Для ведения переговоров в Нью-Йорк был направлен заместитель министра иностранных дел СССР В.В. Кузнецов. С американской стороны переговоры сначала вел постоянный представитель США при ООН А. Стивенсон, а затем сотрудник госдепартамента Дж. Маккоун. В них принял участие и У Тан, который посетил Кубу 30 и 31 октября 1962 г. 31 октября командир 51-й ракетной дивизии генерал-майор И.Д. Стаценко встретился с и.о. Генерального секретаря ООН У Таном и сообщил ему, что стартовые позиции на Кубе полностью демонтированы.
Послекризисное урегулирование было сфокусировано на решении трех принципиальных проблем: оформление гарантий ненападения на Кубу со стороны США; контроль за выполнением советских обязательств о вывозе наступательного оружия; и, наконец, снятие «морского карантина» Кубы.
Позиция американской стороны была изложена в аналитической записке госдепартамента в СНБ США 7 ноября 1962 г. В ней отмечалось, что США на первом этапе переговоров основной упор сделали на удалении с Кубы наступательного оружия, а не на будущей судьбе режима Ф. Кастро. Предлагалось заверить страны ОАГ, что обязательства не вторгаться на Кубу не гарантируют сохранения нынешнего кубинского правительства. Таким образом, основной задачей по-прежнему считалась не только ликвидация советского присутствия на Кубе, но и, по мере возможного, устранение режима Кастро. В этих целях в рамках ОАГ предлагалось проводить меры по изоляции Кубы и нанесению поражения коммунистам в Латинской Америке. В записке содержались конкретные предложения по политике США в этом регионе мира: оказывать на Кубу давление с тем, чтобы сократить советское присутствие на ее территории и влияние СССР на Ф. Кастро; создавать угрозу на грани военного вмешательства, чтобы ликвидировать режим Ф. Кастро; осуществлять инспекции на кубинской территории и воздушную разведку над ней; настаивать на закрытии кубинских баз и территориальных вод для советских кораблей; вовлечь страны ОАГ в проведение мероприятий по подрыву доверия кубинского народа к Кастро.
Для решения существующих проблем Советский Союз и Куба выдвинули проект протокола, который предполагалось сделать официальным документом Совета Безопасности ООН. Он был вручен и.о. Генерального секретаря ООН У Тану 15 ноября 1962 г. Этот проект выглядел следующим образом:
«В настоящем протоколе зафиксирована договоренность, достигнутая между правительствами СССР, Республики Куба и Соединенных Штатов в результате обмена посланиями между Председателем Совета Министров СССР Н.С. Хрущевым и Президентом США Дж. Кеннеди, заявления Премьер-министра Республики Куба Ф. Кастро от 28 октября 1962 г., а также переговоров, проведенных между представителями указанных правительств при участии и.о. Генерального Секретаря ООН У Тана.
Раздел I
Правительство Соединенных Штатов отменяет все меры, которые оно ввело с 24 октября с.г. в отношении судов, направляющихся в Республику Куба.
Американские вооруженные силы, которые были сконцентрированы в юго-восточном районе США в связи с мероприятиями, проведенными США в районе Карибского моря, будут в кратчайшие сроки отведены.
Правительство Соединенных Штатов подтверждает свое заверение, сделанное Президентом США Дж. Кеннеди в послании Председателю Совета Министров СССР Н.С. Хрущеву от 27 октября, в отказе Соединенных Штатов от вторжения на Кубу и выражает уверенность в том, что другие страны Западного полушария будут готовы поступать подобным же образом. Правительство Соединенных Штатов будет удерживать тех, кто намеревается осуществить агрессию против Кубы с североамериканской территории.
Правительство Соединенных Штатов не будет также позволять, чтобы североамериканское оружие, проданное или переданное другим правительствам Латинской Америки, использовалось для агрессии против Кубы.
Соединенные Штаты будут строго уважать суверенитет Республики Куба, неприкосновенность ее границ, в том числе ее воздушное пространство и территориальные воды, и не будут вмешиваться во внутренние дела Республики Куба.
Правительство Соединенных Штатов заявляет, что оно примет необходимые меры и позаботится о том, чтобы была прекращена как на североамериканской территории, так и на территории других стран Западного полушария всякая подрывная деятельность против Республики Куба, отправка оружия и взрывчатых веществ по воздуху и морю, организация вторжения, засылка шпионов и диверсантов.
Правительство США не будут чинить препятствий осуществлению свободной торговли и иных экономических связей Республики Куба с другими странами.
Правительство США соглашается провести переговоры с правительством Республики Куба относительно эвакуации военно-морской базы в Гуантанамо.
Раздел II
Правительство СССР заявляет, что оно прекратило на территории Республики Куба всякие работы по размещению установок, предназначенных для запуска баллистических снарядов средней дальности действия с ядерными зарядами, демонтировало это оружие и возвратило его в Советский Союз.
