автобиографическом письме к доктору И. В. Бертенсону Николай Иванович заявляет, что он «преимущественно заботился о соглашении школы с жизнью, о возбуждении в учащих и учащихся уважения к человеческому достоинству и истине».
В Киеве были написаны, или продуманы, основные труды Николая Ивановича о высшем образовании, в том числе его книга «Университетский вопрос». Намеченные Пироговым пути университетской реформы были для тогдашней России недостижимым идеалом. «Выборы профессоров должны быть гласные, по состязанию (конкурсу), — писал Пирогов. — Профессор должен занимать кафедру не долее 15 лет, после чего служба для него возможна лишь по новому состязанию, пусть покажет он, что не отстал от движения вперед. Пусть докажет, что он не хуже, а опытнее юных сил, стремящихся к кафедре. Профессор должен помнить, что книгопечатание открыто еще в XV веке. Ему незачем говорить на своих чтениях о том, что каждый легко может прочесть в учебнике. Чтения следует посвящать лишь наиболее трудному и сложному, путем сократовского разговорного способа. Вся университетская жизнь должна служить задаче высокой и ответственной — проливать свет в тьму общественной жизни, а для сего нужно знакомить общество с наукой, должно гласно обсуждать то, что читается в университете».
В своей попечительской деятельности Николай Иванович заботился между прочим, о введении в школьную программу преподавания основных начал гигиены и о психофизическом исследовании учащихся. Он предлагал искать леность, рассеянность, невнимательность, учащихся не в злой воле детей, а в строении их организма, в состоянии здоровья школьников. В этой области так же, как и в области высшей школы, требования и пожелания Пирогова были неприемлемы для официальной педагогики царской России и только при советской власти они проводятся в жизнь с изменениями и улучшениями в соответствии с развитием науки о воспитании.
В киевский период своей деятельности Пирогов старался смягчать национальную вражду в юго- западном крае, раздувавшуюся царским правительством ради своих жандармски обрусительных целей. Стремление сглаживать шероховатости межнациональных отношений сопровождалось увещаниями к учащимся избегать резкостей, не раздражать начальство, т. е. жандармов и генерал-губернатора, проявлять «такт» и т. п. Здесь отразился либерализм политических взглядов Пирогова, но и это не спасло его от столкновения с высшей администрацией. В Киеве, как и в Одессе, против Пирогова ополчился генерал- губернатор, кн. И. И. Васильчиков. В первом своем всеподданнейшем отчете после перевода Николая Ивановича в Киев генерал-губернатор писал, что «киевские студенты требуют особенного за собою наблюдения: между ними заметен дух вольнодумства и стремление заводить порядки, не чуждые патриотических замыслов; в учениках гимназий тоже заметны вольнодумство и легкомыслие; к сожалению, попечителем учебного округа, в целях развития в учащихся понятия о чести и добре, были приняты меры, которые могли питать вредное направление молодежи». Васильчиков доказывал, что такое вредное влияние Пирогова может быть устранено, если учебное начальство обратит особенное внимание на выбор преподавателей.
Педагогов и администраторов Одесского округа тайный советник Пирогов изумил своим простым обращением и демократическим методом. Киевские учителя и генералы пришли в ужас от явно неуважительного отношения попечителя к высшим властям. Митрополита Исидора он обидел упорным нежеланием сделать ему визит. А когда генерал-губернатор упросил Николая Ивановича поехать с ним к «владыке», то и сам не рад был, что взялся за это. Привел Васильчиков попечителя к митрополиту и рекомендует: «Известный профессор Пирогов». Николай Иванович сразу нахмурился. «А-а, вот и кстати, — обрадовался владыка, — у меня к вам просьба есть». «В чем дело?», — спросил Пирогов отрывисто. — «У вас имеется вакансия цензора, а у меня есть в виду достойный кандидат на эту должность — Кулжинский». Пирогов уже слышал о Кулжинском. Это был воспитанник черниговской семинарии, товарищ многих профессоров Медико-хирургической академии, вынужденный еще до приезда Николая Ивановича в Киев оставить службу по ведомству просвещения за невыносимое после Крымской войны оголтелое мракобесие. На заявление митрополита попечитель ничего не ответил, посмотрел на потолок, на висящие по стенам портреты архиереев, сделал два шага назад и, не попрощавшись, вышел.
Еще хуже вышло в доме самого генерал-губернатора. Уговорил он Пирогова притти к нему на вечер: «княгиня-де желает познакомиться с ученым профессорам и педагогом, хочет спросить у него совета». Пирогов явился в своем сюртуке-халате, в том самом, в котором был у владыки и посещал гимназии; из-под манжет сомнительной чистоты видны рукава красной фуфайки. Вошел в гостиную, поздоровался с княгинею, остальным гостям кивнул головой и уселся в кресло. Княгиня старается вовлечь его в разговор. Пирогов отвечает отрывисто. Видно, что недоволен. Посидел минуту и резко обращается к хозяйке: «Ну, что, княгиня, хотели вы от меня?» — «Я хотела просить у вас совета, как мне воспитывать своего мальчика. Вот вы написали «Вопросы жизни», говорите там о воспитании. Но это для многих. А мне бы хотелось воспитать своего сына так, чтобы он с честью носил имя князей Васильчиковых и чтобы в то же время он шел в уровень с веком». Слушавший княгиню с явным нетерпением Пирогов прервал ее я сказал, что «в деле воспитания, в деле обучения детей и юношества не должно быть привилегий».
После этого Васильчиков прямо написал царю, что либо из Киева уберут Пирогова, либо он сам уйдет в отставку. Мотивируя свое заявление, генерал-губернатор говорил о крамольности педагогических взглядов Пирогова и об его попустительстве революционной пропаганде во всех учебных заведениях округа. Современники киевской деятельности Пирогова удостоверяют в своих воспоминаниях, что он «спасал» провинциальных учителей, заподозренных жандармерией в пропаганде идей Герцена, предупреждая их о предстоящих обысках.
С киевским периодом педагогической деятельности Пирогова связано занимающее видное место в истории русской общественности выступление против него Н. А. Добролюбова. В Одесском округе Николай Иванович отменил телесные наказания учащихся Ввиду вредности этой меры в педагогическом отношении и нецелесообразности ее в отношении административном. Вместо розог он ввел товарищеские суды учащихся. Мера оказалась действительной. Даже военное начальство в некоторых частях после статей Пирогова о сечении детей отказалось от применения розог для солдат.
В Киеве Пирогов также пытался циркулярами и статьями уничтожить телесные наказания, но здесь он встретил сильное противодействие со стороны местных педагогов. Многие из них уже отказались от иллюзий медового месяца русских свобод. К тому же учуяли, что «наверху» Пироговым недовольны. Директора гимназий говорили, что учителя не могут войти в класс, если у них будет отнято такое верное устрашающее средство, как розги. «Не важно даже, чтобы ученик был наказан, важно, чтобы он знал, что может быть наказан».
Николай Иванович забыл, что, принимая должность попечителя, он ставил свои условия и обещал «не перерождаться», забыл, как он заявлял попечителю Медико-хирургической академии, что считает недостойным уступать требованиям большинства, если эти требования идут в разрез с его убеждениями. Неуступчивый и резкий в вопросах науки и личной жизни, Пирогов оказался покладистым в делах общественных и, уступая натиску реакционных чиновников-педагогов, утвердил предлагаемые ими правила о проступках и наказании учеников, в том числе такую меру, как наказание розгами. Правда, самые правила Пирогов отредактировал так, что фактически телесные наказания в школе отменялись: чтобы высечь ребенка, учитель должен был преодолеть столько формальных препятствий, что не только терялся всякий смысл этой меры, но часто не удавалось и применить ее. Однако, признание знаменитым ученым самого принципа телесных наказаний вызвало возмущение в радикальных кругах общества и нападки на Пирогова в печати.
Резче всех напал на Пирогова Н. А. Добролюбов. Уже в статье о «Вопросах жизни» Добролюбов давал понять, что собственно с педагогическими мыслями Пирогова ему делать нечего, так как они дают только «общие афористические положения», в них вопросы воспитания «не разбираются подробно», автор «предоставляет» читателю «только угадывать» его выводы. Это было в мае 1857 года. С тех пор Добролюбов ушел далеко вперед в развитии своих социально-политических взглядов. Под влиянием Н. Г. Чернышевского, задолго до напечатания его «Антропологического принципа в философии», где впервые в русской литературе связно изложена система Л. Фейербаха. Добролюбов выступил в «Современнике» (май 1858 года) со статьей «Органическое развитие человека в связи с его умственной и нравственной деятельностью». Здесь он излагает взгляды на воспитание в духе фейербаховского материализма, доказывает, что умственная деятельность человека, деятельность его мозга находится в близкой связи с общим состоянием тела, что новорожденные не имеют сознания, что наука отвергла схоластическое