Академическое богословие, кроме епископа Сергея, представляли профессор протоиерей С. А. Соллертинский, профессор П. И. Лепорский, профессор А. И. Бриллиантов.
Настроения светских участников религиозно-философских собраниях хорошо характеризуют слова Д. С. Мережковского: «Для нас христианство в высшей степени неожиданно, празднично. Вот мы именно эти непризванные, не приглашенные на пир, - прохожие с большой дороги… а мертвая академическая догматика - это старая, верная прислуга Хозяина, которая не пускает нас. Мы пришли радоваться празднику, а богословы слишком привыкли к христианству. Оно для них серо как будни». В этом высказывании сильно прозвучал новый, эстетический уклон религиозной мысли, который шел на смену моралистической традиции. Интеллигенция возвращалась в Церковь без должного смирения, не сколько для того, чтобы спасаться в ней и учиться у нее, сколько чтобы учить Церковь, чтобы попытаться реформировать ее на свой вкус.
С обеих сторон на собраниях высказана была мысль о неотложной необходимости церковного Собора. В 1903 году собрания были закрыты по настоянию К. П. Победоносцева, который находил их опасными. Он боялся, что влияние нецерковных участников собраний возобладает над миссионерским направлением, которое стремился придать собраниям их председатель.
В 1907 году в Москве было учреждено религиозно-философское общество имени В. Соловьева, в которое вошли С. Н. Булгаков и П. А. Флоренский, принявшие впоследствии священный сан, а также Н. А. Бердяев, В. Ф. Эрн, В. Свенцицкий. Члены общества в разной мере испытывали на себе влияние В. С. Соловьева (1853-1900), философа и религиозного мыслителя, который пытался синтезировать христианство с неоплатонизмом римской теократии и искал единения христианского мира под духовной властью папы и светской властью русского царя, но, разочаровавшись в своих унитарных и экуменических надеждах, в «Повести об антихристе» проповедовал скорое наступление апокалиптической катастрофы. От В. С. Соловьева идет волновавшая богословскую мысль ХХ века софиологическая тема.
На рубеже веков начал меняться устоявшийся за два столетия синодальной эпохи нравственно- психологический и бытовой тип русского духовенства. Росла его общественная активность. Многие из священнослужителей избирались в Государственную Думу и проявляли немалую активность в ее работе. Постепенно духовенство переставало быть тем «запуганным сословием», в которое превратили его свирепые разборы XVIII века и отчуждение от Церкви дворянства и интеллигенции.
В конце XIX столетия начинали ломаться сословные границы духовного чина: чаще, чем прежде, сана священства искали выходцы из других сословий. Об этом косвенным образом можно судить по сословному происхождению ар-хиереев первой половины ХХ века. Большинство из них по-прежнему уже по рождению принадлежало духовному чину. Но такие архиереи, как митрополит Серафим (Мещеряков), епископ Павлин (Крошечкин), вышли из крестьян. Из дворян вышли Патриарх Алексий (Симанский), митрополиты Антоний (Храповицкий), Серафим (Чичагов), Серафим (Александров), Трифон (князь Туркестанов), епископ Андрей (князь Ухтомский) и другие архиереи, в то время как из епископов XIX века лишь Игнатий (Брянчанинов) и Ювеналий (Половцев) принадлежали по рождению дворянству.
Как и во все века русской истории, очагами духовной жизни и в эту эпоху оставались монастыри. Аскетическое подвижничество на рубеже столетий процветало в Оптиной и Глинской пустыни, на Валааме и в Сарове, в Дивеевской и Шамординской женских обителях. Возрождение духовной жизни происходило и в Троице-Сергиевской Лавре - в ее скитах, и особенно в Гефсимании. В Гефсиманском скиту спасались старцы Филипп, Исидор, Александр, Герман.
Особенно знаменит Гефсиманский иеромонах Варнава (в миру Василий Меркулов). Он родился в 1831 году в крестьянской семье. В 20 лет пришел в Лавру и поступил в нее послушником. Послушнический искус проходил под руководством старцев Григория и Даниила. В 1865 году он принял постриг и вскоре был рукоположен в иеромонаха. Уже тогда, несмотря на его молодость, у него искали совета и помощи богомольцы. Отец Варнава поселился в Гефсиманском скиту, и в этот скит к нему приходило много верующих за наставлением и духовной помощью. Более 30 лет продолжалось служение икона. Скончался старец Варнава 17 февраля 1906 года.
Восстановлению Патриаршества предшествовало ряд благодатных перемен в церковной жизни, которые придавали ей совершенно особый духовный тон. Одним из самых отрадных явлений было умножение числа канонизаций.
В царствование Николая II к лику святых причислено было больше подвижников, чем за предшествующие два века. Первым был прославлен Черниговский святитель Феодосий, почивший в 1696 году. Через 200 лет после его блаженной кончины, 9 сентября 1896 году состоялось перенесение святых мощей угодника.
4 сентября 1911 году к лику святых был причислен епископ Иоасаф Белгородский, мощи которого сохранились совершенно нетленными.
300 лет спустя после мученической кончины страдальца за Православие и русский народ Патриарха Московского Гермогена, 12 мая 1913 года, состоялось прославление его памяти. На праздничные торжества прибыл Патриарх Антиохийский Григорий V, который совершил Божественную литургию в Успенском соборе Кремля. 28 июля 1914 года к сонму святых угодников причислен был святитель Питирим, епископ Тамбовский, который преставился в 1698 году. Место упокоения святого с самой его кончины благоговейно почиталось православным народом. Память святителя Иоанна, митрополита Тобольского, чтилась в Сибири издавна. Ввиду его местного почитания и множества чудес, явленных у его могилы, в 1916 году. Святейший Синод установил всероссийское празднование его памяти, назначив его на день кончины святого 10 июня. 12 июня 1909 года совершились торжества прославления памяти благоверной княгини Анны Кашинской, вдовы замученного в Орде святого князя Михаила Тверского, которая издревле благоговейно чтилась в Кашине и во всей Тверской земле. Собор 1649 года постановил открыть мощи благоверной княгини и причислить ее к лику святых. Но в 1677 году в связи со старообрядческим расколом,