Ига рю и Кога рю просуществовали так долго и приобрели столь высокую репутацию благодаря поддержке правительства Токугава.
Хакуун рю был организован Гарю додзи и позднее усовершенствовал во время Хакуун додзи. Говорят, что Хакуун рю вобрал в себя гибкие черты четырех демонов: демона тени, демона огня, демона земли и демона ветра. В эпоху Охо, примерно через сто лет после эпохи Дзиряку, ученик Хакуун додзи Кагакурэ додзи передал опыт ниндзюцу Тогакурэ Дайсукэ. А он в свою очередь позаботился о Сима Косанта. Как указано выше, есть запись о днях, когда немного выживших из армии Кимо Ёсинака укрылись в горах провинции Ига. Позже, во время эпох Энгэн (1136–1339 годы) и Сехэй (1346–1369 годы) множество беглецов как от Северной, так и от Южной династии укрылись в горах провинций Ига и Кога. Некоторые утверждают, что это и было началом различных школ ниндзюцу, включая Ига и Кога рю.
Согласно записям ниндзюцу школы Кога во время эпохи Тэнкё (938–946 годы) Мотидзуки сабуро Канэиэ — третий сын Сува Саэмона Минамото Сигэёри, правителя провинции Синано отличился в подавлении бунта Тайра но Масакадо. За это он был удостоен поста губернатора Кога гун, юго-востока провинции Оси. Он поменял имя Мотидзуки Сабурло Канэиэ на Кога Оуми но ками Канэиэ. Его сын по имени Оуми но ками Иэтика, имел литературное и военное образование, говорят, что он учился гэндзюцу у буддистиского монаха, которого звали Тацумаки Хоси. Монах был мастером гэндзюцу и жил в провинции Кога. Некоторые настаивают на том, будто отсюда пошло Кога рю ниндзюцу.
