Либерий стал получать от некоторых восточных и египетских епископов письма с обвинениями против Афанасия, но оставлял их без внимания. В 353 г. к нему прибыло посольство от египетских епископов и александрийского духовенства во главе с епископом Тмуиса Серапионом, которое привезло заявление восьмидесяти епископов в пользу Афанасия. Папа обратился к императору с просьбой созвать собор. Собор был созван в 355 г. в Милане, и там, по легенде, Констанций, возражая сторонникам Афанасия, произнес: «Моя воля — вот канон!». Он отправил к Афанасию своего нота- рия Диогена с советом удалиться. Афанасий, ссылаясь на имевшиеся у него императорские письма, заявил, что сделает это только по формальному приказу императора. Тогда тот послал в Александрию войско, и в то время как в церкви Феоны, главной церкви Александрии, Афанасий совершал богослужение, в нее ворвались солдаты. Многие из присутствовавших там девственниц были убиты и изнасилованы, людей убивали, давили, топтали. Афанасий оставался на кафедре. Преданным монахам и мирянам удалось вывести его. Но цель была достигнута: ведь добивались не ареста, а удаления Афанасия. Он укрылся в пустыне у монахов.
В 357 г. патриарший престол в Александрии занял избранник императора, арианин Георгий Каппадокийский. Арианство насаждалось всюду силой. Многих епископов изгоняли и заключали в темницу. Подчиненное Георгию войско под командованием манихея Севастиана жестоко преследовало сторонников Афанасия. Из девяноста египетских епископов шестнадцать были изгнаны, тридцать бежали. Сторонников Афанасия из александрийского духовенства ссылали на каторгу, в рудник в Фэно, как это делали с христианами во время гонения Максимина. В городе были запрещены любые собрания, а также собрания христиан на кладбищах за городом. Участников этих собраний, мужчин и женщин, избивали, пытали огнем, заставляя возглашать хвалу Арию и Георгию, многих убивали, ссылали. Георгий, бывший конокрад, пустился в спекуляции, присваивал себе соляные копи, солеварни, взял на себя распоряжение добычей папируса. В 358 г. александрийцы восстали против него, и он бежал. Но оставался Севастиан, и когда сторонники Афанасия пытались вернуть себе церкви, он снова их отбирал.
Между тем, Афанасий продолжал скрываться у монахов в пустыне. Шесть лет полиция безуспешно его разыскивала. Народ был на его стороне. Находясь в изгнании, Афанасий написал ряд трактатов против ариан, Апологию, которую послал Констанцию, и составил жизнеописание своего друга, св. Антония, который в то время скончался.
В 361 г. императорское войско в Галлии, во главе которого стоял двоюродный брат Констанция Юлиан, провозгласило его августом, и он отправился походом на восток. Констанций двинулся ему навстречу, но тяжело заболел и умер. Юлиан стал правителем и восточной части империи. Он объявил себя защитником язычества, велел открыть языческие храмы и совершать жертвоприношения. В историю он вошел как Юлиан Отступник.
Когда Констанций пошел навстречу Юлиану, Георгий вернулся в Александрию. Но как только префект объявил александрийцам о кончине Констанция, народ поднялся против Георгия. Он был заключен в темницу и через месяц, во время нового восстания, убит.
Во дворец императора в Константинополе были призваны представители всех христианских толков, и им было объявлено, что христианство как официальная религия отменяется, но что государство не запрещает никакой толк. Римский историк Аммиан Марцеллин (ок. 330—400), язычник, сторонник политики Юлиана, объяснял эту тактику императора тем, что тот считал, что «не было зверей более страшных, чем христиане по отношению друг к другу». Ту же цель преследовала отмена всех ссылок, к которым приговаривали церковные соборы. Возвращение опальных епископов должно было привести к смутам, поскольку их кафедры были заняты. По распоряжению Юлиана епископы, возвратившиеся из изгнания, занять прежнюю должность не могли. Но в Александрии ко времени прибытия туда Афанасия кафедра оказалась свободной, и он стал исполнять свои обязанности. Разгневанный этим Юлиан велел изгнать его из Александрии, а вскоре —и из Египта. Афанасий скрылся в пустыне. Юлиан запретил христианам преподавательскую деятельность, по отношению к ним чинились беззакония, у них отбиралось имущество. Когда они жаловались, Юлиан издевательски отвечал: «В вашем законе говорится: Кто захочет взять у тебя рубашку, отдай ему и верхнюю одежду. Без имущества вам легче войти в царство небесное». В августе 363 г. Юлиан был убит в сражении.
Преемник Юлиана, Флавий Иовиан, был христианином. Он вызвал Афанасия к себе в Антиохию и встретил его с большим почетом. Затем Афанасий вернулся в Александрию, а Флавий в феврале 364 г. умер по пути в Константинополь, и императором стал офицер его охраны Валентиниан. Он сделал соправителем своего брата Валента, поручив ему управление Востоком. Подобно Константу и Констанцию, Валентиниан стал на сторону никейцев, а Валент — на сторону ариан. Валент издал эдикт, направленный против епископов, изгнанных при Констанции и занявших теперь свои кафедры. Афанасию вновь пришлось покинуть Александрию. В течение четырех месяцев он скрывался в гробнице своего отца. Но популярность его в народе настолько возросла, что император был вынужден уступить настойчивому требованию населения Александрии и восстановить Афанасия в должности. Закончилось его последнее изгнание, и до самой смерти 2 мая 373 г. он оставался на своем престоле.
После смерти Афанасия клир избрал архиепископом его брата Петра. Василий Великий (329—378), архиепископ Кесарии Каппадокийской, один из крупнейший деятелей восточной церкви, и римский папа Дамас тотчас признали Петра. Однако Валент желал, чтобы кафедру занял глава александрийских ариан Лукий. По приказу последнего полиция во главе с префектом в сопровождении толпы ариан ворвалась в церковь Феоны, и вновь в ней, как и 17 лет назад, разыгрались сцены насилия и убийства. Девственниц насиловали, влачили обнаженными по улицам города, убивали. Лукий занял кафедру. Начались преследования недовольных среди священнослужителей и мирян. Их арестовывали, ссылали в рудники. В рудник в Фэно был сосла ндаже посланник папы, прибывший в Александрию, чтобы поздравить Петра по случаю избрания. Все восточные кафедры при Валенте были отданы арианам. Его эмиссар в Египте Магн низложил одиннадцать епископов и выслал их в Палестину. Некоторые из них отправились в Антиохию к императору с жалобой, но тот велел сослать их в Неокесарию — область на севере Малой Азии. Петр бежал в Рим к папе Дамасу.
По декрету Валента монахи были признаны военнообязанными. В монастыри Нитрийской пустыни была послана военная экспедиция с целью захвата монахов. Проводниками солдат стали арианские священники. В результате было схвачено пять тысяч монахов.
Между тем, во Фракии вспыхнуло восстание вестготов, которые поселились там около 376 г., оттесненные гуннами. Предоставив вестготам убежище во Фракии, Валент обещал снабжать их пропитанием, но римская администрация не заботилась об этом, и терзаемые голодом поселенцы восстали. Военные действия приняли настолько серьезный оборот, что Валенту самому пришлось отправиться на войну. То ли предчувствуя опасность, то ли из суеверия он отдал приказ о возвращении из ссылки всех священнослужителей. 9 августа 378 г. в битве с готами римская армия потерпела жестокое поражение, а Валент таинственным образом исчез. Ходили слухи, что его перенесли в хижину, чтобы перевязать раны, а хижина сгорела. Во всяком случае, тело его найдено не было. Император Западной империи Грациан, горячий сторонник православия, подтвердил указ Валента о возвращении священников. Петр поспешил вернуться в Александрию. Едва он там появился, как вспыхнуло народное восстание против ариан, и Лукий был изгнан.
Грациан провозгласил одного из своих военачальников, Феодосия, августом и поручил ему управление Восточной империей; это был будущий Феодосий Великий (379—395). В начале 380 г. он принял крещение от епископа Ахолия, приверженца никейского Символа веры. 27 февраля Феодосий издал эдикт, который предписывал всем исповедовать религию, «которую апостол Петр некогда преподал римлянам, и которой в настоящее время держатся папа Дамас и Петр, епископ александрийский, муж апостольской святости». Все прочие объявлялись еретиками.
После кончины Петра в 380 г. александрийским патриархом был избран Тимофей. В том же году на соборе в Константинополе было осуждено учение константинопольского патриарха Македония, полуарианина, отрицавшего божественность Святого Духа. Тимофей, по отзыву Созомена, был душой этого собора. Преемником Тимофея в 385 г. стал Феофил. При нем произошла знаменитая осада Серапеума, которую, в частности, описал Георг Эберс в своем романе «Сестры».
В Александрии стоял бывший языческий храм, при императоре Констанции перестроенный для арианского богослужения. Феофил занялся переделкой его в православный храм. При этом были обнаружены предметы языческого культа, в том числе дарственные приношения за исцеление в виде
