убедили в конце концов герцога Германа Швабского в абсолютной бессмысленности продолжения восстания против короля. И герцог покорился королю, что и засвидетельствовано 1 октября 1002 года в Брухзале. Король же утвердил власть герцога в его землях. Впрочем, разрушения и мародерство, совершенные герцогскими войсками в Страсбурге, требовали возмещения. Выказав милость и великодушие, король обрел еще одного верного вассала. Когда в 1003 году герцог Герман Швабский умер, король назвал его сына преемником на освободившемся посту и лично принял покровительство и опеку над несовершеннолетним ребенком.
С подчинением герцога Германа продолжавшееся более семи месяцев установление господства Генриха II над территориями империи можно было считать законченным. Удовлетворенный король вернулся назад в свое родовое гнездо в Регенсбурге. Там Генриха разыскал князь Чехии Владивой, принявший управление над Чехией после свержения жестокого и неподходящего короне князя Болеслава Рыжего. Генрих II обласкал гостя и принял Чехию под защиту своей короны. Болеслав Рыжий бежал в Польшу к своему тезке Болеславу Храброму.
Рождественские праздники, венчавшие собой первый год правления Генриха II, двор провел в королевской резиденции во Франкфурте-на-Майне вместе с рядом высокопоставленных особ.
Из Франкфурта король выехал в Верхнюю Лотарингию и назначил на 15 января 1003 года созыв хофтага в Диденхофене. Здесь ему присягнули на верность последние князья империи, до сих пор официально не признавшие власть короля. В Диденхофене король несколько задержался. Впервые за время его правления стало известно о болезни короля. Тем не менее 24 января 1003 года, в день смерти императора Оттона III, король добрался до Аахена, чтобы, посетив город, почтить память своего предшественника. Таким образом, практически всю зиму король провел на западе империи. Лишь весной он выехал из Нимвегена через Минден в Хильдесгейм.
Отношения короля с епископом Бернвардом серьезно охладели из-за поддержки, оказанной епископом в продвижении на пост короля кандидатуры Экгарда Мейсенского. Бернвард потерял симпатии короля, а с возвращением в окружение короля архиепископа Виллигиса при королевском дворе снова появился и компетентный противник Бернварда в политических вопросах. Надежды Бернварда разрешить в свою пользу тянущийся до сих пор между ним и Виллигисом спор относительно статуса церкви в Гандерсгейме казались в сложившейся ситуации более чем призрачными. Вероятно, совершая визит в Хильдесгейм, король намеревался успокоить Бернварда и по возможности закончить затянувшееся противостояние, как однажды пытался уже сделать в Риме, будучи еще герцогом. Но, увы, и здесь его усилия оказались напрасны. В «Via Bernwardi» директора соборной школы Хильдесгейма повод для визита короля, однако, описывается совершенно по-другому: «В 1003 году, после дня рождения господина, король посетил с благочестивыми намерениями города и аббатства, святые места, где благочестивые слуги и служительницы Господа несли свою службу. Через их молитвы он хотел обрести защиту и заступничество для себя и империи, власть над которой ему дал Господь. Его самым большим желанием было также побывать в Хильдесгейме, хотя до него тот никогда не удостаивался столь высокой чести. Он обратился к епископу Бернварду и спросил, можно ли ему посетить сие священное место. Бернвард дал ему соизволение (!). Так король в канун священного Вербного воскресенья (21 марта 1003 года) прибыл в нашу церковь, где его торжественно встретили. Он даровал также большую денежную сумму для отделки алтаря и помощи братьям. Кроме того, король пообещал чтить и поддерживать наше священное место, выделяя на него средства из своего бюджета».
Пасху двор праздновал в резиденции Кведлинбург. здесь Генрих II совершенно сознательно придерживался саксонской традиции. Все правители рода Оттонов до него выбирали по возможности именно это место для празднования – по соседству с могилами Генриха I и его жены, королевы Матильды. Кроме того, следовало обязательно засвидетельствовать благодарность аббатисе Адельгейде Кведлинбургской, поддержавшей Генриха II в его борьбе за трон.
Вновь герцог Оттон Каринтский возвратился в Кведлинбург ко двору. Несмотря на поражение в военных действиях в Италии, он получил прощение короля. После смерти герцога Каринтского в 1004 году герцогством стал править его сын Конрад.
Троицу король также праздновал в Саксонии, для чего выбрали старинный епископский городок Хальберштадт. Только после празднования король возвратился назад в Баварию для подавления восстания, поднятого маркграфом Генрихом Швайнфуртским вместе со своим братом Эрнстом Бамбергским и Бруно, братом короля Генриха II. Все трое оказались связаны с Болеславом Храбрым. Генрих Швайнфуртский поддерживал кандидатуру Генриха II в надежде получить назначение на герцогство в Баварии. Однако король сослался на право баварцев самим делать выбор, имея совсем иные намерения относительно герцогства, остававшегося еще на тот момент его вотчиной.
Когда в 1003 году внезапно умер князь Владивой, Болеслав Рыжий под защитой Болеслава Храброго вернулся в Чехию. Однако поведение Болеслава Храброго оставалось совершенно непредсказуемым: он неожиданно взял в плен им же самим возвращенного на правление в Чехию Болеслава Рыжего. Мало того, он приказал выколоть Рыжему глаза и держал его под стражей до самой смерти. Таким образом, территория под патронатом Болеслава Храброго простиралась теперь от Балтийского моря до венгерских границ. Чувствуя себя независимым и сильным, он посмел запретить королю Генриху II покровительствовать над Чехией. Король, вынужденный бороться с приспешниками Болеслава во Франконии, чтобы вновь вернуть эту землю короне, не выдвигал войска против Болеслава Храброго. Летом 1003 года поляк опустошил восточные пограничные области империи и предпринял попытку двинуться через Эльбу на запад.
Генрих II не смог противостоять неожиданному ходу Болеслава Храброго, и, таким образом, выпад поляка поначалу оказался неотомщенным. Контрудар в феврале 1004 года также не принес успеха. Испытывая трудности на восточных рубежах, король решился на меры, вызвавшие многочисленное недовольство во многих городах страны. Он объединился в борьбе против Болеслава Храброго с язычниками славянами и лютичами, которые еще в 983 году и много раз после повергали пограничные области страны в хаос своими восстаниями. Король Генрих II рассчитывал благодаря данному военному союзу склонить оба племени к дружбе и в конце концов включить их в состав империи, дав им возможность интегрироваться, однако большинство поляков и саксонцев не поняли короля.
После победоносного завершения борьбы с Генрихом Швайнфуртским король позволил себе немного расслабиться и поохотиться в горах Шпессарта. 21 октября 1003 года он впервые встретился в монастыре Святого Бильда в Эльзасе с известным аббатом Одило из Клюни, считавшимся другом императрицы Адельгейды, и затем через Франконию возвратился назад в Саксонию, где в старинной резиденции Пельде по традиционному сценарию, сложившемуся еще при его предшественниках, отпраздновал Рождество.
Из Пельде король Генрих II направился через Дорнбург в Тебру у Аполды на Ильме, где располагалась резиденция архиепископа Гизелера Магдебургского. Король нашел Гизелера лежащим больным в постели. Королю удалось переговорить с епископом о возрождении аббатства Мерзебург, и Гизелер попросил время подумать об этом. Однако, не успев согласовать окончательно решение, 25 января 1004 года архиепископ умер. Смерть архиепископа Гизелера Магдебургского унесла одного из крупнейших и влиятельнейших представителей церкви империи. Вопреки протестам духовенства король Генрих II назвал преемником умершего священника своего друга и советника по вопросам управления Тагино. Еще Генрих Сварливый, очевидно, в благодарность за заслуги Тагино и для укрепления монашества, хотел назначить того преемником епископа Вольфганга в Регенсбурге в 994 году. Однако тогда король Оттон III и императрица Адельгейда решили по-другому, сделав преемником Гебхарда, так как никто из них не хотел видеть соратника Сварливого на столь ответственном посту.
После смерти Гизелера стало возможным возрождение епископства Мерзебург, ведь, по сути дела, Гизелер принял управление архиепископством Магдебург только при условии ликвидации епископства Мерзебург, руководимого им перед этим. Епископ по средневековым понятиям не имел права менять место правления.
2 февраля 1004 года архиепископ Виллигис рукоположил Тагино на пост архиепископа Магдебурга. Четырьмя днями позднее, приурочив планируемое событие к созыву 6 февраля 1004 года рейхстага, король Генрих II вновь основывает епископство Мерзебург, назначив капеллана Вигберта из придворной канцелярии епископом и повелев Тагино совершить рукоположение Вигберта.
Одно из происшествий, случившихся зимой, король не смог предотвратить из-за плохой погоды. Мятежники в Баварии все-таки не отказались от своих намерений. Вернувшись в Мерзебург, Генрих узнал –