офицеров генерал-майор Кондратенко просил контр-адмирала Вирена предложить морским офицерам вступать в сухопутные части. Теперь даже команды затопленных коммерческих судов принимали участие в отражении штурмов. В крепости началась цинга, от которой у многих раненых открылись старые, заживающие раны. Госпитали уже не вмещали всех нуждающихся в помощи. В добавление ко всем напастям японцы начали обстреливать медицинские учреждения. «Мы привыкли уже, – говорил Костенко, – что после неудач японцы изливали свою злобу и ярость бомбардировками по городу». 28 ноября под обстрел попала Дальнинская больница. 30 ноября японская артиллерия расстреляла запасной госпиталь на Тигровом полуострове и пароход Красного Креста «Монголия».
На неоднократные просьбы русского командования не стрелять по учреждениям Красного Креста японцы ответили изысканным письмом на английском языке, в котором сообщали, что установки их орудий расшатались, а сами орудия сильно расстреляны, вследствие чего некоторые снаряды и попадают в здания Красного Креста. Несмотря на столь явную ложь, японцам все-таки, по их просьбе, был отправлен план с обозначением всех госпиталей.
«Ура! 1 декабря! – восклицал один из русских офицеров. – Мог ли кто-нибудь из оставшихся в живых защитников Порт-Артура 10 месяцев тому назад подумать, что осада нашей крепости затянется так надолго!» А другой свидетельствовал, что «многие офицеры вполне сознают всю отчаянность и безотрадность положения как самой крепости, так и ее защитников. И вот среди них, уже столько раз рисковавших своей жизнью, является теперь какое-то глухое озлобление и на наше правительство, и на генерала Куропаткина, который за 10 месяцев войны не мог сколько-нибудь облегчить нашей участи и хотя отчасти оправдать его обещания на выручку. Между тем крепость выполнила свою задачу: она привлекла на себя 100-тысячную армию японцев, задержала ее под своими стенами и до сих пор, в течение 10 месяцев, геройски защищается от такого сильнейшего противника».
На одном из заседаний совета обороны начальником штаба укрепленного района полковником В.А. Рейсом был поднят вопрос «о пределе сопротивления крепости». «Тонкий вопрос» полковника Рейса был всеми отлично истолкован, хотя сам он уверял впоследствии, что его-де «неправильно поняли». Против обсуждения восстали все участники, и особенно ее комендант генерал-лейтенант К.К. Смирнов и начальник сухопутной обороны генерал-майор Р.И. Кондратенко. Но утром 3 декабря всю крепость облетела страшная весть: в каземате 3-го форта случайно попавшей туда лиддитовой бомбой убиты «храбрейшие защитники крепости»: генерал-майор Кондратенко и находившиеся с ним офицеры, в их числе и военный инженер подполковник Рашевский. С назначением генерала Фока на должность начальника сухопутной обороны во всех распоряжениях стали заметны какое-то колебание и неуверенность, которые отметили подчиненные. По его приказу русские войска в ночь с 19 на 20 декабря без боя оставили первую линию обороны. Пал целый ряд укреплений, а именно: батареи Заредутная, Волчья и Курганная, 3-е временное укрепление, Малое Орлиное Гнездо и вся Китайская стена. Переход всех этих пунктов в руки японцев должен был самым роковым образом отразиться на дальнейшей обороне крепости. Настроение в гарнизоне было крайне подавленное. Теперь уже открыто раздавались голоса о полной невозможности дальнейшей обороны. Поздно вечером 19 декабря на батареях была получена телефонограмма: «Не открывать самим огня и тем не раздражать японцев». «Всех томило какое-то неясное предчувствие, что в эту тихую темную ночь должно случиться что-то ужасное, что-то роковое», – вспоминал один из осажденных. Предчувствие их не обмануло. Еще в 4 часа дня 19 декабря генерал Стессель выслал к передовой линии японцев своего парламентера с предложением к японскому командованию вступить в переговоры о сдаче крепости. «Судя по общему положению в районе военных операций, – писал Стессель, – я полагаю, что дальнейшее сопротивление бесполезно», и призвал «избежать дальнейшей бесполезной потери жизней». Генерал Ноги, в руках которого письмо Стесселя оказалось около 9 часов вечера, немедленно передал его содержание в Главную квартиру. Получив согласие Токио, рано утром следующего дня он выслал к Стесселю своего парламентера, который указал местом встречи обеих сторон деревню Сюйшуни и назначил время – после полудня 20 декабря (2 января 1905 года). В последней телеграмме царю Стессель писал: «Ваше Величество, простите нас. Мы сделали все, что в человеческих силах. Судите нас, но судите милостиво, так как почти одиннадцать месяцев непрерывных боев исчерпали наши силы».
Уполномоченные встретились в час дня в указанном месте в помещении японского санитарного отряда. Японцев представляли генерал-майор Идзичи и офицер штаба 1-й эскадры Соединенного флота капитан 2-го ранга Ивамура. С русской стороны присутствовали полковник Рейс и командир затонувшего «Ретвизана» капитан 1-го ранга Щенснович. И все-таки капитуляция крепости для подавляющего большинства даже высших офицеров стала полной неожиданностью: «Сегодня я окончательно узнал, – писал один из них 19 декабря, – что наша крепость еще вчера вступила с японцами в переговоры о … сдаче. Долго не хотелось верить этой ужасной новости. Неужели же в самом деле сдача? Неужели не осталось ни малейшей надежды ни на дальнейшее сопротивление, ни на выручку?.. Не могу выразить словами того чувства, которое овладело мной при этом известии: тут была и какая-то неловкость, и вместе с тем тупая боль, и досада, что вся наша геройская 11-месячная оборона, стоившая таких жертв, так неожиданно и глупо закончилась».
Слезы душили и японцев. Порт-Артур не был взят штурмом, а капитулировал сам, и генерал Ноги особенно болезненно переживал это. В своем донесении министру обороны он писал: «Единственное чувство, которое я в данный момент испытываю, – это стыд и сожаление, что именно я загубил так много человеческих жизней, затратил так много военных припасов и времени на недоконченное предприятие». Однако японский император утешил своих военачальников, пожаловав на их имя рескрипт, в котором говорилось: «Мы глубоко радуемся тому, что наши воины исполнили свои обязанности и достигли большого успеха». Отвечая императору, адмирал Того, согласно этикету, отнес успех предприятия на счет «блистательной добродетели верховного вождя».
Удивительные факты на момент капитуляции защитников крепости приводит М.И. Лилье. Оказывается, японцы были буквально поражены полным отсутствием какого-либо порядка в гарнизоне. «К стыду нашему, никто из нашего начальства не знал точно численности гарнизона крепости. Все мы поэтому с нетерпением ждали, когда японцы нас пересчитают и сообщат нам, наконец, точную его цифру». Выяснилось, что на момент сдачи гарнизон составляли 22 381 русский солдат и матрос, не считая офицеров. Никаких воинских почестей японцы русским не отдавали. «Мы предполагали, что вы будете обороняться до самой центральной ограды», – заметил некий японский офицер русскому, принимая от русских японских пленных, которых насчитали 76. Единственная льгота, которую удалось выговорить у японцев, была возможность отъезда в Россию всем офицерам, которые бы подписали обязательство «о неучастии в дальнейшем в этой войне». Император Николай II своей телеграммой разрешил желающим офицерам вернуться в Россию, а остальным предложил «разделить тяжелую участь своих солдат в японском плену». Домой отправились генерал Стессель, полковник Рейс, контр-адмирал Ухтомский и еще 441 офицер армии и флота, которые подписали обязательство. Генерал Смирнов вместе с контр-адмиралом Виреном и оставшейся частью капитулировавшего гарнизона были перевезены по железной дороге в Дайрен, а оттуда на кораблях – в Японию.
Шок от падения Порт-Артура был столь велик, что поначалу общественное мнение обрушилось не только на Стесселя, но, как писал один петербуржец, «стыдно сказать, на всех защитников крепости, которые проявили чудеса храбрости». Реакция в Западной Европе была другой. Восхищенные стойкостью защитников Порт-Артура, французы по подписке, объявленной парижской газетой «L’Echo de Paris», собрали 100 тысяч франков и изготовили на них медали для вручения ее защитникам крепости. В Россию в адрес Морского министерства было послано 38 тысяч наград. Чиновники министерства не знали, как с ними поступить: к этому времени крепость была сдана, а ее комендант генерал Стессель, чье имя было выбито на медали, находился под военным судом. Только в 1910 году была разрешена раздача медали участникам обороны Порт-Артура, но «без права ее ношения».
13марта 1905 года по Высочайшему повелению военный министр генерал Сахаров образовал для рассмотрения дела о сдаче крепости следственную комиссию, в которую вошли 12 генералов и адмиралов.