Его верность государю была полной и беспредельной. Выискивая даже мелочные упущения по службе, Аракчеев немедленно докладывал о них императору. Это вызывало к нему стойкую ненависть со стороны подчиненных.
Однако в стремлении Аракчеева к порядку была и положительная сторона.
Под властью нового коменданта столица приняла опрятный вид. Солдаты были обеспечены хорошим питанием и обмундированием, казармы ремонтировались и содержались в надлежащей чистоте. К офицерам, допускавшим воровство и беспорядок в своих частях, Аракчеев был неумолимо строг. Но при всем старании он и сам не смог избежать гнева Павла. В начале 1798 г. у Аракчеева произошел конфликт с подполковником Леном. Оскорбленный Аракчеевым, Лен пытался вызвать его на дуэль, но не застал дома. Вернувшись к себе, он застрелился, оставив письмо с объяснением причин самоубийства. Дело это вызвало большой шум. Павел, расследовав его, нашел Аракчеева виноватым и уволил его в чистую отставку с производством в генераллейтенанты.
Эта первая опала продолжалась недолго. Людей подобных Аракчееву было мало, и император вскоре почувствовал, как сильно ему не хватает преданного слуги. Уже в мае он возвратил Аракчеева на службу, восстановил в должности генерал-квартирмейстера, поручив также исполнять обязанности инспектора всей артиллерии. Вскоре Аракчеев был пожалован в графы и получил разрешение включить в свой герб девиз: «Без лести предан». В октябре 1799 г. его постигла вторая опала, на этот раз из-за пустяка. В артиллерийском складе кто-то украл позумент со старинной гвардейской колесницы. По уставу Аракчеев должен был немедленно сообщить о пропаже императору, но караул во время кражи нес батальон его брата Андрея Аракчеева. Стараясь выручить его, Алексей Андреевич солгал императору, что охрана была якобы от полка генерал-лейтенанта Вильде, который и был немедленно отстранен от должности.
Однако обман открылся, и оба брата «за ложное донесение» были отправлены в отставку, причем старшему Аракчееву было запрещено приезжать в столицу.
Четыре года Аракчеев почти безвыездно провел в своем грузинском имении. Только в мае 1803 г. сменивший Павла Александр I вызвал его в столицу, восстановил на службе и вновь назначил инспектором всей артиллерии. Кампанию 1805 г. Аракчеев провел в его свите. В битве при Аустерлице Александр предложил ему командовать одной из колонн, но Аракчеев отказался, сославшись на расстроенные нервы. Это создало ему в среде действующих военных славу патологического труса, но нисколько не уронило в глазах императора. В 1807 г. Александр присвоил Аракчееву чин генерала от артиллерии с назначением состоять при императоре «по артиллерийской части». В январе 1808 г. он стал военным министром и генерал-инспектором всей пехоты и артиллерии.
Находясь на этих постах, Аракчеев сумел провести целый ряд существенных» преобразований. Было значительно улучшено обучение рекрутов, введена дивизионная организация, военная коллегия получила право самостоятельно решать многие вопросы. Особенно много было сделано в артиллерии. Артиллерийские подразделения выделились в отдельный, самостоятельный от армейских полков, род войск и были сведены в роты и бригады. Почти наполовину уменьшились калибры орудий, что привело к уменьшению их веса и увеличению маневренности. Значительные перемены произошли на заводах, выпускавших оружие и боеприпасы. Аракчеев очень интересовался техническими новинками и был всегда в курсе дела по этой части. Он написал несколько статей по вопросам технологии изготовления пороха, селитры и выполнения боевых стрельб. Все это заметно увеличило боеспособность артиллерии.
Как и прежде, Аракчеев был неумолим к казнокрадам и всяким нарушителям дисциплины. «Приказать и взыскать», — таков был его метод управления военными делами империи. При этом он не принимал никаких возражений — в неумении, незнании или в невозможности выполнить приказание. Среди солдат дисциплина укреплялась с помощью розог, палок, шпицрутенов. Доставалось и проштрафившимся офицерам: аресты, разжалования, увольнения со службы широко практиковались во время министерства Аракчеева. Александр очень ценил его требовательность, но не всегда считал нужным безоговорочно поддерживать своего любимца. В годы, когда император проводил либеральные реформы, Аракчееву приходилось делить свое влияние с другим видным выдвиженцем Александра — Сперанским и даже иногда отступать перед ним. Так, после одного столкновения со Сперанским Аракчеев в 1810 г. уехал в Грузино и послал императору просьбу об отставке. Александр не принял ее, но Аракчеев все равно ушел с поста военного министра. Император поручил ему возглавить департамент военных дел в только что образованном Государственном совете. В мае 1812 г. Аракчеев сопровождал Александра в поездке в Вильно, а после начала Отечественной войны — в укрепленный лагерь при Дриссе. Позже он посетил вместе с ним Москву и вернулся в Петербург. Все это время он находился несколько в тени.
Но начиная с 1814 г. влияние Аракчеева стало неуклонно возрастать. На передний план во внутренней политике выдвинулись тогда охранительные задачи, и Александр искал человека, который мог бы железной рукой подавить освободительный порыв, охвативший русское общество после победы над Наполеоном. В августе 1818 г. Аракчеев был назначен руководителем канцелярии Комитета министров и сделался фактическим руководителем Государственного совета, Комитета министров и императорской канцелярии С каждым годом Александр все более охладевал к верховной власти и отдалялся отдел. Благодаря этому все более безграничным делалось могущество Аракчеева. К 1820 г. в его руках сосредоточились все нити управления страной, так что он стал вторым после императора лицом в государстве. С 1822 г. он был единственным докладчиком по большинству министерств и ведомств, даже по делам Святейшего Синода. Любой министр, генерал или губернатор, добиваясь аудиенции у государя, должен был прежде являться со своей просьбой к Аракчееву, а уже тот докладывал ее Александру. Ни одно существенное дело нельзя было решить без предварительного рассмотрения и одобрения его Аракчеевым. Приемная графа значила тогда больше, чем Сенат, Государственный совет и Комитет министров. Все назначения на высшие военные и государственные посты также проходили только через него.
В памяти потомства Аракчеев остался прежде всего как организатор и руководитель военных поселений. Именно здесь его таланты и пороки проявились наиболее ярко. Создание военных поселений было вызвано суровой необходимостью: после войны экономика разоренной страны оказалась в очень тяжелом положении. Бюджет верстался с большим дефицитом. Между тем военные расходы съедали почти половину всех бюджетных поступлений. Тогда у Александра родилась идея поселить часть войск по примеру казачьих полков вдоль западной границы и возложить на них помимо службы земледельческие работы. Такая система должна была значительно сократить государственные расходы на содержание армии. Разработка этого сложного вопроса была поручена Аракчееву. Уже в 1816 г. в Новгородской губернии в военное поселение была обращена целая волость. Тут же были расквартированы батальоны регулярного войска. Солдатам поручили заниматься землепашеством, а мужиков обрили, надели на них мундиры и заставили учиться строевой службе. В последующие годы сеть поселений расширялась. На Украине в поселяне были зачислены 36 батальонов пехоты и 249 эскадронов кавалерии.
На севере числилось 90 батальонов пехоты. Переход к новой организации проходил не без труда. В 1819 г. в Чугуєве среди военных поселенцев вспыхнул бунт, который Аракчееву пришлось усмирять с помощью жестокой порки.
В 1821 г. все военные поселяне были сведены в отдельный подчиненный Аракчееву корпус.
Благодаря энергии и практической хватке Аракчеева фантастический проект Александра был воплощен в жизнь. За десять лет в лесистой и болотистой Новгородской губернии появились ухоженные пахотные поля, пересекаемые ровными шоссе и обсаженные по сторонам подстриженными деревьями. Были воздвигнуты вытянутые в прямую линию длиной от двух до трех верст домасвязи для поселян, здания для штабов, школ, гаупвахт, дома для офицеров, новые церкви и плацы. Аракчеев лично следил за ходом строительства, вникал в каждую мелочь. Все постройки были выполнены основательно и даже с большим художественным вкусом. Однако все это достигалось ценой тяжкого изнурительного труда солдат военно- рабочих батальонов и самих военных поселян, которые с весны до поздней осени корчевали леса, рыли канавы в непроходимых новгородских болотах, проводили дороги, копали ямы, валили лес, подвозили строительные материалы и строили здания. Несмотря на хорошую и сытную пищу (Аракчеев тщательно следил за этим) многие не выдерживали суровой жизни. Смертность в одну десятую между работающими батальонами не считалась большой. Огромное внимание уделил Аракчеев органи зации жизни военных поселенцев. Их служба, быт и хозяйственная деятель ность были детальнейшим образом регламентированы' в определенное время хозяйка дома должна была вставать, топить печь, готовить пищу, выгонять скотину на пастбище, а мужчины — идти в поле, на строительные работы, на военные учения. Было подробно