был назначен указом австрийского монарха командиром пехотного полка его императорского величества.
Лучшие военные педагоги Австрии преподавали будущему полководцу и эрцгерцогу военное искусство и военную историю, тактику и иностранные языки, многие другие науки. Уже в юности Карл- Людвиг-Иоганн стал подавать большие надежды на военном поприще.
Своё первое боевое крещение он получил в сражении при Жемаппе 6 ноябре 1792 года. Под этим селением в ходе французских революционных войн на бельгийской территории столкнулись австрийские войска под командованием эрцгерцога Альберта Саксен-Тешенского и французы под командованием генерала Ш. Дюмурье. Австрийцы занимали сильные позиции на высотах Жемаппа, но атакующий противник сумел выбить их оттуда. Так Карл-Людвиг-Иоганн впервые познакомился с французским военным искусством и с тем противником, которому ему предстояло противостоять долгие годы.
В следующем году противники сошлись вновь в сражении при Альтенховене (Альденговене). В той битве Карл-Людвиг-Иоганн командовал кавалерийским полком, действия которого во многом способствовали победе австрийской армии под знамёнами принца Кобурга (Кобургского). Он прославился в военной истории как соратник великого русского полководца А.В. Суворова в сражениях против турок при Фокшанах и на реке Рымник. Французские республиканские войска генерала Ш. Дюмурье были наголову разбиты. В той войне Австрии против Франции принц Кобург оказался для Карла-Людвига-Иоганна хорошим учителем.
Будущего эрцгерцога готовили не только к военной, но и государственной карьере. В 1794 году молодой Карл-Людвиг-Иоганн был назначен губернатором Нидерландов, одновременно оставаясь военачальником в австрийской действующей армии принца Кобурга. Однако пребывание на губернаторском посту оказалось недолгим.
В войне против армии революционной Франции австрийский главнокомандующий стал совершать одну ошибку за другой. Губернатор Нидерландов открыто выразил своё негодование по этому поводу, и принц Кобург рассорился с ним. В итоге молодому губернатору пришлось покинуть Нидерланды и возвратиться в Вену. Здесь он продолжал совершенствовать своё образование под руководством опытного генерала Линденау.
Долго быть «в отставке» Карлу-Людвигу-Иоганну не пришлось. Мужская половина венской императорской фамилии традиционно несла на своих плечах бремя многочисленных войн. Франция, наряду с Оттоманской Портой, была историческим военным противником Вены.
В 1796 году Карл-Людвиг-Иоганн был возвращён в действующую армию и назначен сперва командующим Нижнерейнской, а затем Верхнерейнской австрийскими армиями. На этих высоких должностях и раскрылось его полководческое дарование.
Командование австрийскими армиями эрцгерцог начал успешно: он одержал над французскими войсками несколько побед и оттеснил их за Рейн. К тому времени у Карла-Людвига-Иоганна было уже собственное видение развития войны между Австрией и Францией. Он считал, что главным театром военных действий будут не берега немецкого Рейна, а Северная Италия, и оказался прав.
Карл-Людвиг-Иоганн предложил венскому правительству и гофкригсрату (военному совету Австрийской империи) следующий план действий: заключить на Рейне перемирие с французами, а его армию оттуда перебросить на север Италии. Однако в Вене при императорском дворе скептически отнеслись к такому плану и не приняли его.
В Париже же главным театром военных действий сочли не Рейнскую область, а Северную Италию, куда был послан подававший большие надежды генерал Наполеон Бонапарт. Его назначили командующим французской Итальянской армии. По прибытии туда Наполеон одержал две победы над австрийцами: в сражении при Риволи и взятии крепости Мантуя.
Только после этих поражений в Вене забили тревогу и вспомнили о плане, который предлагал командующий имперской Верхнерейнской армии. Эрцгерцог Карл-Людвиг-Иоганн был назначен главнокомандующим австрийской Итальянской армии. Прибыв в Северную Италию, он нашёл там не боеспособную армию, а деморализованные поражениями войска. Все его усилия поднять их боеспособность не дали желаемого результата, и Вене пришлось заключить с Парижем невыгодное Леобенское перемирие.
В 1799 году началась Вторая коалиционная война против Франции. Карл-Людвиг-Иоганн принял командование над австрийской армией, сосредоточенной на берегах реки Лех. Ему противостоял прославленный наполеоновский генерал Журдан. 25 марта 1799 года при Штоккахе состоялось крупное сражение, после которого французским войскам пришлось отступить за Рейн.
Под Штоккахом сошлись 40 тысяч французов и 60-тысячная австрийская армия под командованием эрцгерцога Карла-Людвига-Иоганна. Последний, желая провести разведку боем, отправил в разные стороны три отряда, численность каждого из которых превышала 10 тысяч человек, а сам с половиной своей армии остановился при Штоккахе. Генерал Журдан не имел точных сведений о противнике и предположил, что имеет дело только с небольшими силами австрийцев. Он двинул против эрцгерцога 27 тысяч человек, а дивизию Сен-Сира в 10 тысяч человек направил в обход через Мескирх. Эту дивизию австрийцы от Штоккаха отбросили, после чего генерал Журдан решил отступить за Рейн.
После одержанной победы эрцгерцог решил начать наступление к границе Франции. Однако этому воспротивился гофкригсрат во главе Тугутом. Он приказал Карлу-Людвигу-Иоанну вместе со своей армией отойти к Рейну и тем самым оставить на произвол судьбы союзный русский корпус под командованием генерала Римского-Корсакова. В это время через Швейцарские Альпы с труднейшими боями пробивались на соединение с ним русские войска под командованием А.В. Суворова. Брошенный союзниками-австрийцами корпус Римского-Корсакова был разбит под Цюрихом французскими войсками маршала Массены, и Суворов оказался в одиночестве.
Недовольство Карла-Людвига-Иоанна действиями гофкригсрата было настолько сильным, что полководец в 1801 году оставил пост командующего и уехал в чешский город Прагу. Однако сразу же за ним туда прибыл посланник из Вены с просьбой и поручением австрийского монарха возглавить защиту Богемии от французов. Для этого предстояло сформировать Богемский корпус волонтёров. Эрцгерцог справился с заданием, но возглавить этот добровольческий корпус из-за болезни он не смог.
После того как Наполеон Бонапарт и маршал Моро разгромили австрийцев в сражениях при Маренго и Гогенлиндене, правительство Австрии и гофкригсрат поручили эрцгерцогу возглавить имперскую армию. Он навёл в ней должный порядок, произвёл перегруппировку войск и заключил с маршалом Моро перемирие. За этим последовало заключение Люневильского мира.
В Вене хорошо понимали, что заключённый с наполеоновской Францией мир не будет долговечным и надо готовиться к новой войне с ней. В 1801 году эрцгерцог Карл-Людвиг-Иоганн получил звание фельдмаршала. Он был назначен президентом гофкригсрата и начал по поручению монарха реформировать военную систему Австрийского государства.
Военно-реформаторская деятельность эрцгерцога была настолько впечатляющей, что его сторонники обратились в 1802 году к австрийскому правительству с ходатайством поставить фельдмаршалу памятник как спасителю отечества. От такой чести Карл-Людвиг-Иоганн решительно отказался.
В 1805 году реформы коснулись верхнего эшелона военной власти в Австрийской империи. По предложению и настоянию эрцгерцога устаревший гофкригсрат был преобразован в военное министерство. Его первым министром стал сам реформатор.
В том же году началась австро-русско-французская война. Эрцгерцог Австрийский принял на себя командование австрийской армией в Италии. 30 октября этого года при селении Кальдьеро состоялось сражение 50-тысячной австрийской армии с 37-тысячной французской, которой командовал маршал Массена. Австрийцы укрепились в деревне и на окружающих её высотах. Массена настойчиво атаковал высоты и сумел в конце концов захватить их, но Кальдьеро держалось до самой темноты.
Ночью эрцгерцог приказал отступить и вывести с поля сражения армейский обоз с большими запасами артиллерийских снарядов. Он оставил на месте сражения 5-тысячный арьергард для прикрытия отхода главных сил на новую позицию. На следующий день французы взяли арьергард, которым командовал генерал Хилингер, в плен. Австрийцы потеряли в том сражении 3 тысячи человек убитыми и ранеными, а потери их противника составили 4 тысячи человек.
В 1806 году император назначил эрцгерцога Австрийского главнокомандующим (генералиссимусом)