ограничения для разрезания и склеивания, генные инженеры могут написать и отредактировать любую фразу ДНК, которую захотят.
Но сама по себе ДНК довольно бесполезная молекула. Она ни прочтена как Kevlar, ни обладает цветом как красители, ни активна подобно ферменту, все же она имеет кое-что, что промышленность готова тратить миллионы долларов, чтобы это использовать: способность направить молекулярные машины , называемые рибосомами. В клетках молекулярные машины вначале производят транскрипцию ДНК, копируя информацию с неё на 'ленты' РНК. Далее, подобно старым машинам, управляемым цифровым кодом, записанным на ленте, рибосомы строят белки, основываясь на инструкциях, хранящихся на нитках РНК. А уже белки полезны.
Белки, подобно ДНК, походят на бугорчатые нити бусинок. Но в отличие от ДНК, молекулы белка сворачиваются, чтобы образовывать маленькие объекты, способные что-то делать. Некоторые – ферменты, машины, которые создают и разрушают молекулы (а также копируют ДНК, расшифровывают их, и строят другие белки в этом же жизненном цикле). Другие белки – гормоны, связывающиеся с другими белками, чтобы давать сигналы клеткам изменять своё поведение. Генные инженеры могут производить эти объекты с небольшими затратами направляя дешёвые и эффективные молекулярные машины внутрь живых организмов для выполнения этой работы. В то время как инженеры, управляющие химическим заводом должны работать с цистернами реагирующих химических веществ (которые часто приводят атомы в беспорядок и выделяют вредные побочные продукты), инженеры, работающие с бактериями, могут заставлять их абсорбировать химические вещества, аккуратно изменяя порядок атомов, и сохранять продукт или высвобождать его в жидкость вокруг них.
Генные инженеры сейчас запрограммировали бактерии делать белки, от человеческого гормона роста до ренина, фермента, используемый в создании сыра. Фармацевтическая компания Eli Lilly (Индианаполис) – сейчас продвигает на рынок Хьюмулин, молекулы инсулина человека, произведённые бактериями.
Эти гормоны белка и ферменты выборочно прилипают к другим молекулам. Фермент изменяет структуру цели, затем идёт дальше; гормон воздействует на поведение цели только пока оба остаются связанными вместе. Ферменты и гормоны могут быть описаны в терминах механики, но их поведение лучше описывается в химических терминах.
Но другие белки выполняют простые механические функции. Некоторые тянут и толкают, некоторые действуют как шнуры или распорки, и части некоторых молекул являются превосходными подпорками. Механизм мускула, например, имеют наборы белков, которые достигают, захватывают 'веревку' (также сделанную из белка), тащат её, потом отходят, чтобы захватить новую; во всех случаях, когда вы двигаетесь, вы используете эти машины. Амёбы и человеческие клетки двигаются и изменяют форму, используя волокна и палочки, которые действуют как мускулы и кости молекул. Реверсивный, с изменяемой скоростью двигатель толкает бактерию в воде поворачивая пропеллеры формы спирали. Если любитель бы мог построить миниатюрные автомобильчики вокруг такого двигателя, несколько миллиардов миллиардов помещались бы в карман, а через ваш самый тонкий капилляр могла бы быть построена 150-полосная магистраль.
Простые молекулярные устройства комбинируются для формирования системы, походящей на промышленные машины. В 1950-ых инженеры разрабатывали станки, которые режут металл под контролем перфорированной бумажной ленты. Полтора столетия ранее, Джозеф-Мэри Джакквард построил ткацкий станок, который ткал сложные рисунки под контролем последовательности перфорированных карт. Однако более трёх миллиардов до Джаккварда, клетки разработали механизм рибосомы. Рибосомы доказали, что наномашины, построенные из белка и РНК, могут запрограммироваться на построение сложных молекул.
Теперь рассмотрим вирусы. Один вид, T4 phage, действует подобно шприцу с пружиной и напоминает что-то из промышленного каталога запчастей. Он может прилепляться к бактерии, пробивать отверстие, и вводить вирусный ДНК (да, даже бактерии страдают заразными болезнями). Подобно всем организмам, эти вирусы существуют потому что они довольно стабильны и хорошо умеют делать копии себя.
В клетках или нет, наномашины подчиняются универсальным законам природы. Обычные химические связи держат их атомы вместе, и обычные химические реакции (управляемые другими наномашинами) их собирают. Молекулы белка могут даже соединяться для образования машин без специальной помощи, движимые только тепловым возбуждением и химическими силами. Перемешивая вирусные белки (и ДНК, которые они обслуживают) в испытательной пробирке, молекулярные биологи собирали работающие вирусу T4. Это умение удивительно: представьте себе, что вы складываете части автомобиля в большую коробку, встряхиваете её и, когда заглядываете внутрь, обнаруживаете там собранный автомобиль! Однако этот вирус Т4 – только один из многих самособирающихся структур. Молекулярные биологи разобрали механизм рибосомы на пятьдесят отдельных белков и молекул РНК, и потом поместили их в испытательную пробирку и они образоавли работающую рибосому снова.
Чтобы видеть, как это случается, вообразите различные цепи белков T4, плавающие в воде. Каждый вид белка сворачивается и образует кусок со специфическими для него выпуклостями и впадинами, покрытый характерными наборами из молекул жира, воды и электрическим зарядом. Представьте их себе гуляющими свободно и поворачивающими, толкаясь от температурных вибраций окружающих молекул воды. Время от времени их пары ударяются, потом расходятся. Иногда, хотя пара соударяется так, что выпуклости одного подходят под впадины другого и клейкие участки соответствуют друг другу; тогда они притягиваются друг к другу и прилипают. Таким образом белок добавляется к другому белку и образует части вируса, а части собираются и образуют целое.
Инженеры по белкам не будут нуждаться в наноманипуляторах и нанорычагах, чтобы собирать сложные наномашины. Однако, крошечные манипуляторы будут полезны, и они будут построены. Точно также, как сегодняшние инженеры строят такие сложные машины как рояли и манипуляторы робота из обычных моторов, подшипников и движущихся частей, завтрашние биохимики будут способны использовать молекулы белка как двигатели, подшипники и движущиеся части, чтобы строить манипуляторы роботов, которые сами будут способны манипулировать отдельными молекулами.
Насколько далека от нас такая способность? Некоторые шаги уже сделаны, но остаётся ещё много работы. Биохимики уже нанесли на карту структуры многих белков. С помощью механизмов гена, дающими возможность записывать ленты ДНК, они могут направить клетки на строительство любого белка, они могут разработоать цепи, которые сворачиваться в белки нужной формы и с требуемыми функциями. Силы, которые сворачивают белки слабы, а число возможных способов, которыми белок может свернуться – астрономическое, поэтому разработка больших белков с самого начала непросто.
Силы, которые удерживают белки вместе, чтобы образовать сложные машины – те же самые, которые вначале сворачивают цепи белков. Отличающиеся формы и виды прилипания аминокислот – бугорчатые молекулярные 'бусинки', формирующие цепи белков, заставляют каждую цепь белка сворачиваться особым образом и образовывать объект определённой формы. Биохимики изучили правила, которые дают поняти о том, как цепочка аминокислот может сворачиваться, но эти правила не очень твёрдые. Попытка предсказать как цепь будет сворачиваться подобна попытке разгадать кроссворд, но кроссворд без пропечатанной формы, которая бы позволяла определить, правилен ли ответ, и с частями, которые могут соответствовать друг другу почти также хорошо (или плохо) многими различными способами, но все кроме одного из них – неправильные. Неправильное начало может занять большую часть времени жизни, а правильный ответ так и не будет распознан. Биохимики, используя лучшие компьютерные программы, имеющиеся на сегодняшний день, всё же не могут предсказывать, как длинный естественный белок будет на самом деле сворачиваться, и некоторые из них уже отчаялись научиться разрабатывать молекулы белка в ближайшем будущем.
Однако большинство биохимиков работает как ученые, а не как инженеры. Они работают возможностью предсказывать, как будут сворачиваться естественные белки, а не над проектированием белков, которые будут предсказуемо сворачиваться. Эти задачи могут выглядеть подобными, но они очень
