Вернадский стоял у колыбели партии, учредительный съезд которой состоялся в Москве 12-18 октября, то есть в дни Всероссийской стачки и царского манифеста 17 октября.
В Центральный и Московский комитеты партии конституционных демократов (кадетов) был избран Вернадский, председателем партии избран Петрункевич, заместителем - Милюков, секретарём - Корнилов.
В доме Вернадского действовал секретариат кадетской партии как московского отделения, так и центрального комитета, решались
и университетские дела, так как Вернадский в это время становится помощником ректора университета. В этом качестве он пребывал полгода.
«События сделали друзей знаменитыми. В дополнение к книжке о 2-м земском съезде с их портретами выходит книга «Деятели освобождения», где Вернадскому посвящена, пожалуй, самая крупная статья среди других. Вероятно, не только из-за политического веса, а из-за богатства его жизни. Не посвятив себя целиком политике и не занимая в партии самых первых рядов, он становится ещё известен и как учёный, деятель просвещения, как один из «виновников» автономии университетов» (Г.Аксёнов).
В начале 1906 года в стране проходили выборы в Государственную Думу, все лидеры партии конституционных демократов были выдвинуты кандидатами в депутаты, и распределение депутатских мандатов между политическими партиями в Думе оказалось следующим:
Следует отметить, что большевики бойкотировали выборы в Думу первого состава, что позже было признано ошибкой, так как членство в Думе позволяло использовать её как «своего рода политический рупор» (по выражению Г.В.Вернадского - сына Владимира Ивановича).
Власть сделала несколько попыток сближения с кадетами, предложив им сформировать коалиционный кабинет с участием других либеральных групп, но руководство партии кадетов на это не пошло в ожидании полного политического краха действующего правительства.
В.И.Вернадский в выборах в Думу не участвовал, так как должен был от имени партии и университета войти в Государственный Совет, который должен был утверждать законопроекты, принятые Государственной Думой. Государственный Совет должен был на две трети назначаться из высших сановников, а на одну треть — выбираться из представителей общественных слоев и профессий. О составе Совета Вернадский позднее писал, что «были люди с именами и большим внутренним содержанием... Но не они задавали тон».
Вернадский недолго проработал в составе Государственного Совета (с апреля по июль 1906 года). В июне была распущена Дума, часть депутатов подписала воззвание с протестом, а Вернадский подал прошение о выходе из состава Государственного Совета.
В начале 1907 года Вернадский входит в редакцию московской кадетской газеты «Новь», где публикует, в частности, такие статьи, как «Академия Наук в 1906 году», «Смертная казнь», противником которой он неизменно выступал, «О новых выборах в Думу», «Наука и проект университетского устава А.Н.Шварца». Последняя была вызвана тем, что этот проект устава предусматривал прекращение научных исследований в университетах.
При подготовке к новым выборам Ленин «задумал принять участие в выборах не для того, чтобы поддержать Думу, а для того, чтобы расколоть её изнутри. Речь шла не о борьбе единой Думы с кабинетом, а о борьбе внутри Думы против либеральных кадетов, что представлялось Ленину главной задачей момента» (Г.В.Вернадский «Ленин - красный диктатор», М., «Аграф», 2000).
«По своему строению II Государственная Дума отличалась от первой тем, что правые и левые силы в ней сильно выросли, в то время как центр сжался» (Г.В.Вернадский).
Вторая Дума просуществовала до 3(16) июня 1906 года, когда был опубликован новый избирательный закон, который перемещал политическое влияние в сторону зажиточных слоев населения. «Новый избирательный закон принёс сокрушительное поражение кадетам. Основную силу в новой Думе составили умеренные консерваторы - октябристы и националисты» (Г.В.Вернадский).
Хотя кадеты и прогрессисты получили 92 места, октябристы и националисты имели 226 депутатских мандатов. Оппозиционной партией в новом составе Думы теперь стали кадеты во главе с петербургским депутатом Милюковым.
Экономика России во время деятельности III и IV Дум быстро росла, «настроение русского народа становилось всё более миролюбивым» (Г.В.Вернадский), но с 1911 года началось новое пробуждение революционности народа под влиянием большевистской пропаганды.
Срок действия III Думы закончился в сентябре 1912 года, и после выборов в IV Думу соотношение сил в ней примерно сохранилось (кадеты и прогрессисты имели 107 мест), конфликт Думы с властью во время войны продолжался, и «раскол между императором и Думой был опасен для обеих сторон именно тем, что открывал дорогу третьей силе — революционному пролетариату, руководимому идеями Ленина» (Г.В.Вернадский).
В конце 1915 года Вернадский по настоянию и представлению своей партии конституционных демократов снова избирается в Государственный Совет, где заседает вместе со своим другом Ольденбургом. В государственном Совете этого периода Вернадского поразило полное непонимание государственными сановниками происходящего. Через десять лет после этого Вернадский писал: «Было ясно, что вокруг царя пустое место... Но никто не ожидал произошедшего. Впрочем, помню свой разговор с А.И.Гучковым, вернувшимся из армии в 1915 году и нарисовавшим мне ужасающую картину катастрофы, близкой к свершившейся. Возможной в момент возвращения солдат домой...» (Г.Аксёнов).
Чем была в то время партия кадетов на местах видно из следующих воспоминаний В.А.Оболенского (см. А.И.Солженицын «Двести лет вместе») - члена ЦК партии, который описывает кадетский клуб времён I Государственной Думы: «Там всегда было людно, и публика, среди которой преобладали богатые петербургские евреи, была нарядная: дамы в шёлковых платьях, с бриллиантовыми брошками и кольцами,
