Состояние современной ему церковной жизни вызывало у него тревогу и скорбь. Ещё будучи настоятелем Сергиевой пустыни, он в беседе с английским богословом В. Пальмером говорил с удивительной откровенностью: «Наше духовенство чрезвычайно лихо поддается новым и странным мнениям, читает книги неправославных и даже неверующих сочинителей… Россия, пожалуй, находится недалеко от взрыва в ней еретического либерализма. У нас есть хорошая внешность: мы сохранили все обряды и Символ первобытной Церкви, но все это мертвое тело, в нем мало жизни. Белое духовенство насильно сдерживается в лицемерном православии только боязнью народа».
Епископа Игнатия тревожило и состояние современного ему монашества, над которым, считал он, нависла опасность постепенного обмирщения. Монахам он советовал держаться подальше от мира.
Младшим современником епископа Игнатия был другой знаменитый аскетический писатель епископ
Окончив Академию со степенью магистра в 1841 году, иеромонах Феофан проходил обычное для ученого монаха административно-педагогическое послушание - был ректором Киево-Софийского Духовного училища, инспектором Новгородской Духовной Семинарии, с 1844 года читал в Петербургской Духовной Академии лекции по нравственному и пастырскому богословию. Эти лекции он показал архимандриту Игнатию (Брянчанинову), который отнесся к ним одобрительно. Курс нравственного богословия, прочитанный в Академии, отец Феофан построил на святоотеческой аскетике. Отредактированные им впоследствии эти лекции составили книгу «Путь ко спасению».
В 1847 году иеромонах Феофан получил назначение в Иерусалим в Русскую Духовную Миссию и провел там, под началом архимандрита Порфирия (Успенского) 7 лет. На Востоке он довел до совершенства значение греческого языка, изучал еврейский и арабский язык, сам много читал святых отцов и занимался переводами с древних рукописей.
Возведенный в сан архимандрита, отец Феофан после возвращения в Россию снова преподавал в Петербургской Академии, был ректором Олонецкой Духовной Семинарии, настоятелем посольской церкви в Константинополе, а с 1857 года - ректором Петербургской Духовной Академии.
В 1859 году совершилась его хиротония в епископа Тамбовского. Во время одной из архипастырских поездок по Тамбовской епархии святитель посетил Вышенскую пустынь, которая понравилась ему и красотой местоположения, и особенно строгостью своего устава. Назначая настоятелем обители игумена Аркадия, Преосвященный на прощанье сказал ему: «Поезжайте, отец игумен, а там, Бог даст, и я к вам приеду». В 1861 году епископ Феофан принял участие в торжествах открытия мощей святителя Тихона Задонского. Это событие оказало благодатное воздействие на его собственную духовную жизнь. Переведенный в 1863 году на Владимирскую кафедру, он уже три года подал, по примеру новоявленного угодника святителя Тихона, прошение об увольнении его на покой в Вышенскую пустынь. Ходатайство его было удовлетворено.
В Вышенской пустыни святитель провел 28 лет. Образ его жизни в обители был крайне строгим. Он ежедневно ходил ко всем службам и за Богослужением стоял благоговейно, тихо, ради собранности ума и сердца в молитве закрывая глава. По воспоминаниям современников, случалось, что после Литургии подносивший ему антидор стоял перед ним минуты две, пока он не открывал глаза и не брал антидор. В алтаре он никогда не произносил праздного слова. Поучений не говорил, но само его служение было живой проповедью для молящихся.
После пасхальных дней 1872 года святитель Феофан уединился в затвор в монастырском флигеле, где принимал лишь настоятеля, духовника и келейника. В своей келлии он устроил и освятил церковь в честь Богоявления Господня, и последние 11 лет своего жития ежедневно служил в ней Божественную литургию. Службу совершал один и молча по служебнику, иногда пел. Келейное правило он порой заменял молитвой Иисусовой. Кроме молитвенного правила, святитель в затворе читал Священное Писание и творение святых отцов, занимался иконописанием и литературно-богословскими трудами. Сам он со смирением говорил о своем затворничестве: «Из моего запора сделали затвор. Ничего тут затворнического нет. Я заперся, чтобы не мешали, но не в видах строжайшего подвижничества, а в видах беспрепятственного книжничества… так выходит, то я книжник и больше ничего».
Епископ Феофан не преувеличивал значение затвора для духовного преуспеяния. «Когда молитва твоя до того укрепится, что все будет держать самого тебя в сердце пред Богом, тогда у тебя и без затвора будет затвор… Этого затвора ищи, - советовал он, - а о том не хлопочи. Можно и при затворенных дверях по миру шататься, или целый мир напустить в свою комнату». Затворнический подвиг открыл святителю глубины человеческой души, став знатоком души, он делился плодами своей богомудрой опытности с другими. В своей уединенной келлии святитель Феофан не прервал письменного общения с миром. Ему писали иноки, религиозно настроенные интеллигенты, простой народ. Для многих христиан, жаждавшие спасения, он стал заочным духовником. Каждый день святитель получал по 20-40 писем. По письму понять душу писавшего, и в ответе сказать самое главное и нужное. Свои письма он впоследствии соединял в сборнике и издавал. Из писем к княгине П. С. Лукомской была составлена одна из его главных книг «Письма о христианской жизни».
В Вышегонском затворе епископ Феофан написал свои сочинения, за которые его в 1890 году удостоили степени доктора богословия. В 1876 году в его переводе вышел первый том
Огромную ценность представляют труды епископа Феофана по аскетике. Главная тема их - душа, предстоящая Богу в сокрушении, покаянии и молитве. «Вся надежда тогда Спаситель, - писал он, - а отсюда непрестанное «Господи помилуй», христианин, живя в Боге, «в изумлении погружается в Его непостижимой Беспредельности и пребывает в Божественном порядке». Молитву святитель Феофан Затворник называл «умным предстоянием Богу в сердце… Своя из сердца молитва делает ненужной ненужной молитву читательную». Обращаясь к ревнителю иноческого жития, он пишет: «Настоящего вам хочется? Но где же вы его найдете? Оно скрыто и невидимо, видимы только всякие послабления. Иной раз приходит на мысль, что лучше не видеть монахов, а, уединившись, жить строго по примеру древних иноков». «Один Бог да душа - вот монах, - учил он - Келлия его окно на небо… Когда в сердце монастырь, тогда строение монастырское будь или не будь, все равно».
Епископ Феофан с тревогой смотрел на духовное состояние современного ему общества. «Того и гляди, что вера испарится, писал он, — почти всюду спят… Через поколение, много через два иссякнет наше православие». Следовало бы завести целое общество апологетов, — мечтал он, — и писать, и писать». Но только писать мало, народ нуждается в настоящей апостольской проповеди, исполненной Духа и силы». Поджигатели должны сами гореть. Горя, ходить повсюду и в устной беседе зажигать сердце».
Вышенский Затворник и епископ Игнатий имели разные мнения о природе человеческой души и духов. Святитель Игнатий полагал, что вполне невещественным и нематериальным является только Бог, а всякое существо непременно ограничено пространством и временем, и в силу этого некоторым образом вещественны даже ангелы и человеческие души. Он писал: «Душа - эфирное весьма тонкое летучее тело, имеющие весь вид нашего грубого тела, все его члены, даже волосы, его характер лица, словом, полное