Рыцари-монахи отреагировали на это в духе верности своим идеалам. Они служили мессы, постились, издавали указы, направленные против падения нравов. Госпитальеры освободили народ от налогов и податей и бесплатно раздавали населению зерно из орденских запасов. Были приняты меры по восстановлению сельского хозяйства, восстановлению фортификационных сооружений, административных зданий и частных домов.
Пока родосские рыцари пытались восстановить разрушенное во время осады и путем дипломатических переговоров (им удалось заключить союз с губернатором Икония, или Карамании), в Турции вспыхнула война между претендентами на султанский престол.
После смерти Мехмета II его два сына, старший — Баязид и младший — Джем, выступили в качестве претендентов на верховную власть. После жестокой, кровопролитной борьбы верх одержал Баязид, а Джем (поддерживавший связи с рыцарями Родоса еще в свою бытность губернатором Малой Азии) бежал на Родос. Великий Магистр Пьер д’Обюссон принял турецкого принца со всеми подобающими тому почестями, надеясь использовать его как постоянную угрозу для Баязида и гарантию ненападения турок на Орденское государство.
Старший брат принца Джема, Баязид, вошедший в историю как султан Баязид II, имел все основания опасаться, что Магистр госпитальеров и другие христианские государи помогут Джему завладеть троном. Посланника Баязида явились на Родос и потребовали от рыцарей выдать им беглого принца. Опасаясь за жизнь Джема, госпитальеры в сентябре 1482 г. переправили его с Родоса в Овернь, где и поселили — в качестве знатного заложника и одновременно — постоянной угрозы Баязиду. В том же 1482 г. Ордену удалось заключить с Баязидом мирный договор, взыскав с него вдобавок 40 ООО венецианских флоринов «на достойное содержание его царственного брата». Не желая ссориться с д’Обюссоном, султан Баязид II подарил Ордену родосских рыцарей величайшую святыню — десницу (правую руку) небесного покровителя Ордена — Святого Предтечи и Крестителя Господня Иоанна.
В 1489 г. папа Иннокентий VII повелел госпитальерам доставить принца Джема в Рим, намереваясь использовать его для планировавшегося Ватиканом нового Крестового похода, в качестве «законного наследника турецкого престола, которому «франкские» крестоносцы якобы обещали вернуть престол, «незаконно» отнятый у него Баязидом! В свое время подобная тактика помогла участникам IV Крестового похода, под предлогом восстановления законных прав византийского царевича Алексия, отстраненного от престола собственным дядей, завладеть Константинополем в 1204 г. Но после неожиданной смерти Иннокентия VII новый папа, Александр VI Борджа, больше думавший о подчинении своей власти всей Италии, распорядился взять принца Джема под арест. Когда же папа Александр, честолюбивым планам которого не суждено было осуществиться, несмотря на все военные усилия и ухищрения его сына Цезаря Борджа, был побежден французским королем Карлом VIII, ограничившим светскую власть папы, принц Джем был доставлен ко двору короля Франции, намеревавшимся собственными силами претворить в жизнь идею прежнего папы о Крестовом походе на Константинополь под предлогом «восстановления Джема на прародительском престоле». Но и этому плану тоже не было суждено осуществиться. Турецкий принц внезапно скончался в военном лагере Карла Французского. Причина его смерти осталась неизвестной, хотя поговаривали об отравлении его, вследствие происков султана Баязида II, якобы уплатившего папе Александру Борджа — известному отравителю! — немалую сумму за ликвидацию Джема руками тайных папских агентов, каковых в стане французского короля было немало.
Так или иначе, принц Джем отошел в мир иной, и у его брата-султана теперь были развязаны руки в отношении Родоса. Турки предприняли несколько нападений на острова Додеканесского архипелага и на сам остров Родос, избегая, впрочем, осады крепостей и ограничиваясь опустошением Орденских угодий. Согласно поступавшим на Родос сведениям, Баязид II, следуя примеру своего отца, готовился нанести орденскому островному государству решительный удар.
В 1503 г. скончался Великий Магистр рыцарей Родоса и победитель турок Пьер д’ Обюссон, за свои заслуги в борьбе с врагами христианства отмеченный папой титулом «Кардинала и Легата Азии». Его преемником стал Эмери д’Амбуаз, отпрыск знатного французского рода.
В то время, как Орденские дипломаты прилагали все усилия к объединению сил правителей Европы против общего врага османов. Корабли госпитальеров захватывали все новые мусульманские суда и регулярно наносили удары по вражескому побережью. Наиболее успешными оказались две операции госпитальеров, пришедшиеся на 1507 и на 1510 гг. Первой из них был захват госпитальерами в 1507 г. крупнейшего корабля и гордости египетского флота — «Моргабины», имевшего на борту множество знатных пассажиров и дорогих товаров, вскоре после отплытия мамелюкского судна с Крита. Захватив «Моргабину», рыцари Родоса перестроили ее и переименовали в «Санта Марию». Она стала крупнейшим кораблем госпитальерских военно-морских сил, вошедшим в историю как «Большая Каракка». Второй операцией было неожиданное нападение двух Орденских эскадр, одной из которых командовал Филипп Вилье де л’Иль- Адан, а другой — Андре д’ Амараль, на порт Александретту, где стояло несколько десятков египетских судов, груженых дровами. Госпитальеры захватили 10 больших египетских торговых судов и 4 военные галеры и благополучно вернулись на Родос с захваченными кораблями, грузами и большим количеством пленных.
В 1512 г. умер Эмери д’Амбуаз. Великим Магистром был избран Ги де Бланшфор. Впрочем, новый гроссмейстер, находившийся в момент своего избрания во французских владениях Ордена, умер по пути из Франции на Родос от неизвестной болезни, так и не вступив в должность. Вместо него был избран итальянец Фабрицио дель Каретто. В период его правления на Родосе турки стали сильны, как никогда. Их султаном стал Селим I, сын Баязида II. В 1514 г. Селим победил шаха Персии, а в 1516 г. турки завладели всей Сирией.
В апреле 1517 г. войска турецкого султана Селима I взяли столицу Египта Каир и оккупировали всю страну. Через три года, прибывший на Родос из Италии по приглашению Великого Магистра Фабрицио дель Каретто знаменитый фортификатор Б. делла Скала обновил все укрепления на острове. На Родос было завезено большое количество продовольствия и оружия из Сицилии. Гарнизон острова состоял из 300 рыцарей и 7500 итальянских моряков, критских лучников и местных жителей — родосцев.
Свыше двух веков продолжалась жизнь Ордена на Родосе. За это время госпитальеры не только переняли, но и усовершенствовали лучшие достижения родосцев, прекрасных кораблестроителей и моряков. Мощный флот и прекрасное вооружение давали возможность постоянно отбивать многочисленные турецкие нападения.
Гроза вокруг Родоса все собиралась. Фабрицио дель Каретто форсировал фортификационные работы на острове. Одновременно он направил в Европу, в качестве своего полномочного дипломатического представителя, Филиппа Вилье де л’Иль-Адана. Несмотря на все настоятельные просьбы орденского дипломата о помощи, папа и доблестный французский «король-рыцарь» Франциск I, занятые борьбой с Императором Карлом V Габсбургом в Италии, смогли предоставить рыцарям Родоса лишь незначительную помощь людьми и военными материалами. Селим, наряду со своим султанским титулом принявший духовный титул «Халифа Ислама» (духовного главы всех мусульман), в 1519 г. подчинил свой власти весь
Аравийский полуостров. Казалось, что для Родоса настал последний час. Однако Селим скончался в 1520 г. На престол в Стамбуле взошел его сын, Сулейман, прозванный Великолепным, или Кануни (Законодатель), в период правления которого Османская империя достигла наибольшего территориального расширения и военно-политического могущества. Он начал вести активную завоевательную политику, лично руководил тринадцатью походами (австро-турецкие, венециано-турецкие, ирано-турецкие войны). Через год умер и Фабрицио дель Каретто. Великим Магистром был избран Филипп Вилье де л’Иль- Адан.
Прежде чем начать новый поход против Венгрии, Сулейман поставил себе задачей ликвидировать большую опасность в тылу, которую для него представлял остров Родос, принадлежавший тогда рыцарям- госпитальерам. Рыцари располагали сильным флотом, который нападал на турецкие суда, чрезвычайно затрудняя связь столицы с арабскими владениями Турции.
А. Д. Новичев, изучавший военные действия Турции против христианских государств, заметил: «Захват Венгрии открывал султану дорогу в Центральную Европу, делал его хозяином одной из главнейших