Габсбурги уступили Виттельсбахам. К серьезной эрозии союзной структуры эти разногласия не привели, так как большинство католических правителей и прелатов рассматривали ее как защитницу их религиозных и территориальных интересов. Прочная финансовая и военная организация Лиги позволяла ей быть эффективной величиной.
Рост напряженности отразился и на общественном сознании, следствием чего стал общий дух конфронтации, религиозной нетерпимости, повышенной конфликтности. Это ярко проявилось в литературной полемике, которая достигла пика в 1617 г. в столетнюю годовщину Реформации Лютера. Наиболее известными полемистами были дрезденец Гоэ фон Гоэннег и иезуит Адам Концен, которые спорили по вопросу о значении Реформации.
Поводом к войне стали события в Богемии. Именно здесь столкнулись консолидированные силы протестантов в лице «богемских братьев», утраквистов и лютеран с католиками, чья активность возросла после поддержки в 1617 г. испанскими Габсбургами воспитанника иезуитов Фердинанда Штирийского на троны Чехии, Венгрии и Империи. Фердинанд II (1613–1637) как законный государь Богемии имел право на определение конфессиональной принадлежности своих подданных, поэтому его наместники распорядились о сносе и закрытии там двух протестантских церквей. С другой стороны, это находилось в противоречии с «грамотой величества» 1609 г., гарантировавшей религиозные и политические права чехов. Столкновение двух норм создавало безвыходную ситуацию.
23 мая 1618 г. в Праге вспыхнуло восстание, положившее начало Тридцатилетней войне. Вооруженная толпа, ворвавшись в королевский дворец Пражского города, выбросила из окна двух членов назначенного Габсбургами правительства и их секретаря. Этот акт «дефенестрации» был воспринят в Чехии как знак разрыва с Австрией. Вся полнота власти перешла к тридцати директорам («богемская директория»). Ключевой фигурой среди них стал Генрих Матфей Турн. Армия восставших провела ряд успешных военных операций в северной Австрии и под Веной. Чешский сейм отказался признать права Фердинанда на чешскую корону и избрал королем главу Евангелической Унии курфюрста-кальвиниста Фридриха Пфальцского. В 1619 г. он был коронован и поселился в Праге. Пражское восстание приобрело характер общеимперского кризиса. Однако Фридрих Пфальцский не предоставил в распоряжение восставших ни больших денег, ни войск. То, что они смогли продержаться до 1620 г., объясняется прежде всего слабостью императора Фердинанда.
К середине 1620 г. католики получили достаточно денежных средств и добились единства действий. В ноябре 1620 г. армия восставших чехов была разбита на Белой Горе. Потеряв Прагу, Фридрих бежал в Голландию. Его генералы вынуждены были самостоятельно защищаться в Пфальце, сдав вскоре все крупные крепости на реке Неккар, включая Гейдельберг и Маннгейм. Весной 1623 г. весь Пфальц находился в руках сил Католической Лиги и помогавших ей испанцев.
Победа над Пфальцем значительно усилила военную и политическую мощь Католической Лиги. Фердинанд был вынужден все в большей степени считаться с мнением ее лидеров. Богемия подверглась рекатолизации. Несколько позже в 1627 г. была отменена и «Грамота величества», после чего Чехия лишилась всех прежних имперских привилегий. В феврале 1623 г. Фердинанд распространил имперскую инвеституру Максимилиана Баварского на Верхний Пфальц и позволил католическим силам во главе с Тилли занять часть нижненемецких протестантских территорий. Угроза католического реванша в рамках всей Империи привела к консолидаци протестантских сил в Северной Германии и вызвала обеспокоенность Дании, Англии и Республики Соединенных провинций.
С 1625 г. начался второй этап Тридцатилетней войны, получивший название «датского». Король Дании Кристиан IV, пользующийся поддержкой Англии и Республики Соединенных провинций, возглавил коалицию северо-германских князей. Ему противостояла имперская армия во главе с талантливым стратегом, организатором и одновременно ловким, изворотливым и циничным человеком, владельцем большей части земель в северо-восточной Чехии Альбрехтом Валленштейном (1583–1634). Валленштейн помог императору Фердинанду и в решении финансовых проблем, предложив содержать огромную армию за счет высоких контрибуций, взимаемых с населения. К 1630 г. численность имперской армии превысила 90 тыс. человек. Валленштейн нанес датчанам ряд сокрушительных поражений на севере Германии, установив контроль над всей Северной Германией, Померанией и Мекленбургом.
Рейд Валенштейна на Ютландский полуостров в 1627 г. заставил датского короля просить мира. Мирный договор был подписан в 1629 г. в Любеке.
Однако блистательные победы умножали противоречия в лагере католиков. После распада рейхстага единственным представительным органом сословий стали поощряемые императором съезды курфюрстов. Однако и этот орган быстро утратил эффективность. Валленштейн за свои военные успехи получил целое княжество – герцогство Мекленбургское, став имперским князем. В его лице создавалась новая фракция имперских князей. Максимилиан Баварский, возглавлявший Католическую Лигу, очень ревниво относился к усилению политического влияния императора. Он не скрывал нетерпимого отношения к наличию у императора собственных вооруженных сил, а в даровании Валленштейну мекленбургских земель без созыва рейхстага видел угрозу вековому правопорядку Империи.
В этих условиях император Фердинанд стал поддерживать наиболее радикальные католические круги, требующие возвращения всех земель, отнятых протестантами после 1552 г. В 1629 г. был принят Реституционный эдикт, фактически вернувший Германию к ситуации Аугсбургского мира 1555 г. Это вызвало возмущение протестантов, так как они в результате реализации эдикта потеряли бы земли двух архиепископств, двенадцати епископств, ряда монастырей и аббатств. Обеспокоенность просматривалась и в габсбургском лагере. Программа реставрации католицизма при решающей поддержке короны вызвала острое столкновение сословий. На курфюршеский съезд в Регенсбурге (1630) не явились курфюрсты Саксонии и Бранденбурга – традиционные партнеры Габсбургов, что было прямым вызовом политике Фердинанда. Главную роль на съезде играл баварский герцог, объединивший оппозиционных князей. Под их натиском император пошел на уступки, отправив в отставку Валленштейна, упразднив как самостоятельную единицу имперскую армию и распустив ее на три четверти. Мир внутри Империи был спасен, но ценой почти полной ликвидации всех завоеваний.
Третий этап Тридцатилетней войны (1630–1635) вошел в историю как «шведский». В условиях непримиримого конфликта радикалов из католического и протестантского лагерей Империя стала открытой для вмешательства иностранных держав, в первую очередь Швеции. Король Густав Адольф стремился укрепить военное присутствие Швеции на южном побережье Балтийского моря исходя из геополитических и экономических интересов, а также испытывая тревогу за судьбы евангелического вероисповедания в Германии. Армия Густава Адольфа выгодно отличалась организованностью, высоким боевым и моральным духом, к тому же она не была наемной: в ней служили в основном лично свободные крестьяне – военнообязанные. Шведский король серьезно улучшил вооружение своей армии (широко применялось огнестрельное оружие, скорострельные пушки) и организацию пехоты и конницы.
После разрушения Магдебурга в мае 1631 г. армией Католической Лиги и вторжения Тилли в Саксонию бранденбургский и саксонский курфюрсты заключили союз со шведской короной. Распалось единство сословной элиты. Лидером анти-протестантского блока стал Максимилиан Баварский, а император, лишенный собственной армии, оказался в полуизоляции.
17 сентября 1631 г. протестанты одержали блестящую победу у Брейтенфельда, которая привела к решительным переменам. Армия Лиги во главе с Тилли была уничтожена, шведы и союзные им войска вторглись в Центральную Германию, заняв Тюрингию, Франконию, Франкфурт-на-Майне, и в Богемию, оккупировав Прагу и дойдя до берегов Дуная. В мае 1632 г. они захватили Мюнхен. Армия Лиги потерпела полную катастрофу. К тому времени Германия была уже полностью разорена войной.
В этих условиях император вновь взял инициативу в свои руки, приступив к созданию новой имперской армии во главе с Валленштейном. В августе 1632 г. генералиссимус Валленштейн с успехом отбил наступление шведской армии под Нюрнбергом. 16 ноября 1632 г. произошла генеральная встреча шведских и имперских сил близ Лютцена (к юго-западу от Лейпцига). Шведы одержали победу и заставили Валленштейна отойти в Чехию. Но победа была омрачена гибелью шведского короля.
Наступила неизбежная пауза, необходимая для реорганизации протестантских сил, которые возглавил преемник Густава Адольфа шведский канцлер Аксель Оксенштирн. При его активном участии в 1633 г. был организован Гейльброннский военный союз, объединивший евангелические и реформатские чины Империи со Швецией. Швеция теперь рассматривалась не только как гарант интересов протестантов, но и как
