Наркома ВМФ № 0053, согласно которому предписывалось сформировать полк на аэродроме Богослово в составе 8-й бомбардировочной авиационной бригады ВВС КБФ, но впоследствии решение изменили, и базой формирования стал Саранск, где дислоцировался 1-й запасной авиаполк ВВС ВМФ. Первым командиром стал бывший командир 2-го МТАП подполковник А.Г.Биба. Командиры эскадрилий и звеньев прибыли с Тихоокеанского флота, а летчики — прямиком из летных училищ. Полк создавался по штату 030/255-А т. е. имел две эскадрильи десятисамолетного состава. Получение матчасти — новеньких Ил-4 московского завода — затянулось, к тому же сопровождалось потерей одного бомбардировщика 5 мая.
15 апреля формирование 36-го МТАП было в основном завершено, и он приступил к боевой подготовке. Она продолжалась не слишком долго. Уже 5 июня начальник ВВС ВМФ генерал-лейтенант С.Ф.Жаворонков приказал части немедленно передислоцироваться на аэродром Майкоп, где она поступала в распоряжение находившегося на Черном море заместителя наркома ВМФ адмирала И.С.Исакова. Выполнить это плохо подготовленном авиаторам оказалось не так-то просто. 6 июня один бомбардировщик потерпел катастрофу на промежуточном аэродроме в селе Борское (Куйбышевская обл.) где базировался 2-й ЗАН ВВС ВМФ. В обломках «Ила» погиб стрелок-радист и два механика. Не успели перелететь в Майкоп, как произошло новое происшествие. 12 июня во время учебно-тренировочного полета разбилась машина командира 2-й эскадрильи капитана П.Осипова. Весь экипаж погиб. Это переполнило чашу терпения командования — командир полка Биба был снят, а на его место назначили бывшего комэска из состава 1-го ГМТАП Героя Советского Союза, участника первого налета на Берлин майора А.Я.Ефремова. Впрочем, волну катастроф это не остановило, и 27 июня под Майкопом вместе с экипажем разбился Ил-4, который пилотировал младший лейтенант М.Щукин. Лётная подготовка и изучение театра заняло еще некоторое время, в результате чего полк фактически не успел принять участие в боях за Севастополь. Первый боевой вылет состоялся в ночь на 28 июня, когда бомбардировщики 5-го ГМТАП и 36-го МТАП бомбили ялтинский порт, где базировались вражеские торпедные катера. Первый вылет сопровождался и первой боевой потерей — пропал без вести «Ильюшин» командира звена лейтенанта А.Черемисова. 5 июля самолеты обоих полков поставили шесть английских мин (первый случай применения) в севастопольской бухте, потеряв один из восьми вылетавших. Впрочем, и это не принесло желаемых результатов — таким количеством мин нанести потери можно было разве что случайно.
В этот период в очередной раз проявилось неумение командования ЧФ правильно оценить обстановку и сосредоточить все силы для выполнения главной задачи, которой применительно к описываемому периоду безусловно представляются действия по поддержке сухопутных войск. Еще в конце июня, до завершения боев под Севастополем, германское командование начало мощное наступление на южном фланге советско-германского фронта. Хотя главный удар наносился из района достаточно удаленного от моря Воронежа, очень скоро выяснилось, что вражеский замысел предусматривает окружение войск Юго-Западного и Южного гронтов в районе севернее Ростова-на-Дону, середины июля по указанию Ставки авиация Черноморского флота приняла активное участи в нанесении ударов по войскам противника в районе станицы Тацинской. Не являлись здесь исключением и оба минно-торпедных полка. Тем не менее, противнику удалось нанести тяжело поражение войскам обоих фронтов и 24 июля взять Ростов. Реакцией Сталина на это стало появление известного приказа № 227 «Ни шагу назад». С 25 июля в непосредственное соприкосновение с противником вступили войска Северо- Кавказского фронта (командующий — маршал С.М.Будёный), которому в оперативном отношении и подчинялся Черноморский флот. С учетом этого кажется парадоксальным, что командованию ЧФ удалось доказать командованию фронтом и Ставке, что главная опасность для Кавказа исходит не с суши, по которой энергичными темпами продвигались немецкие войска, а из портов Азовского моря и Крыма!
В результате, в конце июля ВВС ЧФ начали новую серию ударов по ним. 26-го числа 11 Ил-4 бомбили железнодорожную станцию Керчь, 28-го — порт Керчи, 29 и 30-го — снова станцию и т. д. В ночь на 31 июля ставились мины — у мыса Камыш-Бурун и у порта Геническ (соответственно две и четыре). 26–28 июля три групповых вылета на «свободную охоту» совершили торпедоносцы. Во всех случаях сбрасывались торпеды, но лишь один раз по морской цели (конвой БДБ), да и то неудачно. В других случаях не обнаружив целей экипажи торпедоносцев сбрасывали свой боезапас на Ялту и Феодосию. Эти вылеты продолжались даже тогда, когда под давлением немецкого наступления в 4–5 августа полкам пришлось перебазироваться с аэродромов Майкоп и Белореченская в Гудауты и Алахадзи на территории Абхазии. К этому моменту в 5-м ГМТАП оставалось 10, в 36-м — 16 машин.
10 августа пал Майкоп, а 12-го — Краснодар. Противник продолжал на широком фронте продвигаться к побережью Черного моря, угрожая разрезать наши части в районе Тупасе или Новороссийска. Лишь ввиду непосредственной угрозы базам флота в бой за них была брошена морская авиация. Первый налет в интересах сухопутных войск имел место только 17 августа, когда 18 Ил- 4 в дневное время бомбили вражеские колонны, наступавшие из района Краснодара на Новороссийск. Мощные удары периодически наносились и впоследствии, однако эти действия не считались приоритетными, и потому не планировались штабом ВВС как следует. В частности, бомбардировщики не обеспечивались истребителями и штурмовиками для подавления зенитных батарей. В результате в период с 22 августа по 22 сентября из состава обоих полков было потеряно девять Ил-4 и четыре экипажа. Враг продолжал рваться вперед и 31 августа взял Анапу, отрезав, таким образом, части Керченской военно-морской базы от сухопутной связи с Новороссийском. Лишь спустя два дня после этого части 46-й немецкой и 19-й румынской пехотных дивизий на катерах и паромах начали форсировать Керченский пролив, чтобы высадится на Тамани. Эта высадка фактически никак не влияла на общую обстановку — наши отрезанные части все равно не могли удержать Таманский полуостров и нуждались в немедленной эвакуации, но командование ЧФ, получив подтверждение десантным намереньям противника, немедленно переключило свои ВВС с танков под Новороссийском на паромы у деревни Кучгуры. В результате за несколько дней ударов противник лишился одного парома Зибеля и нескольких рыболовных катеров. И в дальнейшем, уже после захвата немцами и румынами Новороссийска (10 сентября) мы продолжали бить по портам Крыма, тратя на это около 50 % всех самолето-вылетов ударной авиации! Наибольший успех был достигнут при налете восьми Ил- 4 на Ялтинский порт днем 9 сентября. В знаменитом налете приняли участие самолеты обоих полков, причем группу 5-го гвардейского вел комэск майор Ф.Чумичев, 36- го — комэск капитан Н.Балин. Залогом успеха стали два обстоятельства: налет оказался внезапным для вражеской ПВО, а само бомбометание осуществлялось с небольшой высоты. ФАБ-250 попала в мол, у которого базировались итальянские торпедные катера. Её взрыва оказалось достаточно чтобы потопить «MAS-571» и «MAS-573», а также нанести повреждения ещё трем катерам. Вот так в результате одной единственной бомбы вышла из строя целая флотилия «москитов»! БДБ «F 125» после попадания бомбы выбросилась на мелководье и сильно обгорела, «F 134» в результате другого попадания полностью вышла из строя и в дальнейшем использовалась в качестве маяка в Феодосии. Успехов, хотя и не столь значительных удалось добиться в налетах на Керчь 17 сентября и Балаклаву 18-го. Тогда от попаданий «соток» выгорела БДБ «F 533», осколочные повреждения получил наливной лихтер «Мозелле» и несколько катеров-тральщиков.
Радуясь этим успехам, нельзя не заметить, что все они были достигнуты в стороне от главного направления, которым в тот момент, вне всякого сомнения, являлась поддержка наших сухопутных войск на Кавказе. Именно там противник сосредоточил свои главные усилия, и именно по этому он не смог обеспечить необходимой плотности системы ПВО своих крымских портов. Не обошлось и без чувствительных потерь. Так, 15 сентября с воздушной разведки морских коммуникаций противника не вернулся самолет командира 2-й эскадрильи 36-го МТАП Балина. В результате к 24 сентября 5-й ГМТАП располагал 7 (5) Ил-4 на аэродроме Гудауты, а 36-й МТАН — 11 (7) на аэродромах Бабушеры и Алахадзи. В конце сентября — октябре было потеряно еще две машины: 26 сентября пропал без вести бомбардировщик старшего лейтенанта Кудрина, 6 октября в катастрофе на аэродроме Бабушеры погиб экипаж 36-го МТАП капитана Гаврилова. 28 октября командование ВВС ЧФ приказало передать И оставшихся Ил-4 и 14 экипажей 36- го МТАП в состав 5-го ГМТАП. Оставшись «безлошадными» остальные экипажи 36-го авиаполка в ноябре выехали в Казахстан на станцию Тайнча, где части предстояло переформироваться на базе 3-го запасного полка. Однако, спустя полтора месяца планы командования изменились. 36-й МТАП
