Оказавшись после этого в крайне беспомощном положении, разоренные иноки не знали, что им делать. Под властью Феофила им нельзя было оставаться больше, и потому они партией отправились сначала в Иерусалим, а затем добрались и до столицы, думая найти себе там защиту у великого, славившегося своим милосердием ко всем угнетенным и гонимым, архиепископа константинопольского, а через него и у самого царя. Св. Иоанн Златоуст действительно принял их со свойственною ему добротою и обещался походатайствовать за них пред Феофилом, но в то же время, соблюдая канонические правила, запрещавшие одному епископу вторгаться в область ведения другого, действовал осторожно, тем более что дело касалось обвинения в ереси Оригеновой. Прежде чем стать на сторону гонимых иноков, необходимо было выяснить эту сторону дела. Поэтому он написал к Феофилу братское письмо, в котором просил его как-нибудь уладить дело с огорченными иноками. Надменный Феофил даже это письмо счел для себя оскорблением и ответил на него «жестоко».
Между тем «долгие братья», видя нерешительность св. Иоанна, сами обратились с жалобой на александрийского патриарха к императору и в своей жалобе изложили целый ряд страшных обвинений против Феофила, как человека в высшей степени жестокого и преступного. Дело принимало весьма неприятный для него оборот. Ему угрожал суд, и если бы св. Иоанн согласился стать во главе этого суда, то Феофилу не избегнуть бы кары правосудия. Но он, опасаясь смут и раскола в церкви, уклонился от этого суда, хотя Феофилу уже послано было формальное требование явиться к ответу. Александрийский патриарх быстро понял положение дела и, раньше уже всей душой ненавидя св. Иоанна, теперь порешил излить на него свою злобу и низвергнуть его, чтобы, на место его поставив кого-нибудь из своих подручных ставленников, навсегда устранить самую возможность повторения столь оскорбительных для него требований к судебному ответу. И у него быстро составился план действия.
Если Иоанн принял под свою защиту «долгих братьев», этих проклятых еретиков, последователей осужденного церковью Оригена, значит, он и сам оригенист и как последователь еретика недостоин занимать престола столицы! И вот этот интриган, «умевший хитро составляти лжу», начал действовать в этом направлении с изумительной ловкостью. Посредством своих агентов усиливая ряды врагов Иоанна в столице, он сумел даже восстановить против него такого знаменитого и всеми уважаемого святителя, как св. Епифаний Кипрский.
Зная всю православную ревность этого святителя, который неутомимо боролся с заблуждениями Оригена, Феофил коварно внушил ему, что православию грозит страшная опасность, так как зловредная ересь Оригена проникла в самое сердце церкви и воссела на константинопольском престоле — в лице архиепископа Иоанна! Простосердечный старец-святитель пришел в ужас и, несмотря на свой глубоко преклонный возраст, счел своей обязанностью отправиться в Константинополь, чтобы искоренить ересь. К несчастью, он даже не счел нужным подвергнуть дело обстоятельному расследованию чрез братское собеседование с Иоанном, а прямо считав его зараженным ересью, хоть и не вступил в обычное с ним общение, отслужил литургию в одной из находящихся неподалеку от столицы церквей и даже совершил рукоположение в диакона, не испросив на то соизволения местного епископа, как это требовалось каноническими правилами. Принятый с необычайными почестями при дворе со стороны императрицы, Епифаний поселился в частном доме и, не сносясь с Иоанном, порешил сразу при торжественном богослужении в соборной церкви архиепископа совершить великое отлучение над всеми приверженцами Оригена, в том числе прикровенно и над самим Иоанном. Видя все это, св. Иоанн скорбел душой и старался всячески успокоить старца, разъясняя ему, как неблагоразумно совершать столь великое дело, как отлучение, не подвергнув тщательному соборному исследованию самой основательности обвинения. Епифаний действительно заколебался, тем более что от весьма многих он стал слышать совершенно иные отзывы об Иоанне, как человеке глубокой веры, великой добродетели и беспорочной жизни, и недоумевал, что же все это значит.
Тогда на сцену выступила сама императрица и вновь настроила Епифания против неприятного ей Иоанна. Еще раньше недовольная архиепископом за беспощадные обличения светской пустоты, порочности и алчности высших классов столицы, она как раз в это время была особенно раздражена против него по случаю неудавшийся попытки ограбить одну беззащитную вдову. Позавидовав ее винограднику, Евдоксия, подобно нечестивой Иезавели, порешила овладеть им и действительно уже наложила на него руку; но вдова со слезами обратилась к защите архиепископа, и он, подобно Илие, бесстрашно выступил против алчности царицы, лично явился во дворец с ходатайством за обиженную вдовицу, и, когда императрица, не вняв его ходатайству, даже велела грубо удалить его из палаты, святой Иоанн запретил ей доступ в церковь, а сам произнес беседу об Илие и Иезавели. Эта беседа произвела громадное впечатление на народ, который не преминул истолковать ее в том смысле, что под Иезавелъю разумеется не кто иная, как царица Евдоксия, и когда доносчики поспешили довести это до сведения императрицы, ярости ее не было пределов. Она порешила уничтожить ненавистного ей Иоанна. Призвав к себе Епифания, она стала и лестью и угрозами убеждать его, чтобы он принял какие-нибудь меры к осуждению Иоанна как еретика и потому недостойного занимать архиепископский престол. Когда Епифаний стал возражать ей, что не следует давать волю своему гневу и нужно предварительно исследовать дело, то Евдоксия, вне себя от ярости и раздражения, стала даже угрожать тем, что, если он воспрепятствует изгнанию Иоанна, то она сама отречется от христианства, отворит все языческие капища, совратит многих и причинит всевозможные бедствия церкви. Епифаний подивился такой злобе царицы и, опасаясь, как бы она действительно не наделала бед, счел за лучшее уклониться от этого дела и без дальнейшего расследования предмета отправился в свою епархию, на пути в которую и скончался.
За всеми этими событиями зорко следил Феофил александрийский, а его агенты подкупом и наговорами усиливали и раздували вражду против Иоанна. С особенным торжеством он видел, что во главе этой вражды стала сама императрица, которая для достижения своих целей не пренебрегала никакими средствами. Дворец ее сделался открытым для всех врагов и клеветников на святителя, и в ее палатах собирались все те великосветские Иезавели, которые считали себя оскорбленными Иоанном, так беспощадно изобличавшим их низкое лицемерие, наглую хищность, безумную роскошь и нравственную распущенность, и в их тайных совещаниях строились козни против святителя и сочинялись самая оскорбительная для него клевета и грязные наветы.
Обо всем этом знал и император Аркадий. Лично он уважал и любил великого святителя и в душе горевал о вздымавшейся против него злобе. Но он был слаб и нерешителен, и, зная злой, неукротимый нрав царицы, предпочитал молчать, как будто ничего не ведая. Все это было на руку Феофилу, и он, наконец убедившись в том, что почва подготовлена, порешил отправиться в Константинополь, но уже не как подсудимый, а как судия, порешивший так или иначе погубить ненавистного ему архиепископа.
В этом убеждении он окончательно утвердился, когда получил от самой Евдоксии письмо, в котором она просила его немедленно прибыть в Константинополь и ничего не бояться.
«Я, — писала она, — упрошу и царя о тебе, и всем твоим противникам загражду уста, только немедленно приходи, собери возможно больше епископов, чтобы изгнать врага моего Иоанна».
Теперь Феофил мог уже быть вполне спокоен за успех своего дела, и он отправился в столицу с целой флотилией, нагруженной разными драгоценностями: индийскими ароматами, великолепными плодами и овощами, дорогими египетскими материями — шелковыми и златотканными, — и все это для того, чтобы блеснуть своим богатством в столице и подарками подкупить в свою пользу возможно больше влиятельных лиц. Со своей флотилией Феофил прибыл в Константинополь в августе 403 года и на пристани был восторженно встречен большой сворой своих агентов и подкупленного ими разного уличного сброда. Император, узнав о его прибытии, не хотел принять его, смотря на него как на подсудимого; зато Евдоксия рассыпалась пред ним в знаках уважения и, принимая его тайно в своих палатах, торопила поскорее приступить к делу. По ее настоянию Феофил порешил созвать собор для суда над Иоанном, и так как в столице этот беззаконный суд чинить было неудобно и небезопасно, то местом его был избран Халкидон, находившийся по другую сторону пролива, на азиатском берегу, тем более что и епископом Халкидона был некий Кирин, египтянин, соумышленник и даже родственник Феофила. Так как у Феофила наготове был и необходимый для собора запас епископов, отчасти привезенных им из Египта, а отчасти захваченных по пути и прельщенных подарками и, во всяком случае, послушных и преданных ему, то действительно и открыт был собор в загородном помещении, в предместье Халкидона, известном под названием «При дубе».
Собор составился из 23 епископов, и это незаконное сборище, открывшее двери всем клеветникам и