Но у польского короля Сигизмунда III были свои виды на русский престол. Филарет, возглавлявший послов, категорически отклонил решение польского короля самому занять русский престол и «православие соединить с латынством» и решительно отстаивал свои требования. Чтобы «усмирить» послов, их отправили в Польшу как пленников. К тому же Сигизмунд получил известие о подходе к Москве народного ополчения.
Филарет провел в польском плену девять лет. В это время в России происходили исторические события, о которых он узнавал, сумев наладить тайную переписку с боярином Шереметевым, который возглавил партию сторонников сына Филарета – Михаила Федоровича Романова. После изгнания из Москвы польских интервентов, жена и сын Филарета выехали в свою вотчину под Кострому, а затем обосновались в Ипатьевском монастыре.
В феврале 1613 года в Москве был созван избирательный Земский собор для принятия соглашения об избрании нового царя. На заседаниях собора присутствовало более 700 человек, представлявших разные сословия – бояре, представители духовенства, ополченцы-казаки, купцы и даже государственные крестьяне. Каждая партия выдвигала своего кандидата. Назывались в качестве претендентов князья Ф.И. Милославский, В.В. Голицын, Д.М. Пожарский, иностранные королевичи Владислав и Карл-Филипп, сын Марины Мнишек и другие. На первых же заседаниях были отклонены иностранные королевичи и сын Мнишек – «воренок Иван». Голицын находился в польском плену, а Милославский был стар и бездетен, Пожарский, по мнению бояр, был «слишком худороден». И тогда вспомнили о Романовых. Шестнадцатилетний Михаил, лично не причастный к раздорам Смуты и пострадавший от нее, имел сторонников среди всех сословий. Кроме того, его права на престол как двоюродного племянника царя Федора Иоанновича выглядели вполне законными. И 21 февраля 1613 года было официально оглашено имя нового избранника. В Ипатьевский монастырь было направлено представительное посольство, которое возглавили рязанский архиепископ Феодорит и боярин Ф.И. Шереметев. Узнав о своем избрании, Михаил Федорович решительно отверг предложение стать царем, заявив, что не годится для престола. Его поддержала и мать – инокиня Марфа, сказав, что не благословит сына на царство. Только после долгих уговоров и убеждений Михаил дал согласие, а мать благословила его иконой Федоровской Богоматери и разрешила Феодориту осуществить обряд наречения на царство своего сына. Накануне своего 17-летия, 11 июля 1613 года, Михаил Федорович Романов венчался на царство в Успенском соборе Московского Кремля.
После торжеств для молодого царя начались тяжелые будни. Страна была разграблена и лежала в руинах. Со всех сторон ее окружали враги. Денег в казне не было. Первое время большую помощь в управлении государством царю оказала мать, помогали и ближние бояре, большей частью царские родственники. Новый Земский собор принял решение об оказании помощи в сборе средств для армии. Помогли и купцы Строгановы, дав в долг денег, сукно и продовольствие для ратных людей. Уже к следующему году были одержаны первые победы. В 1614 году был схвачен и сурово наказан атаман Заруцкий, Марина Мнишек заточена в Коломне, а ее сын Иван повешен. В 1617 году был подписан Столбовский мир со Швецией, по которому к России возвращался Новгород и прилегающие земли. Но самыми трудными для молодого царя стали переговоры с поляками. Первые попытки в 1616 году окончились вооруженным столкновением. Затем на Москву двинулся Владислав с большим войском. Михаилу с большим трудом удалось организовать оборону столицы – поляки были отброшены от ее стен. Неудачей закончилась для Владислава и осада Троице-Сергиевой лавры. Все это вынудило поляков в 1618 году сесть за стол переговоров, и 1 декабря 1618 года было подписано Деулинское перемирие с Речью Посполитой сроком на 14 лет. По нему Смоленск и ряд других городов оставались за Польшей, которая не признала законной власть Михаила Романова. Но большим успехом перемирия стало то, что все пленные, в том числе и Филарет, возвращались на родину.
14 июня 1619 года Филарет вернулся в Россию и с огромной радостью был встречен сыном-царем и женой (дочь Татьяна к тому времени уже скончалась) Официально он считался Ростовским митрополитом, но уже через 10 дней после возвращения решением Собора русского духовенства он был посвящен в сан патриарха. Чтобы еще больше возвысить отца, Михаил Федорович присваивает ему титул «Великого государя», а в дальнейшем дает ему грамоту с правом судить любое духовное лицо и собирать оброк с церковных имений – ранее среди прежних иерархов такой властью не обладал никто. Филарет стал официально соправителем сына. Царь Михаил Федорович и патриарх Филарет оба писались государями, все государственные дела решались совместно, а иногда патриарх брал на себя и единоличное решение того или иного вопроса.
Первым из церковных дел патриарха стало, разбирательство об исправлении церковных книг, которое начали книжники Троице-Сергиевой лавры под руководством архимандрита Дионисия. Они сочли, что за годы Смуты многие служебные книги стали непригодными, так как в них появились ошибки. Инициатива троицких книжников не понравилась другим представителям духовенства, которое подвергло Дионисия и его сторонников опале, сочтя эти правки еретическими. Для разбирательства Филарет привлек Иерусалимского патриарха Феофана, который решил вопрос в пользу Дионисия и его помощников. Они были оправданы и возвращены на прежние должности, а их противникам пришлось смириться, а некоторые из них были вынуждены отправиться в ссылку.
Патриарх строго следил и за порядком при царском дворе. Молодого царя окружало слишком много родственников, занимающих важные государственные посты и часто злоупотребляющие своей властью. По праву старшего представителя рода Филарет наказывал (вплоть до ссылки) тех, кто допускал серьезные нарушения или неблаговидные деяния, и никакие родственные узы не мешали ему карать провинившихся. При его соправлении в ссылку были отправлены братья Салтыковы, подверглись опале И.В. Голицын и Д.Т. Трубецкой, многие другие были отстранены от высоких должностей. Кстати сказать, после смерти Филарета все опальные и ссыльные были возвращены в Москву.
Принимая участие в решение всех государственных вопросов, главными для себя Филарет считал женитьбу сына и отмщение польскому королю Сигизмунду за причиненные обиды. Первая кандидатура на роль невесты Михаила – Мария Хлопова – получила активные возражения со стороны матери царя инокини Марфы. Тогда Филарет решил поискать жену для сына за пределами России. Но все попытки были неудачными – либо послы были не приняты (правда, по уважительным причинам), либо невеста не желала переходить в православную веру. Супругой царя Михаила, после долгих поисков, стала Евдокия Лукьяновна Стрешнева.
Первая задача была решена, и на очереди стояла подготовка новой русско-польской войны, основной целью которой было возвращения исконно русских земель. Филарет торопил события. Понимая, что Россия не может самостоятельно одолеть такого сильного противника, как Польша, он начинает искать союзников. Основную ставку он делает на Швецию, чьи послы посещают Россию в 1626-м, 1629-м и 1630 годах. Кроме Швеции Филарет пытается втянуть в антипольскую коалицию Данию, Англию и Голландию. Но Дания имеет дружеские контакты с Австрией, которая являлась союзницей Польши. Остальные страны согласны были оказать России только материальную поддержку.
Большая работа проводилась и в самой России – русскому обществу постоянно напоминалось о том, что поляки были главными виновниками Смуты. К этому времени появились сразу несколько сочинений, посвященных Смутному времени, в которых Сигизмунд III обвинялся в приходе самозванца Лжедмитрия, оказывая ему огромную поддержку, в свержении Василия Шуйского, в захвате территорий, считавшихся исконными русскими землями. Для усиления русской армии, еще слабой и хуже организованной, чем армия Польши, созданная по европейскому образцу, в Россию были приглашены зарубежные военные специалисты. В их задачу входил наем солдат в Швеции, Англии, Голландии и Дании, закупка оружия и провианта. Вскоре в русской армии появились иноземные полки, сформированные из наемников, а к началу русско-польской войны за границей было закуплено более тысячи мушкетов, 3 тысячи сабель, 15 тысяч пудов ядер и около 20 тысяч пудов пороха.
С 1622 года все дипломатические контакты с Речью Посполитой были прерваны, а Филарет особое внимание стал уделять приемам иноземных послов. Так к началу 30-х годов XVII века сложилась антипольская коалиция, куда вошли кроме России Швеция, Трансильвания и Турция.
Момент для начала военных действий был удачным: Польша находилась в стадии «безкоролевья» и внутри страны шла борьба за власть. Самым трудным для патриарха был вопрос о выборе главнокомандующего. Выбор пал на М.Б. Шеина. Филарет не сомневался в его преданности и опытности –