Когда в ноябре Колчак приплыл в Японию, до него дошли известия о намерении Советского правительства заключить сепаратный мир с Германией. Эта новость его потрясла, и он решил не возвращаться пока в охваченную революцией Россию. В автобиографии он позже писал: «Ни большевистского правительства, ни Брестского мира я признать не мог». Колчак обратился к английскому послу с просьбой принять его на английскую службу. В конце декабря из Лондона пришло согласие и приказ о назначении Колчака командующим на Месопотамский фронт. Однако он успел доехать только до Сингапура. Здесь ему вручили новое назначение английского правительства, которое хотело использовать Колчака для работы в Маньчжурии и Сибири. Колчак приехал в Пекин и здесь был избран членом нового правления КВЖД. Но эта работа его не удовлетворяла. Летом он решил ехать во Владивосток, а затем через Сибирь пробираться на юг России, чтобы примкнуть там к разгоравшемуся белому движению.
Еще в мае 1918 г. вспыхнул чехословацкий мятеж, в результате которого советская власть была свергнута на всем протяжении Сибирской магистрали — от Владивостока до Поволжья. Здесь образовалось несколько местных правительств самого разного толка. В Самаре действовал Комитет членов Учредительного собрания (Комуч). В Екатеринбурге возникло Уральское правительство. Однако наиболее влиятельным органом стало правительство в Омске, во главе которого стоял известный сибирский адвокат Петр Вологодский.
Именно оно претендовало на то, чтобы стать руководящим органом в масштабах всей Сибири, Дальнего Востока, Урала и Поволжья. 23 сентября при активном участии омских политиков в Уфе было провозглашено Временное Всероссийское правительство — Уфимская директория (вскоре переехавшая в Омск). Во главе нее, кроме Вологодского, встали правый эсер Авксентьев, кадет Астров и генерал Болдырев. При этом Омское правительство было реорганизовано в Совет министров.
С созданием Директории белое движение на востоке России все еще оставалось разрозненным. Демократическая по форме Директория не имела опоры в армии. Среди офицеров и генералов было распространено убеждение, что только «твердая», единоличная власть может спасти Россию. Однако подходящей кандидатуры на роль диктатора долго не находилось. Когда в октябре в Омске по дороге на юг остановился Колчак, все взоры сразу обратились на него. Он был крупной личностью общероссийского масштаба, и участие его в правительстве должно было сразу поднять престиж последнего. Генерал Болдырев предложил Колчаку занять пост военного и морского министра После некоторого колебания тот согласился.
Омские директора надеялись обрести в лице Колчака надежного генерала, который укрепил бы в войсках престиж гражданской власти. Однако, как и их парижские собратья за сто лет до этого, рассчитывавшие найти опору в генерале Бонапарте, они сильно просчитались. Фактически сразу после появления Колчака в Омске началась подготовка военного переворота в его пользу.
Колчак официально в нем не участвовал, хотя знал о заговоре. «Об этом перевороте, — говорил он позже, — слухи носились; частным образом мне морские офицеры говорили, но день и время никто фиксировать не мог». В ночь на 18 ноября заговорщики (в их число входил чуть ли не весь состав Ставки и штаб) при поддержке верных казачьих частей арестовали членов Директории и нескольких министров (большая часть министров также состояла в заговоре), а затем провозгласили вице-адмирала Колчака полным адмиралом и Верховным правителем с передачей ему всей полноты власти Колчак принял диктаторские полномочия спокойно, сознавая огромный груз сопряженной с ними ответственности. О своей политической программе он заявил следующее: «Я не пойду ни по пути реакции, ни по гибельному пути партийности. Главной своей целью ставлю создание боеспособной армии, победу над большевизмом и установление законности и правопорядка, дабы народ мог беспрепятственно избрать себе образ правления, который он пожелает, и осуществить великие идеи свободы, ныне провозглашенные по всему миру». Генералитет, армия и уральское казачество сразу признали власть нового Верховного правителя. Напротив, правительства в Екатеринбурге и Уфе протестовали против факта переворота и потому были разогнаны. Атаман Забайкальского казачьего войска Семенов и атаман Уссурийского казачества Калмыков также долго отказывались признавать власть Колчака и подчинились ему лишь номинально. Их крупные воинские формирования так и не появились в Поволжье и на Урале.
История предоставила Колчаку редкую возможность повлиять на ход исторических событий в огромной стране. На короткий срок под его властью объединилась большая часть бывшей Российской империи. Вследствие этого, кроме военных, ему приходилось решать немало сложных политических и экономических вопросов. Однако рассматривая с этой стороны деятельность Верховного правителя, нужно помнить, что она протекала в условиях ожесточенной Гражданской войны, которая не оставляла места для социальных маневров. Все обещанные демократические преобразования были оставлены «до победы». «Только уничтожение большевизма может создать условия спокойной жизни, о чем так исстрадалась русская земля, — писал Колчак, — только после выполнения этой тяжелой задачи мы все сможем снова подумать о правильном устройстве всей нашей державной государственности». С первых дней своей власти и до самого конца Колчак правил как жесткий диктатор.
Командующим военными округами было предоставлено право объявлять местности на осадном положении, закрывать оппозиционные газеты и выносить смертные приговоры. Национализированные при советской власти фабрики и заводы возвращались прежним владельцам. Точно так же подлежали возвращению земли, незаконно отобранные у хуторян и отрубников. Не вернулись обратно прежним хозяевам только помещичьи имения (таковых в Сибири было сравнительно немного). Они переходили в распоряжение государства и в дальнейшем подлежали продаже через земельный банк.
В распоряжении Колчака оказался и вывезенный во время войны на восток золотой запас России — более 65 миллионов золотых рублей. Примерно треть этой суммы ему пришлось потратить на вооружение и снаряжение своей армии. К лету 1919 г. он получил от западных союзников около 600 тысяч винтовок и миллионы патронов к ним, сотни орудий, тысячи пулеметов, большое количество боеприпасов, снаряжения и обмундирования. За все это пришлось уплатить золотом. Помощь Англии, Франции и США Колчаку была далеко не безвозмездной. Но и обойтись без нее было невозможно. К началу 1919 г. численность подчиненных Колчаку войск доходила до 400 тысяч человек. Они были реорганизованы в четыре армии: Сибирскую генерала Гайды, Западную генерала Ханжина, Оренбургскую атамана Дутова и Уральскую генерала Толстова. Общая протяженность колчаковского фронта составляла 1400 км.
Военные действия против советской власти Колчак начал сразу после переворота. Зимой его войска перешли в наступление на Пермь, Вятку и Вологду, имея своей целью установить связь с северным белогвардейским фронтом Миллера. В декабре под контроль колчаковцев перешла Пермь. Но успех на правом фланге не был подкреплен на других участках фронта. В январе 1919 г красные перехватили инициативу, взяли Уфу, Уральск и Оренбург. После этого положение на фронте стабилизировалось.
В марте началось новое наступление На этот раз Колчак нанес главный удар на центральном направлении под Уфой — навстречу Деникину, который теснил красных с запада. Правый фланг колчаковской армии наступал на Котлас, а центр двигался к Волге, на соединение под Саратовом с правым крылом войск Деникина. В конце марта Колчак вернул себе Уфу. 6 апреля колчаковцы взяли Белебей, 15 апреля — Бугуруслан, а в мае подошли к Самаре и Казани. Победы Верховного правителя казались настолько ощутимыми, что в мае его главенство признали остальные белогвардейские генералы: Деникин, Юденич и Миллер.
Но успех колчаковцев оказался очень непродолжительным. 1 мая под влиянием большевиков только что прибывший Украинский полк поднял восстание южнее станции Сарай-Гир К нему немедленно присоединились солдаты еще четырех полков и егерского батальона Несколько тысяч солдат с оружием, артиллерией и обозами перешли на сторону красных и усилили их ударную группировку. Этот неожиданный мятеж деморализовал солдат соседних дивизий. Когда красные перешли в наступление, две дивизии Колчака, бросив позиции, стали беспорядочно отступать. В боевом порядке белых возникла огромная брешь, в которую ринулась красная конница, а за ней и пехота. У Колчака, не ожидавшего такого поворота событий, не оказалось под рукой достаточно крупных резервов. Закрыть брешь не удалось. Пришлось срочно прекратить наступление и отводить всю Западную армию с тем, чтобы закрепиться на новом рубеже. Сибирская армия Гайды тоже вынуждена была начать отступление, чтобы не оказаться в изоляции от Западной. В начале июня белые оставили Уфу.
Таким образом, в мае-июне две самые сильные армии Колчака — Западная и Сибирская — были разбиты и отброшены от Камы на 300–400 км.
