Фильм вызвал огромный интерес и ожесточенные споры: одни утверждали что это подделка, другие же не сомневались в его подлинности, а экспертиза пленки не помогла прояснить ситуацию. В 1996 году, в интервью, данном американскому уфологу Теду Ломану, отставной сержант армии США Клиффорд Стоун сообщил, что в 1969 году в Форт— Бельвуар (штат Виргиния) ему довелось увидеть небольшой фрагмент некоего фильма, в частности кадры, где были запечатлены тела человекоподобных существ явно неземного происхождения. И только увидев фильм «Вскрытие инопланетянина» в 1995 году, Стоун понял, что нечто подобное он видел в далеком 1969 году и убежден, что тот фильм и фильм Сантилли — одно и то же. Существует множество теорий и аргументов, как подтверждающих, так и опровергающих подлинность фильма.
