Геннадия на соборе 1490 г. встал в ясной форме пререкаемый вопрос о казни еретиков. Этому, чуждому духу Востока, идеалу костров инквизиции противостояли на соборе не только интриги двора и друзей ереси, но и безупречные идеалистические фигуры вождей заволжских старцев, присутствовавших лично на соборе, преп. Нила Сорского и игумена Паисия Ярославова. Протокол собора попутно дает знать нам, что состав его был, по древне-русскому обыкновению, не узко епископский. Тут присутствовали: «протопопы, священники, диаконы и весь священнический собор русской митрополии». Что собор в наказаниях еретиков не пошел по стопам Геннадия, это не вызывает недоумения. Не в духе и не в характере русской религиозности физические казни за веру. Недоумение вызывает другая сторона дела. После столь великого шума, поднятого около дела открытия ереси, судебно-следственная сеть во всем Новгороде и Москве могла выловить всего-навсего только девять человек, и то почти исключительно духовных лиц, и при том связанных между собой семейным родством. Преп. Иосиф, со включением инока Захара-стригольника, перечисляет поименно всего только девять лиц: протопопа Гавриила, попа Дениса, Максима попа Ивановского, Василия попа Покровского, Макария диакона Никольского, Гридьку диака Борисо-Глебского, Васюка, зятя Денисова, Самуху диакона Никольского. Характерно, что вся эта группа, кроме своей профессиональной связанности, проявила на соборе еще и удивительную силу упорств и невыдачи друг друга, т. е. как-будто были они связаны клятвой конспирации и даже, по-видимому, симулировали коллективное умопомешательство. Протокол говорит: «И быша яко во иступлении ума». Собор, согласно с волей великого князя, и этих немногих виновных присудил только к заточению и к покаянию. Но, желая дать некоторое удовлетворение и ревнующему Геннадию, осужденных лиц для окончательного наказания по усмотрению последнего отправили обратно в Новгород. Геннадий действительно устроил им некоторое особое истязание в стиле подражания западной инквизиции. За сорок верст до Новгорода люди Геннадия встретили арестантов, посадили их на коней лицом к хвосту лошадей, за который всадники должны были держаться. На головы надели берестяные колпаки с мочальными кистями и с надписью «се есть сатанино воинство». Когда кавалькада прибыла на городскую площадь, то шлемы были зажжены на головах еретиков, и сверх того некоторые из осужденных были еще биты публично, затем заключены в заточение. Очевидно, не строгое, если вскоре все разбежались. Новгородская летопись выражается так: «Геннадий владыка одних еретиков велел жечи на Духовском поле, иных торговой казни преда, а иных в заточение посла, а иные в Литву сбежали, а иные в немцы». Преп. Иосиф поясняет эту возможность убега опять обманом властей и притворством. Еретики цинично практиковали методы секретных обществ. Обманули они этим Геннадия. Препод. Иосиф выражается так: «они же убояшася казни и начаша каятися вси, архиеп. же Геннадий ят веру покаянию их, даст им ослабу и, яко прияша ослабу, и абие всина бегство устремишася, инии в Литву, и инии в немцы и во иные грады». Опять дружный сговор, сознательный метод обмана властей. Не похоже на обычную русскую анархичность.
Неискренняя линия самой власти свела почти на нет всю инквизиторскую ревность архиеп. Геннадия. При дворе царил Федор Курицын. Церковь возглавлял Зосима. Ересь не только не замирала, но, можно сказать, пышно цвела и распространялась. Препод. Иосиф, сообщая об особой близости Курицына и протопопа Алексея к великому князю, поясняет: «звездо-законию бо прилежаху и многим баснотворениям и астрологы и чародейству и чернокнижию». Приведенные слова указывают и на эволюцию ереси и на ее широкий круг идей, далеко уходящий от первоначального вопроса о конфликте между Новым и Ветхим Заветом. При московском дворе, как и подобало тогдашним интеллигентам высшей марки, в моде были астрология и магия, вместе с соблазнами псевдонаучной ревизии всего старого, средневекового мировоззрения. Ни о каком обрезании и речи не могло быть. Это просто широкое интеллигентское вольнодумство, соблазны просветительства и власть моды. Позднее, в XVI в. Зиновий инок Отенский говорит: «мнози от вельмож и от чиновных великого князя в ересь поползошася». При таких туманных очертаниях доктринального содержания ереси, она переходила уже незаметно из замкнутых салонов избранных и в сравнительно широкие круги, близкие к ним.
Преемником отошедшего в сторону и вскоре скончавшегося архиеп. Геннадия по расследованию еретической отравы явился в эту пору еще более пламенный ревнитель и интеллектуально более подготовленный, чем Геннадий, к идейному разгрому ереси. Это был близкий ко Двору по своему положению, знаменитый игумен почти подмосковного Волоколамкого монастыря, Иосиф Санин. Он был достаточно осторожен в своей тактике подавления ереси. Он заботливо собрал большой полемический материал против всех сторон нового лжеучения, что и составило содержание его объемистой книги «Просветитель». Не без зоркого цензорского глаза Иосифа собирался обвинительный материал у сочувствующих игумену иерархов против еретичествующего митрополита и против временщика Курицына. Хотя от митр. Зосимы и сохранилось краткое поучение против ереси жидовствующих, что он обязан был сделать в связи с проведенным им собором в 1490 г., но все-таки сознательных ревнителей православия этим нельзя было обмануть. Слабовольный, нетрезвый и распущенный митр. Зосима вызывал неудержимую критику своей недостойной персоной. Он свирепствовал в своих карах: отлучал от причастия своих обвинителей, на священников налагал запрещения, на светских людей жаловался князю, и тот заключал виновных в тюрьму за клеветы на высокую особу митрополита. Скандал был для ревнителей православия по существу грандиозный. Только что утвердились в мысли, что Москва единственный оплот православия во всем мире, III Рим, и вдруг во главе ее — еретик. Зосима продержался на митрополии более 3-х с половиной лет. Наконец, моральная цензура ревнителей вынудила Зосиму покинуть свой высокий пост. Официальная «Степенная Книга» выражается глухо: — «за некое преткновение». Никоновская Летопись под 1494 г. пишет: «тояж весны, мая 17, митр. Зосима оставил митрополию не своею волею, но непомернаго пития держашесь и тако сниде в келлию на Симонов, а оттоле к Троице в Сергиев монастырь». Архиеп. Геннадий официально выражается так: «о. Зосима митрополит ради немощи оставил стол русския митрополии и, пришед в святую великую соборную церковь, пред всеми омофор свой на престоле положил и свидетеля на то Господа Бога нарицая, яко невозможно ему ктому святительская действовати, ни митрополитом нарицатися, и отойде в монастырь в смиренное иноческое жительство». Зосима рисуется вообще слабым, пьяным, безвольно опустившимся человеком, который за эту пассивность и податливость и был проведен на высокий пост, чтобы служить заслоном для ереси. Он, как пассивное зеркало, отражал в себе весь теоретический и моральный комплекс ереси. Ересь была астрологическим псевдо-гносисом, диалектически ведущим примитивных древнерусских начетчиков к отрицанию православных догматов и срыву в нравственный либертинизм. Преп. Иосиф свидетельствует, что подпивший Зосима кощунственно болтал: «а что то царство небесное, а что то второе пришествие, а что то воскресение мертвых? А ничего того несть — умер кто, то и умер, по та места и был!» Прибавляя к этому еще содомский грех, не случайно модный в вольнодумную эпоху ренессанса, с запозданием докатившегося до Москвы, уже зараженной извращением и от Востока во времена татарщины, получаем в лице Зосимы законченный тип опустившегося московского «интеллигента» — вольнодумца.
Опять не случайно, между удалением Зосимы в мае 1494 г. и возведением в митрополиты игумена Троицкого монастыря Симона в сентябре 1495 года, протекло новых полтора года. Очевидно, придворная интрига жидовствуюших высматривала для себя нового безопасного кандидата. Но в данном случае еретики успеха не имели. Симон оказался православным, но отрицательно он был приемлем тем, что не начал своей деятельности с истребления ереси. Федор Курицын по-прежнему проводил на церковные места своих людей. Игуменом в Новгородский Юрьев монастырь поставлен был Кассиан, изобличенный в ереси и казненный через десять лет позднее. Он был родным братом Ивана (Ивашки) Черного. Последний был настолько ревностным жидовствующим, что даже принял обрезание и специально ездил в Литву для каких-то связей и инструкций у живших там свободомыслящих евреев и беглецов из Новгородской и Московской Руси. Но Курицын умер вскоре после 1497 г., и поджидавший возможности приближения к великому князю преп. Иосиф Волоколамский, наконец, вместе с митр. Симоном дождались перелома в настроениях великого князя и придворных сфер. И вот преп. Иосиф свидетельствует, что великий князь с 1503 г. начинает доверительно и покаянно исповедываться ему в своем ошибочном попустительстве еретикам. В письме к одному архимандриту Иосиф сообщает: «Коли, господине, был есми на Москве, ино господине, государь, наш князь великий Иван Васильевич всея Руси говорил со мною наедине о церковных делах, да после того почал говорити о новгородских еретиках, да молвил так: «и яз деи — ведал новгородских еретиков и ты меня прости в том». В другой связи, в разговоре с Иосифом великий князь несколько уточнял свои признания: «и яз деи ведал их, ересь их, да и сказал ему, которую держал Алексей протопоп ересь и котору держал Федор Курицын». Даже великому князю, как пассивному только слушателю
