Реакцией нага на визит был бойкот ими выступления Неру. В подготовке обструкции были обвинены оставшиеся в Ассаме англичане и особенно христианские миссионеры. Попытка индийских властей выслать из Ассама миссионеров спровоцировала кампанию гражданского неповиновения со стороны нага. Вполне в духе гандистских кампаний 1920–1940-х гг. нага отказались платить налоги представителям центральной власти. В рамках этой кампании вожди нага сложили свои полномочия, учителя и школьники бойкотировали занятия в школах и колледжах. Индийские власти ответили на кампанию нага репрессиями, ввели в горные районы войска и полицию, местные советы были расформированы.
В начале 1955 г. ситуация накалилась. Городок Мокучонг, где находилась штаб-квартира нага, был объявлен неблагополучным районом, и власти получили право проводить в любом доме обыски и аресты без получения санкции прокурора. В январе 1956 г. вся система гражданского управления в землях нага была ликвидирована, и район Нагаленда был объявлен зоной беспорядков. Теперь и нага отошли от мирного сопротивления властям и приступили к партизанской борьбе, провозгласив Федеральное правительство Нагаленда (Federal Government of Nagalen — FGN). Партизанские отряды нага объявлялись частями Национальной армии нага (Naga National Army — NNA). Индийские войска в ответ ввели новые части в Ассам. За следующие два года в горах нага было убито 1400 сепаратистов и 162 индийских солдата. Кровопролитие не могло не вызвать беспокойства лидеров нага за судьбу гор и их обитателей. Сепаратисты разделились на умеренных и радикалов. Вслед за этим центральное правительство попыталось договориться с умеренными, но радикалы убили влиятельного сторонника мирных соглашений с Дели Т.Н. Сакхирие. Теперь умеренные нага были вынуждены солидаризироваться с центральным правительством, ибо мирное сопротивление центру оказалось неэффективным, в вооруженном противостоянии умеренные оказывались под двойным обстрелом. Группа умеренных нага во главе с Т.Н. Ангами участвовала в выборах 1957 г. в легислатуру Ассама и нижнюю палату парламента Индии Лок Сабха. Под названием Националистическая организация Нага (Naga Nationalist Organization — NNO) во главе Т.Н. Ангами партия умеренных участвовала в выборах и получила три места в легислатуре штата и одно — в парламенте страны.
Между тем в игру вступили правящие круги Пакистана и его союзника — США. Опасаясь за свои позиции в восточной Бенгалии, тогда — части Пакистана, власти этой страны решили ослабить индийские позиции на северо-востоке и поддержали нага, предоставив их лидерам возможность создать базы сепаратистов в Читтагонге, недалеко от пакистано-бирманской границы. Туда перебрался (или был выкраден и вывезен) лидер радикалов Физо. В его распоряжении оказалось 2,5 тыс. боевиков нага.
В 1960 г., неудовлетворенный недостаточной помощью со стороны Пакистана, Физо перебрался в Лондон, где попытался заручиться поддержкой представителей бывшей метрополии. Между тем военный конфликт Индии с КНР на время отвлек индийские регулярные части, и умеренные нага получили временный контроль над значительной частью родных гор. Они убедили Неру предоставть нага автономию, дабы выбить почву из под ног радикальных сепаратистов. В этой ситуации посредником между сепаратистами и нага вызвалась быть Баптистская церковь Нагаленда. Обе противоборствующие стороны договорились о перемирии, и в мае 1964 г. стало действовать соглашение о прекращении огня. При этом премьер самопровозглашенного «кабинета министров» Нагаленда Скато Све потребовал для своего региона автономии, сопоставимой с автономией Бутана, который, по соглашению с Дели, делегировал центру вопросы обороны и международных отношений, остальные аспекты самоуправления оставляя за собой. Неру пугала перспектива выдвижения аналогичных требований другими регионами (Кашмир, Пенджаб), и он возражал против столь широкой автономии для Нагаленда. Скорая смерть Неру привела к затягиванию переговоров, а при новом премьере Лал Бахадуре Шастри они и вовсе зашли в тупик и были прекращены в 1966 г. Был арестован и выслан из Индии глава Баптистской церкви Нагаленда преподобный Скотт.
В дальнейшем провалом переговоров с нага воспользовались КНР и Пакистан, стремившиеся дестабилизировать ситуацию в Индии. Примечательно, что КНР также поддержала так называемый Революционный совет восточных нага (Eastern Naga revolutionary Council — ENRC), действовавших в Бирме и сотрудничавших с группой сепаратистовкаченов (Kachin Independence Army), до 1980-х гг. поддерживаемых Пекином. Генеральный секретарь Национального совета Нага Тхуингаленг Мувиах по заданию китайских спецслужб в 1967 г. даже был переправлен во Вьетнам, чтобы там ознакомиться с методами партизанской войны. Около 5 тыс. нага обучались в тренировочных лагерях в Юннани (КНР) и затем вернулись в Нагаленд для ведения там «антиимпериалистической войны» против правительства Индии. Сказывались последствия индийско-китайского антагонизма, их конфликты в Тибете, война 1963 г. В конце 1960-х гг. нерешительностью лидеров нага, столкновению в их среде маркситских и баптистских агитаторов (боевики-марксисты убили перешедшего к умеренным «генерала Кайто») воспользовались индийские и бирманские войска, совместно уничтожившие основные базы боевиков в горах нага. Был взят в плен «главнокомандующий нага» Мову, шедший из Юннани с 400 боевиками. В 1969 г. нага лишились и своей базы в Читтагонге, оказавшейся в 1971 г. в составе молодого государства Бангладеш, возникшего на территории бывшего восточного Пакистана. К 1974 г. индийские войска взяли земли нага под свой контроль. В ноябре 1975 г. было подписано Шиллонгское соглашение о перемирии, установившее хрупкий мир в регионе. Еще через полгода умеренные сепаратисты вошли в состав ИНК, что позволило им осуществлять контроль над своей территорией от лица правящей в стране партии. Оппозиционеры же влились в Национальную демократическую партию нага, способную демократическим путем принять власть или же создавать конструктивную оппозицию Конгрессу в штате Нагаленд. Эту партию возглавил младший брат бывшего сепаратиста Физо — Кеви Яллай.
Тем не менее часть оппозиционеров (Исаак Сву и Муивах) скрылась в горном районе Бирмы Сагаинг, чтобы там продолжить борьбу за независимость Нагаленда. Сепаратисты основали там Национальный социалистический совет Нагаленда (National Socialist Council of Naga- lend — NSCN). При этом сепаратисты нага объединились с сепаратистами соседнего Манипура и другими деструктивными силами северовостока Индии. Эти сепаратисты выступали за «Нагаленд Христа» или «Большой Нагаленд» и на меньшее не соглашались. Движение до сих пор не угасло, хотя индийские войска и военизированные подразделения военного режима Мьянмы стараются уничтожить последние очаги сепаратистского движения.
Мизо, или лушаи, — жители Лушайских гор. Этот район, примыкающий к горам Читтагонгского тракта, ныне входит в состав Бангладеш. Когда-то британцы заменили институ выборных вождей «пародией на английский лендлордизм», признав несколько крупнейших и самых влиятельных членов племени помещиками и землевладельцами в землях мизо. Эта мера обеспечивала британским властям регулярные поступления налогов и лояльность местных властей. В 1946 г., когда судьба Индии была предопределена, члены племени мизо попытались создать свою организацию, которая могла бы представлять интересы мизо — Союз мизо (Mizo Union). Союз мизо одобрил вхождение Лушайских гор в состав Индийского Союза. До 1959 г. отношения между населением Лушайских гор, находившихся в составе провинции Ассам, и властями в центре были нормальными. Ситуация изменилась после неурожая, оставившего регион без продовольствия: расплодились крысы, и урожай был съеден на корню. Как правительство Ассама, так и местная власть, представленная Союзом мизо, оказалась неэффективной. Под лозунгом борьбы с голодом возникла оппозиционная Союзу мизо партия Национальный фронт мизо по борьбе с голодом. В 1963 г. неурожай и голод отступили на второй план, но активность оппозиционной партии, теперь называвшейся просто Национальный фронт мизо (Mizo National Front), не снизилась. Лидер партии Лалденга не ограничился публичной критикой индийского правительства. В ответ на арест членов Национального фронта мизо он создал Национальную армию мизо (Mizo National Army). При поддержке спецслужб Китая и Пакистана в подконтрольных тогда Пакистану Читтагонгских горах появились тренировочные базы сепаратистов мизо.
В феврале 1966 г. боевики мизо уничтожили административные здания в главном городе района — Айзавале — и «отрезали» горы Мизо от остальной Индии. Вскоре Дели взял под контроль весь край, для чего потребовалось введение новых воинских подразделений. Члены племен, ведшие полукочевой образ жизни, были согнаны на равнины в хорошо охраняемые и контролирумые палаточные городки. Боевики были изгнаны из региона. Часть их укрылась высоко в горах, другие бежали в Восточный Пакистан (нынешний Бангладеш). Лалденга бежал сначала в Дакку, а затем — в Равалпинди в Западном Пакистане.
В 1971 г. в Восточном Пакистане началось восстание живших там бенгальцев против реперссивного пакистанского режима, завершившееся провозглашением восточной Бенгалии — восточного крыла
