… Такая нелепая провокация, сочиненная в пьяном виде, конечно, не могла подействовать… Ура, долой авантюриста, который вздумал выкупаться в крови проголодавшихся рабочих… Мы должны изловить сутенеров и предателей и предать их в руки рабочих и крестьян…“ Подписано так: „Товарищи Дятко, Голубенко, Щаденко“. — Это вроде того, как если бы я подписался: господин Бунин.
Вообще утро большого волнения. Был Юшкевич. Очень боится еврейского погрома. Юдофобство в городе лютое!»
В подтверждение этого последнего тезиса Бунин 15 мая отметил: «Еврейский погром на Большом Фонтане, учиненный одесскими красноармейцами.
Были Овсянико-Куликовский и писатель Кипен. Рассказывали подробности. На Б. Фонтане убито 14 комиссаров и человек 30 простых евреев. Разгромлено много лавочек. Врывались ночью, стаскивали с кроватей и убивали кого попало. Люди бежали в степь, бросались в море, а за ними гонялись и стреляли, — шла настоящая охота. Кипен спасся случайно, — ночевал, по счастью, не дома, а в санатории „Белый цветок“. На рассвете туда нагрянул отряд красноармейцев. — „Есть тут жиды?“ — спрашивают у сторожа. — „Нет, нету“. — „Побожись!“ — Сторож побожился, и красноармейцы поехали дальше.
Убит Моисей Гутман, биндюжник, прошлой осенью перевозивший нас с дачи, очень милый человек».
По части еврейских погромов те, кто в момент григорьевского мятежа остался на стороне советской власти, мало в чем уступали Григорьеву. Котовского в тот момент в Одессе не было, иначе он, надо полагать, сделал бы все для предотвращения погрома. Григорий Иванович всегда был решительным противником погромов, утверждая, что человека нельзя убивать или грабить только за то, что он еврей.
Советскому командованию пришлось бросить против Григорьева войска, призванные участвовать в операции в Бессарабии, а сам поход на Кишинев надолго отложить. Начавшееся же в двадцатых числах мая наступление Деникина в Донбассе вообще сделало советское вторжение за Днестр неактуальным. Правда, 27 мая советским войскам при поддержке местных большевиков все-таки удалось взять Бендеры, но уже к вечеру красных отбросили обратно за Днестр. Расчет на то, что румынская армия разложится сама по себе и даже перейдет на сторону красных, не оправдался.
Третьего июля 1919 года Котовский был назначен командиром 2-й пехотной бригады 45-й стрелковой дивизии.