Кох издал приказ, запрещавший православным священнослужителям менять юрисдикцию. Митрополит Киевский Николай в своих архипастырских посланиях Украинской пастве обличал похитителя церковной власти епископа Поликарпа Сикорского, предостерегал пастырей от общения с ним, призывал их хранить верность Матери–Церкви и Родине.
28 марта 1942 года с посланием к 'архипастырям, пастырям и пасомым в областях Украины, пока еще занятых гитлеровскими войсками', обратился митрополит Сергий. В послании говорится: '…С переходом западных областей Украины и Белоруссии в состав России епископ Поликарп остался на службе у нас, то есть фактически отказался от польской автокефалии и признал Московскую Патриархию своим законным священноначалием. Если все это сделано епископом Поликарпом неискренно, только для вида, с целью укрыться от церковного суда и от наказания за принадлежность к польской автокефалии, вина епископа Поликарпа усугубляется, а равно и следующее ему наказание, 'яко солгавшему и обманувшему Церковь Божию' (13 Апостольское правило). За все время службы у нас епископ Поликарп не предъявлял мне никаких обвинений, которые оправдали бы его канонический разрыв со мною. И только теперь, когда преступный разрыв уже совершился и я указал на эту преступность, епископ Поликарп заговорил о моем самозванстве, в которое, думается, и сам в душе не верит. Значит, отказ епископа Поликарпа от подчинения Патриархии и мне, как ничем канонически не оправдываемый, является прямым нарушением 15 правила Двукратного Собора и угрожает осужденному 'лишением всякого священства'. Тожу же взысканию подлежит епископ Поликарп и за самозванное присвоение себе не принадлежащего ему звания архиепископа Луцкого и звания главы Украинской Церкви и за злостное вторжение в области, ему не подчиненные, и за связанный со всем этим целый клубок канонических нарушений… Особую злостность задуманного предприятия составляет то, что его исполнители вторгаются на Украину намеренно вслед за немцами; пока те будут неистовствовать над невооруженными людьми и громить хозяйственную и культурную жизнь украинцев, они будут громить вековой церковный строй, насаждая автокефалию. По 8 правилу святого Григория Неокессариского изменники христианства, участвовавшие вместе с варварами в ограблении христианских селений, в случае покаяния не принимаются даже в разряд кающихся впредь до особого о них суждения на Соборе… За все вышеизложенное епископ Поликарп по совокупности подлежит… лишению сана и монашества с исключением из духовного звания… По действующим у нас правилам обвиняемый в преступлениях, угрожающих таким наказанием, должен быть в виде предсудебной меры запрещен в священнослужении… О таковом запрещении епископа Поликарпа я и объявляю настоящим своим посланием'.
Собор архиереев, съехавшихся 28 марта в Ульяновск, своим 'Определением' признал заключение Местоблюстителя канонически правильным и утвердил его, объявив: 'Если (чего мы не желаем) епископ Поликарп, 'впадая в суд диаволь' пренебрежет запрещением, признать епископа Поликарпа лишившим себя сана и монашества и всякого духовного звания с самого момента им запрещения'.
22 сентября 1942 года митрополит Сергий запретил священнослужение митрополиту Литовскому Сергию (Воскресенскому), который вместе с другими православными епископами оккупированной Прибалтики поздравлял Гитлера с военными успехами. Поведение митрополита Сергия (Воскресенского) объяснялось, очевидно, не его приверженностью фашизму, а политическим расчетом, стремлением сохранить легальную церковную организацию. По словам очевидца, митрополит Сергий (Воскресенский) говорил близким ему людям: 'Не таких обманывали…, а этих колбасников обмануть нетрудно'. Перед отступлением немецких войск из Прибалтики он начал готовить приходы к неизбежным переменам, но 30 апреля 1944 года был убит на дороге в своем автомобиле.
В декабре 1942 года, после решительного перелома на фронтах второй мировой войны, митрополит Сергий от лица Русской Православной Церкви обратился к румынским пастырям и православному румынскому народу, втянутому в войну с единоверной Россией, с призывом отречься от пагубного союза с Германией: 'Неужели и теперь, когда война склоняется к концу, явно плачевному для Гитлера, Румыния все еще будет нести тяжкое бремя подневольного союза с Гитлером и продолжать воевать с русским народом, с которым румыны связаны узами христианского братства?'
Грозная опасность, нависшая над самим существованием нашего государства, необходимость всенародного единения для победы над врагом, патриотическая позиция Русской Церкви побудили Советское правительство к изменению религиозной политики. Начали открываться приходы, закрытые в 30–е годы; многие из оставшихся в живых священнослужителей были осюбождены из лагерей и смогли возобновить служение в храмах. Возобновились архиерейские хиротонии. В 1942 году были хиротонисаны предварительно постриженные в монахи вдовые протоиереи: Сергий Городцев (в монашестве и епископстве Варфоломей), Владимир Градусов (в монашестве Димитрий), Николай Чуков (епископ Григорий). В советской печати практически прекратилась антирелигиозная полемика. Журналы, издаваемые 'Союзом воинствующих безбожников', перестали выходить за недостатком бумаги, и даже сам Союз прекратил свое существование без его официального роспуска. Были закрыты и некоторые антирелигиозные музеи. Свидетельством признания патриотических заслуг духовенства со стороны Правительства явилось назначение митрополита Киевского Николая членом Чрезвычайной Государственной Комиссии по установлению и расследованию злодеяний немецко–фашистских захватчиков и их сообщников.
31 августа 1943 года Глава Русской Церкви митрополит Сергий возвратился из Ульяновска в Москву, от которой к тому времени фронт откатился далеко на Запад. Вскоре в столицу прибыл и митрополит Ленинградский Алексий. 4 сентября митрополиты Сергий, Алексий и Николай были приглашены в Кремль для встречи с Председателем Совнаркома И. В. Сталиным. Состоялась беседа, в которой принял участие и заместитель Главы Правительства В. М. Молотов. Беседу начал Молотов. Он сказал, что Правительство хочет знать нужды Церкви. В одной из современных публикаций воспроизводится описание этой беседы, сделанное А. Э. Красновым–Левитиным, который о содержании ее мог узнать со слов митрополита Николая. 'Митрополит (Сергий — В. Ц.) заговорил спокойно, слегка заикаясь, деловым тоном человека, привыкшего говорить о серьезных вещах с самыми высокопоставленными людьми. Когда Сталин был семинаристом, митрополит Сергий был уже в сане епископа, ректором Петербургской духовной академии. Митрополит указал на необходимость широкого открытия храмов, количество которых совершенно не удовлетворяет религиозные потребности народа. Он также заявил о необходимости созыва Собора и выборов Патриарха. Наконец, он заявил о необходимости широкого открытия духовных учебных заведений, так как у Церкви отсутствуют кадры священнослужителей. Здесь Сталин неожиданно прервал молчание: 'А почему у вас нет кадров?' — спросил он, вынув изо рта трубку и в упор глядя на своих собеседников. Алексий и Николай смутились…, всем было известно, что кадры 'перебиты' в лагерях. Но митрополит Сергий не смутился. Старик ответил: 'Кадров у нас нет по разным причинам. Одна из них: мы готовим священника, а он становится Маршалом Советского Союза'. Довольная усмешка тронула уста диктатора. Он сказал: 'Да, да, как же. Я семинарист. Слышал тогда и о Вас'. Затем он стал вспоминать семинарские годы… Сказал, что мать его до самой смерти сожалела, что он не стал священником. Разговор диктатора с митрополитом принял непринужденный характер. Затем после чаепития началась деловая беседа, затянувшаяся до трех часов ночи. В ней, помимо Сталина и Молотова, участвовали также технические эксперты. Беседу эту можно назвать в полном смысле этого слова исторической… В тот момент, после десятилетий террора, направленного против Церкви, новый порядок являлся, несомненно, прогрессивным шагом, так как означал возможность легального существования Православной Церкви. В конце беседы престарелый, больной митрополит был страшно утомлен… Сталин, взяв митрополита под руку, осторожно, как настоящий иподиакон, свел его по лестнице вниз и сказал ему на прощание следующую фразу: 'Владыко! Это все, что я могу в настоящее время для Вас сделать'. И с этими словами простился с иерархами.
Архиерейский Собор состоялся 4 дня спустя после беседы в Кремле — 8 сентября 1943 года. В деяниях Собора, проходившего в здании Патриархии, участвовало 19 архиереев: митрополиты Сергий, Алексий и Николай, архиепископы — Горьковский Сергий (Гришин), Красноярский Лука (Войно Ясенецкий), Рязанский Алексий (Сергеев), Казанский Андрей (Комаров), Ярославский Иоанн (Соколов), Уфимский Стефан (Проценко), Саратовский Григорий (Чуков), Куйбышевский Алексий (Галицын), Можайский Варфоломей (Городцев), Калининский Василий (Ратмиров), Сарагульский Иоанн (Братолюбов), епископы Калужский Питирим (Свиридов), Кировский Вениамин (Тихоницкий), Ростовский Елевферий (Воронцов), Моло товский Александр (Толстопятое) и Ульяновский Димитрий (Градусов). Некоторые из них доставлены были в Москву из лагерей и ссылок.