Б.Ельцина на выборах Президента РФ, руководителем областного штаба избирательной кампании по выборам Ельцина в Президенты РФ.
В сентябре 1996 года был назначен председателем Комиссии Челябинской области по телевидению и радиовещанию.
В декабре 1996 года был доверенным лицом и руководителем избирательной кампании Вадима Соловьева на выборах главы администрации Челябинской области (Соловьев выборы проиграл). После выборов три месяца проработал консультантом.
19 марта 1997 года Указом Президента РФ был назначен Представителем Президента РФ в Челябинской области.
19 апреля 1997 на IV съезде ВПД НДР был утвержден членом Политического совета НДР.
В июне 1997 года был освобожден от обязанностей представителя Президента в Челябинской области «в связи с переходом на другую работу».
1 июля 1997 года Указом Президента РФ был назначен заместителем министра финансов РФ. Курировал вопросы экономии и контроля федеральных средств, межбюджетные отношения Минфина и регионов, деятельность «Финансовой газеты».
С августа 1997 по май 1998 года и с мая 1999 по май 2002 года — член Совета директоров — представитель государства ОАО «Магнитогорский металлургический комбинат» (ММК).
В сентябре 1997 года принимал участие в переговорах о транзите ранней каспийской нефти через территорию Чечни. 9 сентября 1997 года подписал договор между правительством России и руководством Чечни.
26 сентября 1997 года был избран вице-президентом Союза промышленников и предпринимателей Челябинской области.
Указом Президента РФ от 17 ноября 1997 года был введен в состав Комиссии при Президенте РФ по подготовке договоров о разграничении предметов ведения и полномочий между федеральными органами государственной власти и органами государственной власти субъектов РФ. С февраля 1998 года — член Комиссии Правительства РФ по обеспечению завоза товаров в районы Крайнего Севера и приравненные им местности.
В марте 1998 года был рекомендован в состав Совета директоров ОАО «КамАЗ».
28 апреля 1998 года Указом Президента РФ был назначен заместителем Председателя Правительства РФ в реорганизованном Правительстве РФ. С апреля 1998 года — член Президиума Правительства РФ. С мая 1998 года отвечал за проведение экономических реформ, подготовку и реализацию программ социально-экономического развития РФ, развития финансового, кредитно- денежного, банковского секторов; вел в Правительстве РФ стратегические вопросы управления госсобственностью, приватизации, рынка ценных бумаг, финансового оздоровления и несостоятельности предприятий. Обеспечивал взаимодействие финансовых, таможенных, налоговых органов, органов валютного и экспортного контроля в части обеспечения полноты поступлений доходов бюджета. Отвечал за вопросы промышленной политики, торговли, экономической безопасности, льготного кредитования агропромышленного комплекса, внешнего и внутреннего долга, иностранных кредитов. На него также были возложены обязанности обеспечения взаимодействия с международными финансовыми организациями (МВФ, Всемирный банк, Европейский банк реконструкции и развития и др.). Также курировал вопросы формирования и реализации государственной политики в области федеративных и национальных отношений, поддержки социально-экономического развития регионов, развития местного самоуправления и межбюджетных отношений.
15 мая 1998 года возглавил Комиссию Правительства РФ по обеспечению доходов федерального бюджета, Правительственную комиссию по вопросам финансовой и денежно-кредитной политики, Комиссию Правительства РФ по контролю за предоставлением налоговых и таможенных льгот, Межведомственный совет по вопросам формирования и использования средств специального фонда для кредитований организаций агропромышленного комплекса на льготных условиях. 19 мая 1998 года был назначен управляющим от РФ в Международном Банке реконструкции и развития и Многостороннем агентстве по гарантиям инвестиций вместо Чубайса. 25 мая 1998 года возглавил специальную комиссию при Совете безопасности РФ по урегулированию положения на Северном Кавказе. 26 мая 1998 года был утвержден заместителем руководителя Временной чрезвычайной комиссии (ВЧК). 25 мая 1998 года был включен в состав Совета по местному самоуправлению в РФ. 24 июня 1998 года был назначен заместителем председателя Комиссии Правительства РФ по оперативным вопросам. С 10 июля 1998 года — член Комиссии Правительства РФ по экономической реформе. С августа 1998 года — председатель Рабочей группы для подготовки проектов нормативных правовых актов в области финансово-бюджетных отношений органов государственной власти и органов местного самоуправления.
23 августа 1998 года Указом Президента РФ правительство Сергея Кириенко было отправлено в отставку. Указом 25 августа 1998 года был назначен и.о. заместителя председателя Правительства РФ до сформирования нового кабинета Министров. 28 сентября 1998 года был отправлен в отставку.
28 октября 1998 года Постановлением Правительства РФ был назначен первым заместителем министра финансов РФ. Отвечал за разработку проекта федерального бюджета. 30 ноября 1998 года постановлением Правительства РФ был назначен и.о. статс-секретаря — первого заместителя министра финансов РФ.
24 декабря 1998 года был введен в состав Межведомственной комиссии Совета Безопасности РФ по охране здоровья населения. 30 декабря 1998 года был назначен заместителем председателя Координационного совета по экономическим вопросам региональной политики РФ. 10 мая 1999 года распоряжением Правительства РФ был введен в состав коллегии представителей государства в ОСАО «Российская государственная страховая компания». Тогда же был утвержден членом коллегии Министерства науки и технологий РФ. 11 мая 1999 года Постановлением Правительства РФ был утвержден членом правительственной комиссии по научно-инновационной политике. 21 мая 1999 года на собрании акционеров был вновь избран в состав Совета директоров ММК.
31 мая 1999 Указом Президента РФ был назначен первым заместителем Председателя Правительства РФ. Курировал вопросы макроэкономической политики. В этот же день был введен в состав Президиума Правительства РФ.
7 июня 1999 года стал первым заместителем руководителя Экономического совета при Правительстве РФ. 14 июня 1999 года Указом Президента РФ был назначен членом Совета Безопасности РФ. 6 июля 1999 Постановлением Правительства РФ был утвержден председателем Комиссии по организации подготовки управленческих кадров для организации народного хозяйства РФ.
После отставки Правительства С.Степашина с 9 августа 1999 года являлся и.о. первого вице- премьера. 19 августа 1999 года Указом Президента РФ вновь был назначен первым заместителем Председателя Правительства РФ в кабинете В.Путина.
14 сентября 1999 года был назначен управляющим от РФ в Международном Банке реконструкции и развития и Многостороннем агентстве по гарантиям инвестиций вместо Юрия Маслюкова. 21 сентября 1999 года был назначен управляющим от России в МВФ. 23 сентября 1999 года на основании представления Правительства РФ Советом директоров АРКО был избран председателем Совета директоров. 6 октября 1999 года Постановлением Правительства РФ был включен в состав Комиссии по контролю за возвратом в федеральный бюджет бюджетных инвестиционных ассигнований и процентов за пользование ими.
С января 2000 года в Челябинской области возглавлял штаб Владимира Путина по подготовке к президентским выборам.
4 января 2000 года был утвержден заместителем председателя Российской части Смешанной Российско-Украинской комиссии по сотрудничеству.
18 мая 2000 года Указом Президента РФ был назначен заместителем Председателя Правительства РФ в кабинете Михаила Касьянова. В Кабинете М.Касьянова курировал финансово-экономический блок (Минэкономики, Минфин, Мингосимущество, Госналогслужба) и региональную политику.
В июне 2000 года был назначен председателем российской части Межправительственной смешанной Российско-Испанской комиссии по экономическому и промышленному сотрудничеству. С июня 2000 года — член Совета директоров ОАО «Газпром». В июле 2000 года был утвержден председателем комиссии по вопросам стабилизации общественно-политической ситуации в Карачаево-Черкессии вместо
